src/jalview/io/FeaturesFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.FeatureColourI;
  27 import jalview.api.FeatureRenderer;
  28 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  29 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  30 import jalview.datamodel.Alignment;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  33 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  37 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  38 import jalview.gui.Desktop;
  39 import jalview.io.gff.GffHelperFactory;
  40 import jalview.io.gff.GffHelperI;
  41 import jalview.schemes.FeatureColour;
  42 import jalview.util.ColorUtils;
  43 import jalview.util.MapList;
  44 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  45 import jalview.util.StringUtils;
  46
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.io.IOException;
  49 import java.util.ArrayList;
  50 import java.util.Arrays;
  51 import java.util.Collections;
  52 import java.util.HashMap;
  53 import java.util.LinkedHashMap;
  54 import java.util.List;
  55 import java.util.Map;
  56 import java.util.Map.Entry;
  57 import java.util.TreeMap;
  58
  59 /**
  60  * Parses and writes features files, which may be in Jalview, GFF2 or GFF3
  61  * format. These are tab-delimited formats but with differences in the use of
  62  * columns.
  63  *
  64  * A Jalview feature file may define feature colours and then declare that the
  65  * remainder of the file is in GFF format with the line 'GFF'.
  66  *
  67  * GFF3 files may include alignment mappings for features, which Jalview will
  68  * attempt to model, and may include sequence data following a ##FASTA line.
  69  *
  70  *
  71  * @author AMW
  72  * @author jbprocter
  73  * @author gmcarstairs
  74  */
  75 public class FeaturesFile extends AlignFile implements FeaturesSourceI
  76 {
  77   /*
  78    * map-valued attributes are prefixed with this for output to GFF3;
  79    * the prefix is removed if found on reading
  80    */
  81   public static final String MAP_ATTRIBUTE_PREFIX = "jvmap_";
  82
  83   private static final String TAB_REGEX = "\\t";
  84
  85   private static final String STARTGROUP = "STARTGROUP";
  86
  87   private static final String ENDGROUP = "ENDGROUP";
  88
  89   private static final String STARTFILTERS = "STARTFILTERS";
  90
  91   private static final String ENDFILTERS = "ENDFILTERS";
  92
  93   private static final String ID_NOT_SPECIFIED = "ID_NOT_SPECIFIED";
  94
  95   private static final String NOTE = "Note";
  96
  97   protected static final String GFF_VERSION = "##gff-version";
  98
  99   private AlignmentI lastmatchedAl = null;
 100
 101   private SequenceIdMatcher matcher = null;
 102
 103   protected AlignmentI dataset;
 104
 105   protected int gffVersion;
 106
 107   /**
 108    * Creates a new FeaturesFile object.
 109    */
 110   public FeaturesFile()
 111   {
 112   }
 113
 114   /**
 115    * Constructor which does not parse the file immediately
 116    *
 117    * @param file
 118    * @param paste
 119    * @throws IOException
 120    */
 121   public FeaturesFile(String file, DataSourceType paste)
 122           throws IOException
 123   {
 124     super(false, file, paste);
 125   }
 126
 127   /**
 128    * @param source
 129    * @throws IOException
 130    */
 131   public FeaturesFile(FileParse source) throws IOException
 132   {
 133     super(source);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Constructor that optionally parses the file immediately
 138    *
 139    * @param parseImmediately
 140    * @param file
 141    * @param type
 142    * @throws IOException
 143    */
 144   public FeaturesFile(boolean parseImmediately, String file,
 145           DataSourceType type) throws IOException
 146   {
 147     super(parseImmediately, file, type);
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Parse GFF or sequence features file using case-independent matching,
 152    * discarding URLs
 153    *
 154    * @param align
 155    *          - alignment/dataset containing sequences that are to be annotated
 156    * @param colours
 157    *          - hashtable to store feature colour definitions
 158    * @param removeHTML
 159    *          - process html strings into plain text
 160    * @return true if features were added
 161    */
 162   public boolean parse(AlignmentI align,
 163           Map<String, FeatureColourI> colours, boolean removeHTML)
 164   {
 165     return parse(align, colours, removeHTML, false);
 166   }
 167
 168   /**
 169    * Extends the default addProperties by also adding peptide-to-cDNA mappings
 170    * (if any) derived while parsing a GFF file
 171    */
 172   @Override
 173   public void addProperties(AlignmentI al)
 174   {
 175     super.addProperties(al);
 176     if (dataset != null && dataset.getCodonFrames() != null)
 177     {
 178       AlignmentI ds = (al.getDataset() == null) ? al : al.getDataset();
 179       for (AlignedCodonFrame codons : dataset.getCodonFrames())
 180       {
 181         ds.addCodonFrame(codons);
 182       }
 183     }
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Parse GFF or Jalview format sequence features file
 188    *
 189    * @param align
 190    *          - alignment/dataset containing sequences that are to be annotated
 191    * @param colours
 192    *          - map to store feature colour definitions
 193    * @param removeHTML
 194    *          - process html strings into plain text
 195    * @param relaxedIdmatching
 196    *          - when true, ID matches to compound sequence IDs are allowed
 197    * @return true if features were added
 198    */
 199   public boolean parse(AlignmentI align,
 200           Map<String, FeatureColourI> colours, boolean removeHTML,
 201           boolean relaxedIdmatching)
 202   {
 203     return parse(align, colours, null, removeHTML, relaxedIdmatching);
 204   }
 205
 206   /**
 207    * Parse GFF or Jalview format sequence features file
 208    *
 209    * @param align
