src/jalview/io/FastaFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 /**
  26  * DOCUMENT ME!
  27  *
  28  * @author $author$
  29  * @version $Revision$
  30  */
  31 public class FastaFile extends AlignFile
  32 {
  33   /**
  34    * Length of a sequence line
  35    */
  36   int len = 72;
  37
  38   StringBuffer out;
  39
  40   /**
  41    * Creates a new FastaFile object.
  42    */
  43   public FastaFile()
  44   {
  45   }
  46
  47   /**
  48    * Creates a new FastaFile object.
  49    *
  50    * @param inFile
  51    *          DOCUMENT ME!
  52    * @param type
  53    *          DOCUMENT ME!
  54    *
  55    * @throws IOException
  56    *           DOCUMENT ME!
  57    */
  58   public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException
  59   {
  60     super(inFile, type);
  61   }
  62
  63   public FastaFile(FileParse source) throws IOException
  64   {
  65     super(source);
  66   }
  67
  68   /**
  69    * DOCUMENT ME!
  70    *
  71    * @throws IOException
  72    *           DOCUMENT ME!
  73    */
  74   public void parse() throws IOException
  75   {
  76     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  77     boolean firstLine = true;
  78
  79     String line;
  80     Sequence seq = null;
  81
  82     boolean annotation = false;
  83
  84     while ((line = nextLine()) != null)
  85     {
  86       line = line.trim();
  87       if (line.length() > 0)
  88       {
  89         if (line.charAt(0) == '>')
  90         {
  91           if (line.startsWith(">#_"))
  92           {
  93             if (annotation)
  94             {
  95               Annotation[] anots = new Annotation[sb.length()];
  96               String anotString = sb.toString();
  97               for (int i = 0; i < sb.length(); i++)
  98               {
  99                 anots[i] = new Annotation(anotString.substring(i, i + 1),
 100                         null, ' ', 0);
 101               }
 102               AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(seq
 103                       .getName().substring(2), seq.getDescription(), anots);
 104
 105               annotations.addElement(aa);
 106             }
 107           }
 108           else
 109           {
 110             annotation = false;
 111           }
 112
 113           if (!firstLine)
 114           {
 115             seq.setSequence(sb.toString());
 116
 117             if (!annotation)
 118             {
 119               seqs.addElement(seq);
 120             }
 121           }
 122
 123           seq = parseId(line.substring(1));
 124           firstLine = false;
 125
 126           sb = new StringBuffer();
 127
 128           if (line.startsWith(">#_"))
 129           {
 130             annotation = true;
 131           }
 132         }
 133         else
 134         {
 135           sb.append(line);
 136         }
 137       }
 138     }
 139
 140     if (annotation)
 141     {
 142       Annotation[] anots = new Annotation[sb.length()];
 143       String anotString = sb.toString();
 144       for (int i = 0; i < sb.length(); i++)
 145       {
 146         anots[i] = new Annotation(anotString.substring(i, i + 1), null,
 147                 ' ', 0);
 148       }
 149       AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(seq.getName()
 150               .substring(2), seq.getDescription(), anots);
 151
 152       annotations.addElement(aa);
 153     }
 154
 155     else if (!firstLine)
 156     {
 157       seq.setSequence(sb.toString());
 158       seqs.addElement(seq);
 159     }
 160   }
 161
 162   /**
 163    * called by AppletFormatAdapter to generate an annotated alignment, rather
 164    * than bare sequences.
 165    *
 166    * @param al
 167    */
 168   public void addAnnotations(Alignment al)
 169   {
 170     addProperties(al);
 171     for (int i = 0; i < annotations.size(); i++)
 172     {
 173       AlignmentAnnotation aa = (AlignmentAnnotation) annotations
 174               .elementAt(i);
 175       aa.setPadGaps(true, al.getGapCharacter());
 176       al.addAnnotation(aa);
 177     }
 178   }
 179
 180   /**
 181    * DOCUMENT ME!
 182    *
 183    * @param s
 184    *          DOCUMENT ME!
 185    * @param len
 186    *          DOCUMENT ME!
 187    * @param gaps
 188    *          DOCUMENT ME!
 189    * @param displayId
 190    *          DOCUMENT ME!
 191    *
 192    * @return DOCUMENT ME!
 193    */
 194   public String print(SequenceI[] s)
 195   {
 196     out = new StringBuffer();
 197     int i = 0;
 198
 199     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 200     {
 201       out.append(">" + printId(s[i]));
 202       if (s[i].getDescription() != null)
 203       {
 204         out.append(" " + s[i].getDescription());
 205       }
 206
 207       out.append(newline);
 208
 209       int nochunks = (s[i].getLength() / len) + 1;
 210
 211       for (int j = 0; j < nochunks; j++)
 212       {
 213         int start = j * len;
 214         int end = start + len;
 215
 216         if (end < s[i].getLength())
 217         {
 218           out.append(s[i].getSequenceAsString(start, end) + newline);
 219         }
 220         else if (start < s[i].getLength())
 221         {
 222           out.append(s[i].getSequenceAsString(start, s[i].getLength())
 223                   + newline);
 224         }
 225       }
 226
 227       i++;
 228     }
 229
 230     return out.toString();
 231   }
 232
 233   /**
 234    * DOCUMENT ME!
 235    *
 236    * @return DOCUMENT ME!
 237    */
 238   public String print()
 239   {
 240     return print(getSeqsAsArray());
 241   }
 242 }