src/jalview/io/EBIFetchClient.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import org.apache.axis.client.*;\r
   4 \r
   5 import java.io.*;\r
   6 \r
   7 import javax.activation.DataHandler;\r
   8 import org.apache.axis.AxisFault;\r
   9 import org.apache.axis.encoding.XMLType;\r
  10 import javax.xml.rpc.ParameterMode;\r
  11 import javax.xml.namespace.QName;\r
  12 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerSerializerFactory;\r
  13 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerDeserializerFactory;\r
  14 \r
  15 \r
  16 public class EBIFetchClient\r
  17 {\r
  18   Call call;\r
  19   String format = "default";\r
  20   String style = "raw";\r
  21 \r
  22   public EBIFetchClient()\r
  23   {\r
  24     try{\r
  25       call = (Call)new Service().createCall();\r
  26       call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
  27           "http://www.ebi.ac.uk/ws/services/Dbfetch"));\r
  28     }catch(Exception ex){}\r
  29   }\r
  30 \r
  31 \r
  32   public String []  getSupportedDBs()\r
  33   {\r
  34        try{\r
  35 \r
  36          call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedDBs"));\r
  37          call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  38          return (String[]) call.invoke(new Object[]{});\r
  39 \r
  40        }catch(Exception ex){return null;}\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public String [] getSupportedFormats()\r
  44   {\r
  45       try{\r
  46         call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedFormats"));\r
  47         call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  48         return (String[]) call.invoke(new Object[] {});\r
  49 \r
  50       }catch(Exception ex){ return null; }\r
  51    }\r
  52 \r
  53    public String [] getSupportedStyles()\r
  54    {\r
  55         try{\r
  56           call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedStyles"));\r
  57           call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  58           return (String[]) call.invoke(new Object[] {});\r
  59 \r
  60          }catch(Exception ex){return null;}\r
  61     }\r
  62 \r
  63     public String [] fetchData(String ids, String f, String s)\r
  64     {\r
  65       // ids should be of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;\r
  66       // max 50 ids can be added at one time\r
  67       try{\r
  68         call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchData"));\r
  69         call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  70         call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  71         call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  72         call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  73 \r
  74         if (f != null)\r
  75           format = f;\r
  76 \r
  77         if (s != null)\r
  78           style = s;\r
  79 \r
  80         return (String[]) call.invoke(new Object[] {ids, format, style});\r
  81 \r
  82       }catch(Exception ex){return null;}\r
  83 \r
  84     }\r
  85 \r
  86     public String fetchDataFile(String arg, String f, String s)\r
  87     {\r
  88 \r
  89       if (f != null)\r
  90         format = f;\r
  91 \r
  92       if (s != null)\r
  93         style = s;\r
  94 \r
  95 \r
  96       call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchDataFile"));\r
  97       call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  98       call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  99       call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 100 \r
 101       QName qnameAttachment = new QName("urn:Dbfetch", "DataHandler");\r
 102       call.registerTypeMapping(javax.activation.DataSource.class,\r
 103                                qnameAttachment,\r
 104                                JAFDataHandlerSerializerFactory.class,\r
 105                                JAFDataHandlerDeserializerFactory.class);\r
 106 \r
 107       call.setReturnType(qnameAttachment);\r
 108 \r
 109       try{\r
 110         Object ret = call.invoke(new Object[]\r
 111                                  {arg, format, style});\r
 112 \r
 113         if (null == ret)\r
 114         {\r
 115           System.err.println("Received null ");\r
 116           throw new AxisFault("", "Received null", null, null);\r
 117         }\r
 118         if (ret instanceof String)\r
 119         {\r
 120           System.err.println("Received problem response from server: " + ret);\r
 121           throw new AxisFault("", (String) ret, null, null);\r
 122         }\r
 123         if (! (ret instanceof DataHandler))\r
 124         {\r
 125           //The wrong type of object that what was expected.\r
 126           System.err.println("Received problem response from server:" +\r
 127                              ret.getClass().getName());\r
 128           throw new AxisFault("", "Received problem response from server:" +\r
 129                               ret.getClass().getName(), null, null);\r
 130 \r
 131         }\r
 132         //Still here, so far so good.\r
 133         DataHandler rdh = (DataHandler) ret;\r
 134 \r
 135         //From here we'll just treat the data resource as file.\r
 136         String receivedfileName = rdh.getName(); //Get the filename.\r
 137 \r
 138         if (receivedfileName == null)\r
 139         {\r
 140           System.err.println("Could not get the file name.");\r
 141           throw new AxisFault("", "Could not get the file name.", null, null);\r
 142         }\r
 143         if (arg.equalsIgnoreCase("medline"))\r
 144         {\r
 145           return receivedfileName;\r
 146         }\r
 147         else if (arg.equalsIgnoreCase("interpro"))\r
 148         {\r
 149           return receivedfileName;\r
 150         }\r
 151         else\r
 152           System.err.println(receivedfileName);\r
 153       }catch(Exception ex)\r
 154       {\r
 155         ex.printStackTrace();\r
 156       }\r
 157 \r
 158       return "ERROR";\r
 159     }\r
 160 \r
 161 \r
 162 }\r