 210    *          - alignment/dataset containing sequences that are to be annotated
 211    * @param colours
 212    *          - map to store feature colour definitions
 213    * @param filters
 214    *          - map to store feature filter definitions
 215    * @param removeHTML
 216    *          - process html strings into plain text
 217    * @param relaxedIdmatching
 218    *          - when true, ID matches to compound sequence IDs are allowed
 219    * @return true if features were added
 220    */
 221   public boolean parse(AlignmentI align,
 222           Map<String, FeatureColourI> colours,
 223           Map<String, FeatureMatcherSetI> filters, boolean removeHTML,
 224           boolean relaxedIdmatching)
 225   {
 226     Map<String, String> gffProps = new HashMap<>();
 227     /*
 228      * keep track of any sequences we try to create from the data
 229      */
 230     List<SequenceI> newseqs = new ArrayList<>();
 231
 232     String line = null;
 233     try
 234     {
 235       String[] gffColumns;
 236       String featureGroup = null;
 237
 238       while ((line = nextLine()) != null)
 239       {
 240         // skip comments/process pragmas
 241         if (line.length() == 0 || line.startsWith("#"))
 242         {
 243           if (line.toLowerCase().startsWith("##"))
 244           {
 245             processGffPragma(line, gffProps, align, newseqs);
 246           }
 247           continue;
 248         }
 249
 250         gffColumns = line.split(TAB_REGEX);
 251         if (gffColumns.length == 1)
 252         {
 253           if (line.trim().equalsIgnoreCase("GFF"))
 254           {
 255             /*
 256              * Jalview features file with appended GFF
 257              * assume GFF2 (though it may declare ##gff-version 3)
 258              */
 259             gffVersion = 2;
 260             continue;
 261           }
 262         }
 263
 264         if (gffColumns.length > 0 && gffColumns.length < 4)
 265         {
 266           /*
 267            * if 2 or 3 tokens, we anticipate either 'startgroup', 'endgroup' or
 268            * a feature type colour specification
 269            */
 270           String ft = gffColumns[0];
 271           if (ft.equalsIgnoreCase(STARTFILTERS))
 272           {
 273             parseFilters(filters);
 274             continue;
 275           }
 276           if (ft.equalsIgnoreCase(STARTGROUP))
 277           {
 278             featureGroup = gffColumns[1];
 279           }
 280           else if (ft.equalsIgnoreCase(ENDGROUP))
 281           {
 282             // We should check whether this is the current group,
 283             // but at present there's no way of showing more than 1 group
 284             featureGroup = null;
 285           }
 286           else
 287           {
 288             String colscheme = gffColumns[1];
 289             FeatureColourI colour = FeatureColour
 290                     .parseJalviewFeatureColour(colscheme);
 291             if (colour != null)
 292             {
 293               colours.put(ft, colour);
 294             }
 295           }
 296           continue;
 297         }
 298
 299         /*
 300          * if not a comment, GFF pragma, startgroup, endgroup or feature
 301          * colour specification, that just leaves a feature details line
 302          * in either Jalview or GFF format
 303          */
 304         if (gffVersion == 0)
 305         {
 306           parseJalviewFeature(line, gffColumns, align, colours, removeHTML,
 307                   relaxedIdmatching, featureGroup);
 308         }
 309         else
 310         {
 311           parseGff(gffColumns, align, relaxedIdmatching, newseqs);
 312         }
 313       }
 314       resetMatcher();
 315     } catch (Exception ex)
 316     {
 317       // should report somewhere useful for UI if necessary
 318       warningMessage = ((warningMessage == null) ? "" : warningMessage)
 319               + "Parsing error at\n" + line;
 320       System.out.println("Error parsing feature file: " + ex + "\n" + line);
 321       ex.printStackTrace(System.err);
 322       resetMatcher();
 323       return false;
 324     }
 325
 326     /*
 327      * experimental - add any dummy sequences with features to the alignment
 328      * - we need them for Ensembl feature extraction - though maybe not otherwise
 329      */
 330     for (SequenceI newseq : newseqs)
 331     {
 332       if (newseq.getFeatures().hasFeatures())
 333       {
 334         align.addSequence(newseq);
 335       }
 336     }
 337     return true;
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Reads input lines from STARTFILTERS to ENDFILTERS and adds a feature type
 342    * filter to the map for each line parsed. After exit from this method,
 343    * nextLine() should return the line after ENDFILTERS (or we are already at
 344    * end of file if ENDFILTERS was missing).
 345    *
 346    * @param filters
 347    * @throws IOException
 348    */
 349   protected void parseFilters(Map<String, FeatureMatcherSetI> filters)
 350           throws IOException
 351   {
 352     String line;
 353     while ((line = nextLine()) != null)
 354     {
 355       if (line.toUpperCase().startsWith(ENDFILTERS))
 356       {
 357         return;
 358       }
 359       String[] tokens = line.split(TAB_REGEX);
 360       if (tokens.length != 2)
 361       {
 362         System.err.println(String.format("Invalid token count %d for %d",
 363                 tokens.length, line));
 364       }
 365       else
 366       {
 367         String featureType = tokens[0];
 368         FeatureMatcherSetI fm = FeatureMatcherSet.fromString(tokens[1]);
 369         if (fm != null && filters != null)
 370         {
 371           filters.put(featureType, fm);
 372         }
 373       }
 374     }
 375   }
 376
 377   /**
 378    * Try to parse a Jalview format feature specification and add it as a
 379    * sequence feature to any matching sequences in the alignment. Returns true
 380    * if successful (a feature was added), or false if not.
