src/jalview/io/FeaturesFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.Arrays;
  27 import java.util.Collections;
  28 import java.util.HashMap;
  29 import java.util.LinkedHashMap;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Locale;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Map.Entry;
  34 import java.util.TreeMap;
  35
  36 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  37 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  38 import jalview.api.AlignViewportI;
  39 import jalview.api.FeatureColourI;
  40 import jalview.api.FeatureRenderer;
  41 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  42 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  43 import jalview.datamodel.Alignment;
  44 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  45 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  46 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  47 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  48 import jalview.datamodel.SequenceI;
  49 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  50 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  51 import jalview.gui.Desktop;
  52 import jalview.io.gff.GffHelperFactory;
  53 import jalview.io.gff.GffHelperI;
  54 import jalview.schemes.FeatureColour;
  55 import jalview.util.ColorUtils;
  56 import jalview.util.MapList;
  57 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  58 import jalview.util.StringUtils;
  59
  60 /**
  61  * Parses and writes features files, which may be in Jalview, GFF2 or GFF3
  62  * format. These are tab-delimited formats but with differences in the use of
  63  * columns.
  64  *
  65  * A Jalview feature file may define feature colours and then declare that the
  66  * remainder of the file is in GFF format with the line 'GFF'.
  67  *
  68  * GFF3 files may include alignment mappings for features, which Jalview will
  69  * attempt to model, and may include sequence data following a ##FASTA line.
  70  *
  71  *
  72  * @author AMW
  73  * @author jbprocter
  74  * @author gmcarstairs
  75  */
  76 public class FeaturesFile extends AlignFile implements FeaturesSourceI
  77 {
  78   private static final String EQUALS = "=";
  79
  80   private static final String TAB_REGEX = "\\t";
  81
  82   private static final String STARTGROUP = "STARTGROUP";
  83
  84   private static final String ENDGROUP = "ENDGROUP";
  85
  86   private static final String STARTFILTERS = "STARTFILTERS";
  87
  88   private static final String ENDFILTERS = "ENDFILTERS";
  89
  90   private static final String ID_NOT_SPECIFIED = "ID_NOT_SPECIFIED";
  91
  92   protected static final String GFF_VERSION = "##gff-version";
  93
  94   private AlignmentI lastmatchedAl = null;
  95
  96   private SequenceIdMatcher matcher = null;
  97
  98   protected AlignmentI dataset;
  99
 100   protected int gffVersion;
 101
 102   /**
 103    * Creates a new FeaturesFile object.
 104    */
 105   public FeaturesFile()
 106   {
 107   }
 108
 109   /**
 110    * Constructor which does not parse the file immediately
 111    *
 112    * @param file
 113    *          File or String filename
 114    * @param paste
 115    * @throws IOException
 116    */
 117   public FeaturesFile(Object file, DataSourceType paste) throws IOException
 118   {
 119     super(false, file, paste);
 120   }
 121
 122   /**
 123    * @param source
 124    * @throws IOException
 125    */
 126   public FeaturesFile(FileParse source) throws IOException
 127   {
 128     super(source);
 129   }
 130
 131   /**
 132    * Constructor that optionally parses the file immediately
 133    *
 134    * @param parseImmediately
 135    * @param file
 136    * @param type
 137    * @throws IOException
 138    */
 139   public FeaturesFile(boolean parseImmediately, Object file,
 140           DataSourceType type) throws IOException
 141   {
 142     super(parseImmediately, file, type);
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Parse GFF or sequence features file using case-independent matching,
 147    * discarding URLs
