src/jalview/io/ClustalFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 import java.util.*;\r
  27 \r
  28 public class ClustalFile extends AlignFile {\r
  29 \r
  30   Vector ids;\r
  31 \r
  32   public ClustalFile()\r
  33   {}\r
  34 \r
  35   public ClustalFile(String inStr) {\r
  36     super(inStr);\r
  37   }\r
  38 \r
  39 \r
  40   public void initData() {\r
  41     super.initData();\r
  42     ids = new Vector();\r
  43   }\r
  44 \r
  45   public ClustalFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  46     super(inFile,type);\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void parse() {\r
  50     int     i    = 0;\r
  51     boolean flag = false;\r
  52 \r
  53     Vector    headers = new Vector();\r
  54     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  55 \r
  56     String line;\r
  57 \r
  58     try {\r
  59       while ((line = nextLine()) != null) {\r
  60         if (line.indexOf(" ") != 0) {\r
  61           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line," ");\r
  62           String id = "";\r
  63 \r
  64           if (str.hasMoreTokens()) {\r
  65             id = str.nextToken();\r
  66             if (id.equals("CLUSTAL")) {\r
  67               flag = true;\r
  68             } else {\r
  69               if (flag) {\r
  70                 StringBuffer tempseq;\r
  71                 if (seqhash.containsKey(id)) {\r
  72                   tempseq = (StringBuffer)seqhash.get(id);\r
  73                 } else {\r
  74                   tempseq = new StringBuffer();\r
  75                   seqhash.put(id,tempseq);\r
  76                 }\r
  77 \r
  78                 if (!(headers.contains(id))) {\r
  79                   headers.addElement(id);\r
  80                 }\r
  81 \r
  82                 if(str.hasMoreTokens())\r
  83                   tempseq.append(str.nextToken());\r
  84               }\r
  85             }\r
  86           }\r
  87         }\r
  88       }\r
  89     } catch (IOException e) {\r
  90       System.err.println("Exception parsing clustal file " + e);\r
  91       e.printStackTrace();\r
  92     }\r
  93 \r
  94     if (flag) {\r
  95       this.noSeqs = headers.size();\r
  96 \r
  97       //Add sequences to the hash\r
  98       for (i = 0; i < headers.size(); i++ ) {\r
  99         int start = -1;\r
 100         int end   = -1;\r
 101 \r
 102         if ( seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {\r
 103           if (maxLength <  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length() ) {\r
 104             maxLength =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
 105           }\r
 106           String head =  headers.elementAt(i).toString();\r
 107           start = 1;\r
 108           end   =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
 109 \r
 110           if (head.indexOf("/") > 0 ) {\r
 111             StringTokenizer st = new StringTokenizer(head,"/");\r
 112             if (st.countTokens() == 2) {\r
 113 \r
 114               ids.addElement(st.nextToken());\r
 115 \r
 116               String tmp = st.nextToken();\r
 117               st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
 118               if (st.countTokens() == 2) {\r
 119                 start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 120                 end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 121               }\r
 122             } else {\r
 123               ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 124             }\r
 125           }  else {\r
 126             ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 127 \r
 128           }\r
 129           Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 130                                          seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString(),start,end);\r
 131 \r
 132           seqs.addElement(newSeq);\r
 133 \r
 134         } else {\r
 135           System.err.println("Clustal File Reader: Can't find sequence for " + headers.elementAt(i));\r
 136         }\r
 137       }\r
 138     }\r
 139 \r
 140   }\r
 141 \r
 142   public String print() {\r
 143     return print(getSeqsAsArray());\r
 144   }\r
 145   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 146 \r
 147     StringBuffer out = new StringBuffer("CLUSTAL\n\n");\r
 148 \r
 149     int max = 0;\r
 150     int maxid = 0;\r
 151 \r
 152     int i = 0;\r
 153 \r
 154     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 155       String tmp = s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd();\r
 156 \r
 157       if (s[i].getSequence().length() > max) {\r
 158         max = s[i].getSequence().length();\r
 159       }\r
 160       if (tmp.length() > maxid) {\r
 161         maxid = tmp.length();\r
 162       }\r
 163       i++;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     if (maxid < 15) {\r
 167       maxid = 15;\r
 168     }\r
 169     maxid++;\r
 170     int len = 60;\r
 171     int nochunks =  max / len + 1;\r
 172 \r
 173     for (i = 0; i < nochunks; i++) {\r
 174       int j = 0;\r
 175       while ( j < s.length && s[j] != null) {\r
 176         out.append( new Format("%-" + maxid + "s").form(s[j].getName() + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 177         int start = i*len;\r
 178         int end = start + len;\r
 179 \r
 180         if (end < s[j].getSequence().length() && start < s[j].getSequence().length() )\r
 181           out.append(s[j].getSequence().substring(start,end));\r
 182         else\r
 183         {\r
 184           if (start < s[j].getSequence().length())\r
 185             out.append(s[j].getSequence().substring(start));\r
 186         }\r
 187         out.append("\n");\r
 188         j++;\r
 189       }\r
 190       out.append("\n");\r
 191 \r
 192     }\r
 193 \r
 194     return out.toString();\r
 195   }\r
 196 \r
 197 \r
 198 }\r