 381    *
 382    * @param line
 383    * @param gffColumns
 384    * @param alignment
 385    * @param featureColours
 386    * @param removeHTML
 387    * @param relaxedIdmatching
 388    * @param featureGroup
 389    */
 390   protected boolean parseJalviewFeature(String line, String[] gffColumns,
 391           AlignmentI alignment, Map<String, FeatureColourI> featureColours,
 392           boolean removeHTML, boolean relaxedIdMatching,
 393           String featureGroup)
 394   {
 395     /*
 396      * tokens: description seqid seqIndex start end type [score]
 397      */
 398     if (gffColumns.length < 6)
 399     {
 400       System.err.println("Ignoring feature line '" + line
 401               + "' with too few columns (" + gffColumns.length + ")");
 402       return false;
 403     }
 404     String desc = gffColumns[0];
 405     String seqId = gffColumns[1];
 406     SequenceI seq = findSequence(seqId, alignment, null, relaxedIdMatching);
 407
 408     if (!ID_NOT_SPECIFIED.equals(seqId))
 409     {
 410       seq = findSequence(seqId, alignment, null, relaxedIdMatching);
 411     }
 412     else
 413     {
 414       seqId = null;
 415       seq = null;
 416       String seqIndex = gffColumns[2];
 417       try
 418       {
 419         int idx = Integer.parseInt(seqIndex);
 420         seq = alignment.getSequenceAt(idx);
 421       } catch (NumberFormatException ex)
 422       {
 423         System.err.println("Invalid sequence index: " + seqIndex);
 424       }
 425     }
 426
 427     if (seq == null)
 428     {
 429       System.out.println("Sequence not found: " + line);
 430       return false;
 431     }
 432
 433     int startPos = Integer.parseInt(gffColumns[3]);
 434     int endPos = Integer.parseInt(gffColumns[4]);
 435
 436     String ft = gffColumns[5];
 437
 438     if (!featureColours.containsKey(ft))
 439     {
 440       /*
 441        * Perhaps an old style groups file with no colours -
 442        * synthesize a colour from the feature type
 443        */
 444       Color colour = ColorUtils.createColourFromName(ft);
 445       featureColours.put(ft, new FeatureColour(colour));
 446     }
 447     SequenceFeature sf = null;
 448     if (gffColumns.length > 6)
 449     {
 450       float score = Float.NaN;
 451       try
 452       {
 453         score = Float.valueOf(gffColumns[6]).floatValue();
 454       } catch (NumberFormatException ex)
 455       {
 456         sf = new SequenceFeature(ft, desc, startPos, endPos, featureGroup);
 457       }
 458       sf = new SequenceFeature(ft, desc, startPos, endPos, score,
 459               featureGroup);
 460     }
 461     else
 462     {
 463       sf = new SequenceFeature(ft, desc, startPos, endPos, featureGroup);
 464     }
 465
 466     parseDescriptionHTML(sf, removeHTML);
 467
 468     seq.addSequenceFeature(sf);
 469
 470     while (seqId != null
 471             && (seq = alignment.findName(seq, seqId, false)) != null)
 472     {
 473       seq.addSequenceFeature(new SequenceFeature(sf));
 474     }
 475     return true;
 476   }
 477
 478   /**
 479    * clear any temporary handles used to speed up ID matching
 480    */
 481   protected void resetMatcher()
 482   {
 483     lastmatchedAl = null;
 484     matcher = null;
 485   }
 486
 487   /**
 488    * Returns a sequence matching the given id, as follows
 489    * <ul>
 490    * <li>strict matching is on exact sequence name</li>
 491    * <li>relaxed matching allows matching on a token within the sequence name,
 492    * or a dbxref</li>
 493    * <li>first tries to find a match in the alignment sequences</li>
 494    * <li>else tries to find a match in the new sequences already generated while
 495    * parsing the features file</li>
 496    * <li>else creates a new placeholder sequence, adds it to the new sequences
 497    * list, and returns it</li>
 498    * </ul>
 499    *
 500    * @param seqId
 501    * @param align
 502    * @param newseqs
 503    * @param relaxedIdMatching
 504    *
 505    * @return
 506    */
 507   protected SequenceI findSequence(String seqId, AlignmentI align,
 508           List<SequenceI> newseqs, boolean relaxedIdMatching)
 509   {
 510     // TODO encapsulate in SequenceIdMatcher, share the matcher
 511     // with the GffHelper (removing code duplication)
 512     SequenceI match = null;
 513     if (relaxedIdMatching)
 514     {
 515       if (lastmatchedAl != align)
 516       {
 517         lastmatchedAl = align;
 518         matcher = new SequenceIdMatcher(align.getSequencesArray());
 519         if (newseqs != null)
 520         {
 521           matcher.addAll(newseqs);
 522         }
 523       }
 524       match = matcher.findIdMatch(seqId);
 525     }
 526     else
 527     {
 528       match = align.findName(seqId, true);
 529       if (match == null && newseqs != null)
 530       {
 531         for (SequenceI m : newseqs)
 532         {
 533           if (seqId.equals(m.getName()))
 534           {
 535             return m;
 536           }
 537         }
 538       }
 539
 540     }
 541     if (match == null && newseqs != null)
 542     {
 543       match = new SequenceDummy(seqId);
 544       if (relaxedIdMatching)
 545       {
 546         matcher.addAll(Arrays.asList(new SequenceI[] { match }));
 547       }
 548       // add dummy sequence to the newseqs list
 549       newseqs.add(match);
 550     }
 551     return match;
 552   }
 553
 554   public void parseDescriptionHTML(SequenceFeature sf, boolean removeHTML)
 555   {
 556     if (sf.getDescription() == null)
 557     {
 558       return;
 559     }
 560     ParseHtmlBodyAndLinks parsed = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 561             sf.getDescription(), removeHTML, newline);
 562
 563     if (removeHTML)
 564     {
 565       sf.setDescription(parsed.getNonHtmlContent());
 566     }
 567
 568     for (String link : parsed.getLinks())
 569     {
 570       sf.addLink(link);
 571     }
 572   }
 573
 574   /**
 575    * Returns contents of a Jalview format features file, for visible features, as
 576    * filtered by type and group. Features with a null group are displayed if their
 577    * feature type is visible. Non-positional features may optionally be included
 578    * (with no check on type or group).
 579    *
 580    * @param sequences
 581    * @param fr
 582    * @param includeNonPositional
 583    *                               if true, include non-positional features
 584    *                               (regardless of group or type)
 585    * @param includeComplement
 586    *                               if true, include visible complementary
 587    *                               (CDS/protein) positional features, with
 588    *                               locations converted to local sequence
 589    *                               coordinates
 590    * @return
 591    */
 592   public String printJalviewFormat(SequenceI[] sequences,
 593           FeatureRenderer fr, boolean includeNonPositional,
 594           boolean includeComplement)
 595   {
 596     Map<String, FeatureColourI> visibleColours = fr
 597             .getDisplayedFeatureCols();
 598     Map<String, FeatureMatcherSetI> featureFilters = fr.getFeatureFilters();
 599
 600     /*
 601      * write out feature colours (if we know them)
 602      */
 603     // TODO: decide if feature links should also be written here ?