 148    *
 149    * @param align
 150    *          - alignment/dataset containing sequences that are to be annotated
 151    * @param colours
 152    *          - hashtable to store feature colour definitions
 153    * @param removeHTML
 154    *          - process html strings into plain text
 155    * @return true if features were added
 156    */
 157   public boolean parse(AlignmentI align,
 158           Map<String, FeatureColourI> colours, boolean removeHTML)
 159   {
 160     return parse(align, colours, removeHTML, false);
 161   }
 162
 163   /**
 164    * Extends the default addProperties by also adding peptide-to-cDNA mappings
 165    * (if any) derived while parsing a GFF file
 166    */
 167   @Override
 168   public void addProperties(AlignmentI al)
 169   {
 170     super.addProperties(al);
 171     if (dataset != null && dataset.getCodonFrames() != null)
 172     {
 173       AlignmentI ds = (al.getDataset() == null) ? al : al.getDataset();
 174       for (AlignedCodonFrame codons : dataset.getCodonFrames())
 175       {
 176         ds.addCodonFrame(codons);
 177       }
 178     }
 179   }
 180
 181   /**
 182    * Parse GFF or Jalview format sequence features file
 183    *
 184    * @param align
 185    *          - alignment/dataset containing sequences that are to be annotated
 186    * @param colours
 187    *          - map to store feature colour definitions
 188    * @param removeHTML
 189    *          - process html strings into plain text
 190    * @param relaxedIdmatching
 191    *          - when true, ID matches to compound sequence IDs are allowed
 192    * @return true if features were added
 193    */
 194   public boolean parse(AlignmentI align,
 195           Map<String, FeatureColourI> colours, boolean removeHTML,
 196           boolean relaxedIdmatching)
 197   {
 198     return parse(align, colours, null, removeHTML, relaxedIdmatching);
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Parse GFF or Jalview format sequence features file
 203    *
 204    * @param align
 205    *          - alignment/dataset containing sequences that are to be annotated
 206    * @param colours
 207    *          - map to store feature colour definitions
 208    * @param filters
 209    *          - map to store feature filter definitions
 210    * @param removeHTML
 211    *          - process html strings into plain text
 212    * @param relaxedIdmatching
 213    *          - when true, ID matches to compound sequence IDs are allowed
 214    * @return true if features were added
 215    */
 216   public boolean parse(AlignmentI align,
 217           Map<String, FeatureColourI> colours,
 218           Map<String, FeatureMatcherSetI> filters, boolean removeHTML,
 219           boolean relaxedIdmatching)
 220   {
 221     Map<String, String> gffProps = new HashMap<>();
 222     /*
 223      * keep track of any sequences we try to create from the data
 224      */
 225     List<SequenceI> newseqs = new ArrayList<>();
 226
 227     String line = null;
 228     try
 229     {
 230       String[] gffColumns;
 231       String featureGroup = null;
 232
 233       while ((line = nextLine()) != null)
 234       {
 235         // skip comments/process pragmas
 236         if (line.length() == 0 || line.startsWith("#"))
 237         {
 238           if (line.toLowerCase(Locale.ROOT).startsWith("##"))
 239           {
 240             processGffPragma(line, gffProps, align, newseqs);
 241           }
 242           continue;
 243         }
 244
 245         gffColumns = line.split(TAB_REGEX);
 246         if (gffColumns.length == 1)
 247         {
 248           if (line.trim().equalsIgnoreCase("GFF"))
 249           {
 250             /*
 251              * Jalview features file with appended GFF
 252              * assume GFF2 (though it may declare ##gff-version 3)
 253              */
 254             gffVersion = 2;
 255             continue;
 256           }
 257         }
 258
 259         if (gffColumns.length > 0 && gffColumns.length < 4)
 260         {
 261           /*
