src/jalview/io/ClustalFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.util.*;
  26
  27 public class ClustalFile extends AlignFile
  28 {
  29
  30   public ClustalFile()
  31   {
  32   }
  33
  34   public ClustalFile(String inFile, String type) throws IOException
  35   {
  36     super(inFile, type);
  37   }
  38
  39   public ClustalFile(FileParse source) throws IOException
  40   {
  41     super(source);
  42   }
  43
  44   public void initData()
  45   {
  46     super.initData();
  47   }
  48
  49   public void parse() throws IOException
  50   {
  51     int i = 0;
  52     boolean flag = false;
  53
  54     Vector headers = new Vector();
  55     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  56     StringBuffer tempseq;
  57     String line, id;
  58     StringTokenizer str;
  59
  60     try
  61     {
  62       while ((line = nextLine()) != null)
  63       {
  64         if (line.indexOf(" ") != 0)
  65         {
  66           str = new StringTokenizer(line, " ");
  67
  68           if (str.hasMoreTokens())
  69           {
  70             id = str.nextToken();
  71
  72             if (id.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
  73             {
  74               flag = true;
  75             }
  76             else
  77             {
  78               if (flag)
  79               {
  80                 if (seqhash.containsKey(id))
  81                 {
  82                   tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  83                 }
  84                 else
  85                 {
  86                   tempseq = new StringBuffer();
  87                   seqhash.put(id, tempseq);
  88                 }
  89
  90                 if (!(headers.contains(id)))
  91                 {
  92                   headers.addElement(id);
  93                 }
  94
  95                 if (str.hasMoreTokens())
  96                 {
  97                   tempseq.append(str.nextToken());
  98                 }
  99               }
 100             }
 101           }
 102           else
 103           {
 104             flag = true;
 105           }
 106         }
 107       }
 108     } catch (IOException e)
 109     {
 110       System.err.println("Exception parsing clustal file " + e);
 111       e.printStackTrace();
 112     }
 113
 114     if (flag)
 115     {
 116       this.noSeqs = headers.size();
 117
 118       // Add sequences to the hash
 119       for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 120       {
 121         if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 122         {
 123           if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 124                   .length())
 125           {
 126             maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 127                     .length();
 128           }
 129
 130           Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 131           newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 132                   .toString());
 133
 134           seqs.addElement(newSeq);
 135         }
 136         else
 137         {
 138           System.err
 139                   .println("Clustal File Reader: Can't find sequence for "
 140                           + headers.elementAt(i));
 141         }
 142       }
 143     }
 144   }
 145
 146   public String print()
 147   {
 148     return print(getSeqsAsArray());
 149   }
 150
 151   public String print(SequenceI[] s)
 152   {
 153     StringBuffer out = new StringBuffer("CLUSTAL\n\n");
 154
 155     int max = 0;
 156     int maxid = 0;
 157
 158     int i = 0;
 159
 160     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 161     {
 162       String tmp = printId(s[i]);
 163
 164       if (s[i].getSequence().length > max)
 165       {
 166         max = s[i].getSequence().length;
 167       }
 168
 169       if (tmp.length() > maxid)
 170       {
 171         maxid = tmp.length();
 172       }
 173
 174       i++;
 175     }
 176
 177     if (maxid < 15)
 178     {
 179       maxid = 15;
 180     }
 181
 182     maxid++;
 183
 184     int len = 60;
 185     int nochunks = (max / len) + 1;
 186
 187     for (i = 0; i < nochunks; i++)
 188     {
 189       int j = 0;
 190
 191       while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 192       {
 193         out
 194                 .append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j])
 195                         + " "));
 196
 197         int start = i * len;
 198         int end = start + len;
 199
 200         if ((end < s[j].getSequence().length)
 201                 && (start < s[j].getSequence().length))
 202         {
 203           out.append(s[j].getSequenceAsString(start, end));
 204         }
 205         else
 206         {
 207           if (start < s[j].getSequence().length)
 208           {
 209             out.append(s[j].getSequenceAsString().substring(start));
 210           }
 211         }
 212
 213         out.append("\n");
 214         j++;
 215       }
 216
 217       out.append("\n");
 218     }
 219
 220     return out.toString();
 221   }
 222 }