src/jalview/io/BamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.CigarParser;
  24 import jalview.datamodel.Sequence;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.util.SortedMap;
  30
  31 import htsjdk.samtools.SAMRecord;
  32 import htsjdk.samtools.SAMRecordIterator;
  33 import htsjdk.samtools.SamReader;
  34 import htsjdk.samtools.SamReaderFactory;
  35 import htsjdk.samtools.ValidationStringency;
  36
  37 public class BamFile extends AlignFile
  38 {
  39
  40   SamReader fileReader;
  41
  42   /**
  43    * Creates a new BamFile object.
  44    */
  45   public BamFile()
  46   {
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Creates a new BamFile object.
  51    *
  52    * @param inFile
  53    *          DOCUMENT ME!
  54    * @param sourceType
  55    *          DOCUMENT ME!
  56    *
  57    * @throws IOException
  58    *           DOCUMENT ME!
  59    */
  60   public BamFile(String inFile, DataSourceType sourceType)
  61           throws IOException
  62   {
  63     super(inFile, sourceType);
  64     final SamReaderFactory factory = SamReaderFactory.makeDefault()
  65             .enable(SamReaderFactory.Option.INCLUDE_SOURCE_IN_RECORDS,
  66                     SamReaderFactory.Option.VALIDATE_CRC_CHECKSUMS)
  67             .validationStringency(ValidationStringency.SILENT);
  68     fileReader = factory.open(new File(inFile));
  69   }
  70
  71   public BamFile(FileParse source) throws IOException
  72   {
  73     final SamReaderFactory factory = SamReaderFactory.makeDefault()
  74             .enable(SamReaderFactory.Option.INCLUDE_SOURCE_IN_RECORDS,
  75                     SamReaderFactory.Option.VALIDATE_CRC_CHECKSUMS)
  76             .validationStringency(ValidationStringency.SILENT);
  77
  78     // File-based bam
  79     fileReader = factory.open(source.inFile);
  80     parse();
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public String print(SequenceI[] seqs, boolean jvsuffix)
  85   {
  86     // TODO Auto-generated method stub
  87     return null;
  88   }
  89
  90   @Override
  91   public void parse() throws IOException
  92   {
  93     CigarParser parser = new CigarParser('-');
  94     SAMRecordIterator it = fileReader.iterator();
  95     SortedMap<Integer, Integer> insertions = parser.getInsertions(it);
  96     it.close();
  97
  98     it = fileReader.iterator();
  99     while (it.hasNext())
 100     {
 101       SAMRecord rec = it.next();
 102       int start = rec.getStart();
 103       int end = rec.getEnd();
 104
 105       SequenceI seq = new Sequence(rec.getReadName(), rec.getReadString());
 106
 107       String cigarredRead = parser.parseCigarToSequence(rec, insertions);
 108
 109       SequenceI alsq = seq.deriveSequence();
 110       alsq.setSequence(cigarredRead);
 111       alsq.setStart(start);
 112       alsq.setEnd(end);
 113       seqs.add(alsq);
 114     }
 115   }
 116
 117
 118
 119
 120 }