 262            * if 2 or 3 tokens, we anticipate either 'startgroup', 'endgroup' or
 263            * a feature type colour specification
 264            */
 265           String ft = gffColumns[0];
 266           if (ft.equalsIgnoreCase(STARTFILTERS))
 267           {
 268             parseFilters(filters);
 269             continue;
 270           }
 271           if (ft.equalsIgnoreCase(STARTGROUP))
 272           {
 273             featureGroup = gffColumns[1];
 274           }
 275           else if (ft.equalsIgnoreCase(ENDGROUP))
 276           {
 277             // We should check whether this is the current group,
 278             // but at present there's no way of showing more than 1 group
 279             featureGroup = null;
 280           }
 281           else
 282           {
 283             String colscheme = gffColumns[1];
 284             FeatureColourI colour = FeatureColour
 285                     .parseJalviewFeatureColour(colscheme);
 286             if (colour != null)
 287             {
 288               colours.put(ft, colour);
 289             }
 290           }
 291           continue;
 292         }
 293
 294         /*
 295          * if not a comment, GFF pragma, startgroup, endgroup or feature
 296          * colour specification, that just leaves a feature details line
 297          * in either Jalview or GFF format
 298          */
 299         if (gffVersion == 0)
 300         {
 301           parseJalviewFeature(line, gffColumns, align, colours, removeHTML,
 302                   relaxedIdmatching, featureGroup);
 303         }
 304         else
 305         {
 306           parseGff(gffColumns, align, relaxedIdmatching, newseqs);
 307         }
 308       }
 309       resetMatcher();
 310     } catch (Exception ex)
 311     {
 312       // should report somewhere useful for UI if necessary
 313       warningMessage = ((warningMessage == null) ? "" : warningMessage)
 314               + "Parsing error at\n" + line;
 315       jalview.bin.Console.outPrintln("Error parsing feature file: " + ex + "\n" + line);
 316       ex.printStackTrace(System.err);
 317       resetMatcher();
 318       return false;
 319     }
 320
 321     /*
 322      * experimental - add any dummy sequences with features to the alignment
 323      * - we need them for Ensembl feature extraction - though maybe not otherwise
 324      */
 325     for (SequenceI newseq : newseqs)
 326     {
 327       if (newseq.getFeatures().hasFeatures())
 328       {
 329         align.addSequence(newseq);
 330       }
 331     }
 332     return true;
 333   }
 334
 335   /**
 336    * Reads input lines from STARTFILTERS to ENDFILTERS and adds a feature type
 337    * filter to the map for each line parsed. After exit from this method,
 338    * nextLine() should return the line after ENDFILTERS (or we are already at
 339    * end of file if ENDFILTERS was missing).
 340    *
 341    * @param filters
 342    * @throws IOException
 343    */
 344   protected void parseFilters(Map<String, FeatureMatcherSetI> filters)
 345           throws IOException
 346   {
 347     String line;
 348     while ((line = nextLine()) != null)
 349     {
 350       if (line.toUpperCase(Locale.ROOT).startsWith(ENDFILTERS))
 351       {
 352         return;
 353       }
 354       String[] tokens = line.split(TAB_REGEX);
 355       if (tokens.length != 2)
 356       {
 357         jalview.bin.Console.errPrintln(String.format("Invalid token count %d for %d",
 358                 tokens.length, line));
 359       }
 360       else
 361       {
 362         String featureType = tokens[0];
 363         FeatureMatcherSetI fm = FeatureMatcherSet.fromString(tokens[1]);
 364         if (fm != null && filters != null)
 365         {
 366           filters.put(featureType, fm);
 367         }
 368       }
 369     }
 370   }
 371
 372   /**
 373    * Try to parse a Jalview format feature specification and add it as a
 374    * sequence feature to any matching sequences in the alignment. Returns true
 375    * if successful (a feature was added), or false if not.