 604     StringBuilder out = new StringBuilder(256);
 605     if (visibleColours != null)
 606     {
 607       for (Entry<String, FeatureColourI> featureColour : visibleColours
 608               .entrySet())
 609       {
 610         FeatureColourI colour = featureColour.getValue();
 611         out.append(colour.toJalviewFormat(featureColour.getKey())).append(
 612                 newline);
 613       }
 614     }
 615
 616     String[] types = visibleColours == null ? new String[0]
 617             : visibleColours.keySet()
 618                     .toArray(new String[visibleColours.keySet().size()]);
 619
 620     /*
 621      * feature filters if any
 622      */
 623     outputFeatureFilters(out, visibleColours, featureFilters);
 624
 625     /*
 626      * output features within groups
 627      */
 628     int count = outputFeaturesByGroup(out, fr, types, sequences,
 629             includeNonPositional);
 630
 631     if (includeComplement)
 632     {
 633       count += outputComplementFeatures(out, fr, sequences);
 634     }
 635
 636     return count > 0 ? out.toString() : "No Features Visible";
 637   }
 638
 639   /**
 640    * Outputs any visible complementary (CDS/peptide) positional features as
 641    * Jalview format, within feature group. The coordinates of the linked features
 642    * are converted to the corresponding positions of the local sequences.
 643    *
 644    * @param out
 645    * @param fr
 646    * @param sequences
 647    * @return
 648    */
 649   private int outputComplementFeatures(StringBuilder out,
 650           FeatureRenderer fr, SequenceI[] sequences)
 651   {
 652     AlignViewportI comp = fr.getViewport().getCodingComplement();
 653     FeatureRenderer fr2 = Desktop.getAlignFrameFor(comp)
 654             .getFeatureRenderer();
 655
 656     /*
 657      * bin features by feature group and sequence
 658      */
 659     Map<String, Map<String, List<SequenceFeature>>> map = new TreeMap<>(
 660             String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 661     int count = 0;
 662
 663     for (SequenceI seq : sequences)
 664     {
 665       /*
 666        * find complementary features
 667        */
 668       List<SequenceFeature> complementary = findComplementaryFeatures(seq,
 669               fr2);
 670       String seqName = seq.getName();
 671
 672       for (SequenceFeature sf : complementary)
 673       {
 674         String group = sf.getFeatureGroup();
 675         if (!map.containsKey(group))
 676         {
 677           map.put(group, new LinkedHashMap<>()); // preserves sequence order
 678         }
 679         Map<String, List<SequenceFeature>> groupFeatures = map.get(group);
 680         if (!groupFeatures.containsKey(seqName))
 681         {
 682           groupFeatures.put(seqName, new ArrayList<>());
 683         }
 684         List<SequenceFeature> foundFeatures = groupFeatures.get(seqName);
 685         foundFeatures.add(sf);
 686         count++;
 687       }
 688     }
 689
 690     /*
 691      * output features by group
 692      */
 693     for (Entry<String, Map<String, List<SequenceFeature>>> groupFeatures : map.entrySet())
 694     {
 695       out.append(newline);
 696       String group = groupFeatures.getKey();
 697       if (!"".equals(group))
 698       {
 699         out.append(STARTGROUP).append(TAB).append(group).append(newline);
 700       }
 701       Map<String, List<SequenceFeature>> seqFeaturesMap = groupFeatures
 702               .getValue();
 703       for (Entry<String, List<SequenceFeature>> seqFeatures : seqFeaturesMap
 704               .entrySet())
 705       {
 706         String sequenceName = seqFeatures.getKey();
 707         for (SequenceFeature sf : seqFeatures.getValue())
 708         {
 709           formatJalviewFeature(out, sequenceName, sf);
 710         }
 711       }
 712       if (!"".equals(group))
 713       {
 714         out.append(ENDGROUP).append(TAB).append(group).append(newline);
 715       }
 716     }
 717
 718     return count;
 719   }
 720
 721   /**
 722    * Answers a list of mapped features visible in the (CDS/protein) complement,
 723    * with feature positions translated to local sequence coordinates
 724    *
 725    * @param seq
 726    * @param fr2
 727    * @return
 728    */
 729   protected List<SequenceFeature> findComplementaryFeatures(SequenceI seq,
 730           FeatureRenderer fr2)
 731   {
 732     /*
 733      * avoid duplication of features (e.g. peptide feature
 734      * at all 3 mapped codon positions)
 735      */
 736     List<SequenceFeature> found = new ArrayList<>();
 737     List<SequenceFeature> complementary = new ArrayList<>();
 738
 739     for (int pos = seq.getStart(); pos <= seq.getEnd(); pos++)
 740     {
 741       MappedFeatures mf = fr2.findComplementFeaturesAtResidue(seq, pos);
 742
 743       if (mf != null)
 744       {
 745         MapList mapping = mf.mapping.getMap();
 746         for (SequenceFeature sf : mf.features)
 747         {
 748           /*
 749            * make a virtual feature with local coordinates
 750            */
 751           if (!found.contains(sf))
 752           {
 753             String group = sf.getFeatureGroup();
 754             if (group == null)
 755             {
 756               group = "";
 757             }
 758             found.add(sf);
 759             int begin = sf.getBegin();
 760             int end = sf.getEnd();
 761             int[] range = mf.mapping.getTo() == seq.getDatasetSequence()
 762                     ? mapping.locateInTo(begin, end)
 763                     : mapping.locateInFrom(begin, end);
 764             SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature(sf, range[0],
 765                     range[1], group, sf.getScore());
 766             complementary.add(sf2);
 767           }
 768         }
 769       }
 770     }
 771
 772     return complementary;
 773   }
 774
 775   /**
 776    * Outputs any feature filters defined for visible feature types, sandwiched by
 777    * STARTFILTERS and ENDFILTERS lines
 778    *
 779    * @param out
 780    * @param visible
 781    * @param featureFilters
 782    */
 783   void outputFeatureFilters(StringBuilder out,
 784           Map<String, FeatureColourI> visible,
 785           Map<String, FeatureMatcherSetI> featureFilters)
 786   {
 787     if (visible == null || featureFilters == null
 788             || featureFilters.isEmpty())
 789     {
 790       return;
 791     }
 792
 793     boolean first = true;
 794     for (String featureType : visible.keySet())
 795     {
 796       FeatureMatcherSetI filter = featureFilters.get(featureType);
 797       if (filter != null)
 798       {
 799         if (first)
 800         {
 801           first = false;
 802           out.append(newline).append(STARTFILTERS).append(newline);
 803         }
 804         out.append(featureType).append(TAB).append(filter.toStableString())
 805                 .append(newline);
 806       }
 807     }
 808     if (!first)
 809     {
 810       out.append(ENDFILTERS).append(newline);
 811     }
 812
 813   }
 814
 815   /**
 816    * Appends output of visible sequence features within feature groups to the
 817    * output buffer. Groups other than the null or empty group are sandwiched by
 818    * STARTGROUP and ENDGROUP lines. Answers the number of features written.
