src/jalview/io/DnaUtils.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.io.xdb.genbank.GenBankFeature;
   4 import jalview.io.xdb.genbank.GenBankSequence;
   5
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.List;
   8 import java.util.Vector;
   9
  10 public class DnaUtils
  11 {
  12
  13   /**
  14    * @param gbf
  15    *          CDS feature data
  16    * @param sequences
  17    *          ORIGIN data
  18    * @return Nucleotid String (sequence) of CDS
  19    */
  20   public static String getSequence(GenBankFeature gbf,
  21           Vector<GenBankSequence> sequences)
  22   {
  23     if (!gbf.getType().equals(GenBankFeature.CDS))
  24     {
  25       // If the feature is not a CDS, no sequence is returned
  26       return null;
  27     }
  28     else
  29     {
  30       String range = gbf.getQualifier("range");
  31       if (range.startsWith("join"))
  32       {
  33         // TODO
  34         // It's a composed sequence
  35       }
  36       else
  37       {
  38         // It's a simple range
  39         String[] positions = range.split("..");
  40         int initRange = Integer.parseInt(positions[0]);
  41         int endRange = Integer.parseInt(positions[1]);
  42         String sourceSequence = getNucleotidesFromSequenceVector(sequences);
  43         return sourceSequence.substring(initRange, endRange);
  44       }
  45     }
  46     return null;
  47
  48   }
  49
  50   private static boolean isSequenceInRange(int initRange, int endRange,
  51           GenBankSequence gbs)
  52   {
  53     return ((initRange >= gbs.getId()) && (endRange >= gbs.getId()));
  54   }
  55
  56   private static String getNucleotidesInRangeFromSequence(int initRange,
  57           int endRange, GenBankSequence gbs)
  58   {
  59     return "";
  60   }
  61
  62   public static String getNucleotidesFromSequenceVector(
  63           Vector<GenBankSequence> v)
  64   {
  65     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  66     for (GenBankSequence gbs : v)
  67     {
  68       Vector<String> seqs = gbs.getSequences();
  69       for (String s : seqs)
  70         sb.append(s);
  71     }
  72     return sb.toString();
  73   }
  74
  75   /**
  76    * @param args
  77    */
  78   public static void main(String[] args)
  79   {
  80     // TODO Auto-generated method stub
  81
  82   }
  83
  84 }