 376    *
 377    * @param line
 378    * @param gffColumns
 379    * @param alignment
 380    * @param featureColours
 381    * @param removeHTML
 382    * @param relaxedIdmatching
 383    * @param featureGroup
 384    */
 385   protected boolean parseJalviewFeature(String line, String[] gffColumns,
 386           AlignmentI alignment, Map<String, FeatureColourI> featureColours,
 387           boolean removeHTML, boolean relaxedIdMatching,
 388           String featureGroup)
 389   {
 390     /*
 391      * tokens: description seqid seqIndex start end type [score]
 392      */
 393     if (gffColumns.length < 6)
 394     {
 395       jalview.bin.Console.errPrintln("Ignoring feature line '" + line
 396               + "' with too few columns (" + gffColumns.length + ")");
 397       return false;
 398     }
 399     String desc = gffColumns[0];
 400     String seqId = gffColumns[1];
 401     SequenceI seq = findSequence(seqId, alignment, null, relaxedIdMatching);
 402
 403     if (!ID_NOT_SPECIFIED.equals(seqId))
 404     {
 405       seq = findSequence(seqId, alignment, null, relaxedIdMatching);
 406     }
 407     else
 408     {
 409       seqId = null;
 410       seq = null;
 411       String seqIndex = gffColumns[2];
 412       try
 413       {
 414         int idx = Integer.parseInt(seqIndex);
 415         seq = alignment.getSequenceAt(idx);
 416       } catch (NumberFormatException ex)
 417       {
 418         jalview.bin.Console.errPrintln("Invalid sequence index: " + seqIndex);
 419       }
 420     }
 421
 422     if (seq == null)
 423     {
 424       jalview.bin.Console.outPrintln("Sequence not found: " + line);
 425       return false;
 426     }
 427
 428     int startPos = Integer.parseInt(gffColumns[3]);
 429     int endPos = Integer.parseInt(gffColumns[4]);
 430
 431     String ft = gffColumns[5];
 432
 433     if (!featureColours.containsKey(ft))
 434     {
 435       /*
 436        * Perhaps an old style groups file with no colours -
 437        * synthesize a colour from the feature type
 438        */
 439       Color colour = ColorUtils.createColourFromName(ft);
 440       featureColours.put(ft, new FeatureColour(colour));
 441     }
 442     SequenceFeature sf = null;
 443     if (gffColumns.length > 6)
 444     {
 445       float score = Float.NaN;
 446       try
 447       {
 448         score = Float.valueOf(gffColumns[6]).floatValue();
 449       } catch (NumberFormatException ex)
 450       {
 451         sf = new SequenceFeature(ft, desc, startPos, endPos, featureGroup);
 452       }
 453       sf = new SequenceFeature(ft, desc, startPos, endPos, score,
 454               featureGroup);
 455     }
 456     else
 457     {
 458       sf = new SequenceFeature(ft, desc, startPos, endPos, featureGroup);
 459     }
 460
 461     parseDescriptionHTML(sf, removeHTML);
 462
 463     seq.addSequenceFeature(sf);
 464
 465     while (seqId != null
 466             && (seq = alignment.findName(seq, seqId, false)) != null)
 467     {
 468       seq.addSequenceFeature(new SequenceFeature(sf));
 469     }
 470     return true;
 471   }
 472
 473   /**
 474    * clear any temporary handles used to speed up ID matching
 475    */
 476   protected void resetMatcher()
 477   {
 478     lastmatchedAl = null;
 479     matcher = null;
 480   }
 481
 482   /**
 483    * Returns a sequence matching the given id, as follows
 484    * <ul>
 485    * <li>strict matching is on exact sequence name</li>
 486    * <li>relaxed matching allows matching on a token within the sequence name,
 487    * or a dbxref</li>
 488    * <li>first tries to find a match in the alignment sequences</li>
 489    * <li>else tries to find a match in the new sequences already generated while
 490    * parsing the features file</li>
 491    * <li>else creates a new placeholder sequence, adds it to the new sequences
 492    * list, and returns it</li>
 493    * </ul>
 494    *
 495    * @param seqId
 496    * @param align
 497    * @param newseqs
 498    * @param relaxedIdMatching
 499    *
 500    * @return
 501    */
 502   protected SequenceI findSequence(String seqId, AlignmentI align,
 503           List<SequenceI> newseqs, boolean relaxedIdMatching)
 504   {
 505     // TODO encapsulate in SequenceIdMatcher, share the matcher
 506     // with the GffHelper (removing code duplication)
 507     SequenceI match = null;
 508     if (relaxedIdMatching)
 509     {
 510       if (lastmatchedAl != align)
 511       {
 512         lastmatchedAl = align;
 513         matcher = new SequenceIdMatcher(align.getSequencesArray());
 514         if (newseqs != null)
 515         {
 516           matcher.addAll(newseqs);
 517         }
 518       }
 519       match = matcher.findIdMatch(seqId);
 520     }
 521     else
 522     {
 523       match = align.findName(seqId, true);
 524       if (match == null && newseqs != null)
 525       {
 526         for (SequenceI m : newseqs)
 527         {
 528           if (seqId.equals(m.getName()))
 529           {
 530             return m;
 531           }
 532         }
 533       }
 534
 535     }
 536     if (match == null && newseqs != null)
 537     {
 538       match = new SequenceDummy(seqId);
 539       if (relaxedIdMatching)
 540       {
 541         matcher.addAll(Arrays.asList(new SequenceI[] { match }));
 542       }
 543       // add dummy sequence to the newseqs list
 544       newseqs.add(match);
 545     }
 546     return match;
 547   }
 548
 549   public void parseDescriptionHTML(SequenceFeature sf, boolean removeHTML)
 550   {
 551     if (sf.getDescription() == null)
 552     {
 553       return;
 554     }
 555     ParseHtmlBodyAndLinks parsed = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 556             sf.getDescription(), removeHTML, newline);
 557
 558     if (removeHTML)
 559     {
 560       sf.setDescription(parsed.getNonHtmlContent());
 561     }
 562
 563     for (String link : parsed.getLinks())
 564     {
 565       sf.addLink(link);
 566     }
 567   }
 568
 569   /**
 570    * Returns contents of a Jalview format features file, for visible features,
 571    * as filtered by type and group. Features with a null group are displayed if
 572    * their feature type is visible. Non-positional features may optionally be
 573    * included (with no check on type or group).