 819    *
 820    * @param out
 821    * @param fr
 822    * @param featureTypes
 823    * @param sequences
 824    * @param includeNonPositional
 825    * @return
 826    */
 827   private int outputFeaturesByGroup(StringBuilder out,
 828           FeatureRenderer fr, String[] featureTypes,
 829           SequenceI[] sequences, boolean includeNonPositional)
 830   {
 831     List<String> featureGroups = fr.getFeatureGroups();
 832
 833     /*
 834      * sort groups alphabetically, and ensure that features with a
 835      * null or empty group are output after those in named groups
 836      */
 837     List<String> sortedGroups = new ArrayList<>(featureGroups);
 838     sortedGroups.remove(null);
 839     sortedGroups.remove("");
 840     Collections.sort(sortedGroups);
 841     sortedGroups.add(null);
 842     sortedGroups.add("");
 843
 844     int count = 0;
 845     List<String> visibleGroups = fr.getDisplayedFeatureGroups();
 846
 847     /*
 848      * loop over all groups (may be visible or not);
 849      * non-positional features are output even if group is not visible
 850      */
 851     for (String group : sortedGroups)
 852     {
 853       boolean firstInGroup = true;
 854       boolean isNullGroup = group == null || "".equals(group);
 855
 856       for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
 857       {
 858         String sequenceName = sequences[i].getName();
 859         List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
 860
 861         /*
 862          * get any non-positional features in this group, if wanted
 863          * (for any feature type, whether visible or not)
 864          */
 865         if (includeNonPositional)
 866         {
 867           features.addAll(sequences[i].getFeatures()
 868                   .getFeaturesForGroup(false, group));
 869         }
 870
 871         /*
 872          * add positional features for visible feature types, but
 873          * (for named groups) only if feature group is visible
 874          */
 875         if (featureTypes.length > 0
 876                 && (isNullGroup || visibleGroups.contains(group)))
 877         {
 878           features.addAll(sequences[i].getFeatures().getFeaturesForGroup(
 879                   true, group, featureTypes));
 880         }
 881
 882         for (SequenceFeature sf : features)
 883         {
 884           if (sf.isNonPositional() || fr.isVisible(sf))
 885           {
 886             count++;
 887             if (firstInGroup)
 888             {
 889               out.append(newline);
 890               if (!isNullGroup)
 891               {
 892                 out.append(STARTGROUP).append(TAB).append(group)
 893                         .append(newline);
 894               }
 895             }
 896             firstInGroup = false;
 897             formatJalviewFeature(out, sequenceName, sf);
 898           }
 899         }
 900       }
 901
 902       if (!isNullGroup && !firstInGroup)
 903       {
 904         out.append(ENDGROUP).append(TAB).append(group).append(newline);
 905       }
 906     }
 907     return count;
 908   }
 909
 910   /**
 911    * Formats one feature in Jalview format and appends to the string buffer
 912    *
 913    * @param out
 914    * @param sequenceName
 915    * @param sequenceFeature
 916    */
 917   protected void formatJalviewFeature(
 918           StringBuilder out, String sequenceName,
 919           SequenceFeature sequenceFeature)
 920   {
 921     if (sequenceFeature.description == null
 922             || sequenceFeature.description.equals(""))
 923     {
 924       out.append(sequenceFeature.type).append(TAB);
 925     }
 926     else
 927     {
 928       if (sequenceFeature.links != null
 929               && sequenceFeature.getDescription().indexOf("<html>") == -1)
 930       {
 931         out.append("<html>");
 932       }
 933
 934       out.append(sequenceFeature.description);
 935       if (sequenceFeature.links != null)
 936       {
 937         for (int l = 0; l < sequenceFeature.links.size(); l++)
 938         {
 939           String label = sequenceFeature.links.elementAt(l);
 940           String href = label.substring(label.indexOf("|") + 1);
 941           label = label.substring(0, label.indexOf("|"));
 942
 943           if (sequenceFeature.description.indexOf(href) == -1)
 944           {
 945             out.append(" <a href=\"").append(href).append("\">")
 946                     .append(label).append("</a>");
 947           }
 948         }
 949
 950         if (sequenceFeature.getDescription().indexOf("</html>") == -1)
 951         {
 952           out.append("</html>");
 953         }
 954       }
 955
 956       out.append(TAB);
 957     }
 958     out.append(sequenceName);
 959     out.append("\t-1\t");
 960     out.append(sequenceFeature.begin);
 961     out.append(TAB);
 962     out.append(sequenceFeature.end);
 963     out.append(TAB);
 964     out.append(sequenceFeature.type);
 965     if (!Float.isNaN(sequenceFeature.score))
 966     {
 967       out.append(TAB);
 968       out.append(sequenceFeature.score);
 969     }
 970     out.append(newline);
 971   }
 972
 973   /**
 974    * Parse method that is called when a GFF file is dragged to the desktop
 975    */
 976   @Override
 977   public void parse()
 978   {
 979     AlignViewportI av = getViewport();
 980     if (av != null)
 981     {
 982       if (av.getAlignment() != null)
 983       {
 984         dataset = av.getAlignment().getDataset();
 985       }
 986       if (dataset == null)
 987       {
 988         // working in the applet context ?
 989         dataset = av.getAlignment();
 990       }
 991     }
 992     else
 993     {
 994       dataset = new Alignment(new SequenceI[] {});
 995     }
 996
 997     Map<String, FeatureColourI> featureColours = new HashMap<>();
 998     boolean parseResult = parse(dataset, featureColours, false, true);
 999     if (!parseResult)
1000     {
1001       // pass error up somehow
1002     }
1003     if (av != null)
1004     {
1005       // update viewport with the dataset data ?
1006     }
1007     else
1008     {
1009       setSeqs(dataset.getSequencesArray());
1010     }
1011   }
1012
1013   /**
1014    * Implementation of unused abstract method
1015    *
1016    * @return error message
1017    */
1018   @Override
1019   public String print(SequenceI[] sqs, boolean jvsuffix)
1020   {
1021     System.out.println("Use printGffFormat() or printJalviewFormat()");
1022     return null;
1023   }
1024
1025   /**
1026    * Returns features output in GFF2 format
1027    *
1028    * @param sequences
1029    *                                       the sequences whose features are to be
1030    *                                       output
1031    * @param visible
1032    *                                       a map whose keys are the type names of
1033    *                                       visible features
1034    * @param visibleFeatureGroups
1035    * @param includeNonPositionalFeatures
1036    * @param includeComplement
1037    * @return
1038    */
1039   public String printGffFormat(SequenceI[] sequences,
1040           FeatureRenderer fr, boolean includeNonPositionalFeatures,
1041           boolean includeComplement)
1042   {
1043     FeatureRenderer fr2 = null;
1044     if (includeComplement)
1045     {
1046       AlignViewportI comp = fr.getViewport().getCodingComplement();
1047       fr2 = Desktop.getAlignFrameFor(comp).getFeatureRenderer();
1048     }
1049
1050     Map<String, FeatureColourI> visibleColours = fr.getDisplayedFeatureCols();
1051
1052     StringBuilder out = new StringBuilder(256);
1053
1054     out.append(String.format("%s %d\n", GFF_VERSION, gffVersion == 0 ? 2 : gffVersion));
1055
1056     String[] types = visibleColours == null ? new String[0]
1057             : visibleColours.keySet()
1058                     .toArray(new String[visibleColours.keySet().size()]);
1059
1060     for (SequenceI seq : sequences)
1061     {
1062       List<SequenceFeature> seqFeatures = new ArrayList<>();
1063       List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
1064       if (includeNonPositionalFeatures)
1065       {
1066         features.addAll(seq.getFeatures().getNonPositionalFeatures());
1067       }
1068       if (visibleColours != null && !visibleColours.isEmpty())
1069       {
1070         features.addAll(seq.getFeatures().getPositionalFeatures(types));
1071       }
1072       for (SequenceFeature sf : features)
1073       {
1074         if (sf.isNonPositional() || fr.isVisible(sf))
1075         {
1076           /*
1077            * drop features hidden by group visibility, colour threshold,
1078            * or feature filter condition
1079            */
1080           seqFeatures.add(sf);
1081         }
1082       }
1083
1084       if (includeComplement)
1085       {
1086         seqFeatures.addAll(findComplementaryFeatures(seq, fr2));
1087       }
1088
1089       /*
1090        * sort features here if wanted
1091        */
1092       for (SequenceFeature sf : seqFeatures)
1093       {
1094         formatGffFeature(out, seq, sf);
1095         out.append(newline);
1096       }
1097     }
1098
1099     return out.toString();
1100   }
1101
1102   /**
1103    * Formats one feature as GFF and appends to the string buffer
1104    */
1105   private void formatGffFeature(StringBuilder out, SequenceI seq,
1106           SequenceFeature sf)
1107   {
1108     String source = sf.featureGroup;
1109     if (source == null)
1110     {
1111       source = sf.getDescription();
1112     }
1113
1114     out.append(seq.getName());
1115     out.append(TAB);
1116     out.append(source);
1117     out.append(TAB);
1118     out.append(sf.type);
1119     out.append(TAB);
1120     out.append(sf.begin);
1121     out.append(TAB);
1122     out.append(sf.end);
1123     out.append(TAB);
1124     out.append(sf.score);
1125     out.append(TAB);
1126
1127     int strand = sf.getStrand();
1128     out.append(strand == 1 ? "+" : (strand == -1 ? "-" : "."));
1129     out.append(TAB);
1130
1131     String phase = sf.getPhase();
1132     out.append(phase == null ? "." : phase);
1133
1134     if (sf.otherDetails != null && !sf.otherDetails.isEmpty())
1135     {
1136       Map<String, Object> map = sf.otherDetails;
1137       formatAttributes(out, map);
1138     }
1139   }
1140
1141   /**
1142    * A helper method that outputs attributes stored in the map as
1143    * semicolon-delimited values e.g.
1144    *
1145    * <pre>
1146    * AC_Male=0;AF_NFE=0.00000e 00;Hom_FIN=0;GQ_MEDIAN=9
1147    * </pre>
1148    *
1149    * A map-valued attribute is formatted as a comma-delimited list within braces,
1150    * for example
1151    *
1152    * <pre>
1153    * jvmap_CSQ={ALLELE_NUM=1,UNIPARC=UPI0002841053,Feature=ENST00000585561}
1154    * </pre>
1155    *
1156    * The {@code jvmap_} prefix designates a values map and is removed if the value
1157    * is parsed when read in. (The GFF3 specification allows 'semi-structured data'
1158    * to be represented provided the attribute name begins with a lower case
1159    * letter.)
1160    *
1161    * @param sb
1162    * @param map
1163    * @see http://gmod.org/wiki/GFF3#GFF3_Format
1164    */
1165   void formatAttributes(StringBuilder sb, Map<String, Object> map)
1166   {
1167     sb.append(TAB);
1168     boolean first = true;
1169     for (String key : map.keySet())
1170     {
1171       if (SequenceFeature.STRAND.equals(key)
1172               || SequenceFeature.PHASE.equals(key))
1173       {
1174         /*
1175          * values stashed in map but output to their own columns
1176          */
1177         continue;
1178       }
1179       {
1180         if (!first)
1181         {
1182           sb.append(";");
1183         }
1184       }
1185       first = false;
1186       Object value = map.get(key);
1187       if (value instanceof Map<?, ?>)
1188       {
1189         formatMapAttribute(sb, key, (Map<?, ?>) value);
1190       }
1191       else
1192       {
1193         String formatted = StringUtils.urlEncode(value.toString(),
1194                 GffHelperI.GFF_ENCODABLE);
1195         sb.append(key).append("=").append(formatted);
1196       }
1197     }
1198   }
1199
1200   /**
1201    * Formats the map entries as
1202    *
1203    * <pre>
1204    * jvmap_key={key1=value1,key2=value2,...}
1205    * </pre>
1206    *
1207    * and appends this to the string buffer
1208    *
1209    * @param sb
1210    * @param key
1211    * @param map
1212    */
1213   private void formatMapAttribute(StringBuilder sb, String key,
1214           Map<?, ?> map)
1215   {
1216     if (map == null || map.isEmpty())
1217     {
1218       return;
1219     }
1220
1221     /*
1222      * AbstractMap.toString would be a shortcut here, but more reliable
1223      * to code the required format in case toString changes in future
1224      */
1225     sb.append(MAP_ATTRIBUTE_PREFIX).append(key).append("={");
1226     boolean first = true;
1227     for (Entry<?, ?> entry : map.entrySet())
1228     {
1229       if (!first)
1230       {
1231         sb.append(",");
1232       }
1233       first = false;
1234       sb.append(entry.getKey().toString()).append("=");
1235       String formatted = StringUtils.urlEncode(entry.getValue().toString(),
1236               GffHelperI.GFF_ENCODABLE);
1237       sb.append(formatted);
1238     }
1239     sb.append("}");
1240   }
1241
1242   /**
1243    * Returns a mapping given list of one or more Align descriptors (exonerate
1244    * format)
1245    *
1246    * @param alignedRegions
1247    *                         a list of "Align fromStart toStart fromCount"
1248    * @param mapIsFromCdna
1249    *                         if true, 'from' is dna, else 'from' is protein
1250    * @param strand
1251    *                         either 1 (forward) or -1 (reverse)
1252    * @return
1253    * @throws IOException
1254    */
1255   protected MapList constructCodonMappingFromAlign(
1256           List<String> alignedRegions, boolean mapIsFromCdna, int strand)
1257           throws IOException
1258   {
1259     if (strand == 0)
1260     {
1261       throw new IOException(
1262               "Invalid strand for a codon mapping (cannot be 0)");
1263     }
1264     int regions = alignedRegions.size();
1265     // arrays to hold [start, end] for each aligned region
1266     int[] fromRanges = new int[regions * 2]; // from dna
1267     int[] toRanges = new int[regions * 2]; // to protein
1268     int fromRangesIndex = 0;
1269     int toRangesIndex = 0;
1270
1271     for (String range : alignedRegions)
1272     {
1273       /*
1274        * Align mapFromStart mapToStart mapFromCount
1275        * e.g. if mapIsFromCdna
1276        *     Align 11270 143 120
1277        * means:
1278        *     120 bases from pos 11270 align to pos 143 in peptide
1279        * if !mapIsFromCdna this would instead be
1280        *     Align 143 11270 40
1281        */
1282       String[] tokens = range.split(" ");
1283       if (tokens.length != 3)
1284       {
1285         throw new IOException("Wrong number of fields for Align");
1286       }
1287       int fromStart = 0;
1288       int toStart = 0;
1289       int fromCount = 0;
1290       try
1291       {
1292         fromStart = Integer.parseInt(tokens[0]);
1293         toStart = Integer.parseInt(tokens[1]);
1294         fromCount = Integer.parseInt(tokens[2]);
1295       } catch (NumberFormatException nfe)
1296       {
1297         throw new IOException(
1298                 "Invalid number in Align field: " + nfe.getMessage());
1299       }
1300
1301       /*
1302        * Jalview always models from dna to protein, so adjust values if the
1303        * GFF mapping is from protein to dna
1304        */
1305       if (!mapIsFromCdna)
1306       {
1307         fromCount *= 3;
1308         int temp = fromStart;
1309         fromStart = toStart;
1310         toStart = temp;
1311       }
1312       fromRanges[fromRangesIndex++] = fromStart;
1313       fromRanges[fromRangesIndex++] = fromStart + strand * (fromCount - 1);
1314
1315       /*
1316        * If a codon has an intron gap, there will be contiguous 'toRanges';
1317        * this is handled for us by the MapList constructor.
1318        * (It is not clear that exonerate ever generates this case)
1319        */
1320       toRanges[toRangesIndex++] = toStart;
1321       toRanges[toRangesIndex++] = toStart + (fromCount - 1) / 3;
1322     }
1323
1324     return new MapList(fromRanges, toRanges, 3, 1);
1325   }
1326
1327   /**
1328    * Parse a GFF format feature. This may include creating a 'dummy' sequence to
1329    * hold the feature, or for its mapped sequence, or both, to be resolved
1330    * either later in the GFF file (##FASTA section), or when the user loads
1331    * additional sequences.
1332    *
1333    * @param gffColumns
1334    * @param alignment
1335    * @param relaxedIdMatching
1336    * @param newseqs
1337    * @return
1338    */
1339   protected SequenceI parseGff(String[] gffColumns, AlignmentI alignment,
1340           boolean relaxedIdMatching, List<SequenceI> newseqs)
1341   {
1342     /*
1343      * GFF: seqid source type start end score strand phase [attributes]
1344      */
1345     if (gffColumns.length < 5)
1346     {
1347       System.err.println("Ignoring GFF feature line with too few columns ("
1348               + gffColumns.length + ")");
1349       return null;
1350     }
1351
1352     /*
1353      * locate referenced sequence in alignment _or_
1354      * as a forward or external reference (SequenceDummy)
1355      */
1356     String seqId = gffColumns[0];
1357     SequenceI seq = findSequence(seqId, alignment, newseqs,
1358             relaxedIdMatching);
1359
1360     SequenceFeature sf = null;
1361     GffHelperI helper = GffHelperFactory.getHelper(gffColumns);
1362     if (helper != null)
1363     {
1364       try
1365       {
1366         sf = helper.processGff(seq, gffColumns, alignment, newseqs,
1367                 relaxedIdMatching);
1368         if (sf != null)
1369         {
1370           seq.addSequenceFeature(sf);
1371           while ((seq = alignment.findName(seq, seqId, true)) != null)
1372           {
1373             seq.addSequenceFeature(new SequenceFeature(sf));
1374           }
1375         }
1376       } catch (IOException e)
1377       {
1378         System.err.println("GFF parsing failed with: " + e.getMessage());
1379         return null;
1380       }
1381     }
1382
1383     return seq;
1384   }
1385
1386   /**
1387    * After encountering ##fasta in a GFF3 file, process the remainder of the
1388    * file as FAST sequence data. Any placeholder sequences created during
1389    * feature parsing are updated with the actual sequences.
1390    *
1391    * @param align
1392    * @param newseqs
1393    * @throws IOException
1394    */
1395   protected void processAsFasta(AlignmentI align, List<SequenceI> newseqs)
1396           throws IOException
1397   {
1398     try
1399     {
1400       mark();
1401     } catch (IOException q)
1402     {
1403     }
1404     FastaFile parser = new FastaFile(this);
1405     List<SequenceI> includedseqs = parser.getSeqs();
1406
1407     SequenceIdMatcher smatcher = new SequenceIdMatcher(newseqs);
1408
1409     /*
1410      * iterate over includedseqs, and replacing matching ones with newseqs
1411      * sequences. Generic iterator not used here because we modify
1412      * includedseqs as we go
1413      */
1414     for (int p = 0, pSize = includedseqs.size(); p < pSize; p++)
1415     {
1416       // search for any dummy seqs that this sequence can be used to update
1417       SequenceI includedSeq = includedseqs.get(p);
1418       SequenceI dummyseq = smatcher.findIdMatch(includedSeq);
1419       if (dummyseq != null && dummyseq instanceof SequenceDummy)
1420       {
1421         // probably have the pattern wrong
1422         // idea is that a flyweight proxy for a sequence ID can be created for
1423         // 1. stable reference creation
1424         // 2. addition of annotation
1425         // 3. future replacement by a real sequence
1426         // current pattern is to create SequenceDummy objects - a convenience
1427         // constructor for a Sequence.
1428         // problem is that when promoted to a real sequence, all references
1429         // need to be updated somehow. We avoid that by keeping the same object.
1430         ((SequenceDummy) dummyseq).become(includedSeq);
1431         dummyseq.createDatasetSequence();
1432
1433         /*
1434          * Update mappings so they are now to the dataset sequence
1435          */
1436         for (AlignedCodonFrame mapping : align.getCodonFrames())
1437         {
1438           mapping.updateToDataset(dummyseq);
1439         }
1440
1441         /*
1442          * replace parsed sequence with the realised forward reference
1443          */
1444         includedseqs.set(p, dummyseq);
1445
1446         /*
1447          * and remove from the newseqs list
1448          */
1449         newseqs.remove(dummyseq);
1450       }
1451     }
1452
1453     /*
1454      * finally add sequences to the dataset
1455      */
1456     for (SequenceI seq : includedseqs)
1457     {
1458       // experimental: mapping-based 'alignment' to query sequence
1459       AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, align,
1460               String.valueOf(align.getGapCharacter()), false, true);
1461
1462       // rename sequences if GFF handler requested this
1463       // TODO a more elegant way e.g. gffHelper.postProcess(newseqs) ?
1464       List<SequenceFeature> sfs = seq.getFeatures().getPositionalFeatures();
1465       if (!sfs.isEmpty())
1466       {
1467         String newName = (String) sfs.get(0).getValue(
1468                 GffHelperI.RENAME_TOKEN);
1469         if (newName != null)
1470         {
1471           seq.setName(newName);
1472         }
1473       }
1474       align.addSequence(seq);
1475     }
1476   }
1477
1478   /**
1479    * Process a ## directive
1480    *
1481    * @param line
1482    * @param gffProps
1483    * @param align
1484    * @param newseqs
1485    * @throws IOException
1486    */
1487   protected void processGffPragma(String line, Map<String, String> gffProps,
1488           AlignmentI align, List<SequenceI> newseqs) throws IOException
1489   {
1490     line = line.trim();
1491     if ("###".equals(line))
1492     {
1493       // close off any open 'forward references'
1494       return;
1495     }
1496
1497     String[] tokens = line.substring(2).split(" ");
1498     String pragma = tokens[0];
1499     String value = tokens.length == 1 ? null : tokens[1];
1500
1501     if ("gff-version".equalsIgnoreCase(pragma))
1502     {
1503       if (value != null)
1504       {
1505         try
1506         {
1507           // value may be e.g. "3.1.2"
1508           gffVersion = Integer.parseInt(value.split("\\.")[0]);
1509         } catch (NumberFormatException e)
1510         {
1511           // ignore
1512         }
1513       }
1514     }
1515     else if ("sequence-region".equalsIgnoreCase(pragma))
1516     {
1517       // could capture <seqid start end> if wanted here
1518     }
1519     else if ("feature-ontology".equalsIgnoreCase(pragma))
1520     {
1521       // should resolve against the specified feature ontology URI
1522     }
1523     else if ("attribute-ontology".equalsIgnoreCase(pragma))
1524     {
1525       // URI of attribute ontology - not currently used in GFF3
1526     }
1527     else if ("source-ontology".equalsIgnoreCase(pragma))
1528     {
1529       // URI of source ontology - not currently used in GFF3
1530     }
1531     else if ("species-build".equalsIgnoreCase(pragma))
1532     {
1533       // save URI of specific NCBI taxon version of annotations
1534       gffProps.put("species-build", value);
1535     }
1536     else if ("fasta".equalsIgnoreCase(pragma))
1537     {
1538       // process the rest of the file as a fasta file and replace any dummy
1539       // sequence IDs
1540       processAsFasta(align, newseqs);
1541     }
1542     else
1543     {
1544       System.err.println("Ignoring unknown pragma: " + line);
1545     }
1546   }
1547 }