 574    *
 575    * @param sequences
 576    * @param fr
 577    * @param includeNonPositional
 578    *          if true, include non-positional features (regardless of group or
 579    *          type)
 580    * @param includeComplement
 581    *          if true, include visible complementary (CDS/protein) positional
 582    *          features, with locations converted to local sequence coordinates
 583    * @return
 584    */
 585   public String printJalviewFormat(SequenceI[] sequences,
 586           FeatureRenderer fr, boolean includeNonPositional,
 587           boolean includeComplement)
 588   {
 589     Map<String, FeatureColourI> visibleColours = fr
 590             .getDisplayedFeatureCols();
 591     Map<String, FeatureMatcherSetI> featureFilters = fr.getFeatureFilters();
 592
 593     /*
 594      * write out feature colours (if we know them)
 595      */
 596     // TODO: decide if feature links should also be written here ?
 597     StringBuilder out = new StringBuilder(256);
 598     if (visibleColours != null)
 599     {
 600       for (Entry<String, FeatureColourI> featureColour : visibleColours
 601               .entrySet())
 602       {
 603         FeatureColourI colour = featureColour.getValue();
 604         out.append(colour.toJalviewFormat(featureColour.getKey()))
 605                 .append(newline);
 606       }
 607     }
 608
 609     String[] types = visibleColours == null ? new String[0]
 610             : visibleColours.keySet()
 611                     .toArray(new String[visibleColours.keySet().size()]);
 612
 613     /*
 614      * feature filters if any
 615      */
 616     outputFeatureFilters(out, visibleColours, featureFilters);
 617
 618     /*
 619      * output features within groups
 620      */
 621     int count = outputFeaturesByGroup(out, fr, types, sequences,
 622             includeNonPositional);
 623
 624     if (includeComplement)
 625     {
 626       count += outputComplementFeatures(out, fr, sequences);
 627     }
 628
 629     return count > 0 ? out.toString() : "No Features Visible";
 630   }
 631
 632   /**
 633    * Outputs any visible complementary (CDS/peptide) positional features as
 634    * Jalview format, within feature group. The coordinates of the linked
 635    * features are converted to the corresponding positions of the local
 636    * sequences.
 637    *
 638    * @param out
 639    * @param fr
 640    * @param sequences
 641    * @return
 642    */
 643   private int outputComplementFeatures(StringBuilder out,
 644           FeatureRenderer fr, SequenceI[] sequences)
 645   {
 646     AlignViewportI comp = fr.getViewport().getCodingComplement();
 647     FeatureRenderer fr2 = Desktop.getAlignFrameFor(comp)
 648             .getFeatureRenderer();
 649
 650     /*
 651      * bin features by feature group and sequence
 652      */
 653     Map<String, Map<String, List<SequenceFeature>>> map = new TreeMap<>(
 654             String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 655     int count = 0;
 656
 657     for (SequenceI seq : sequences)
 658     {
 659       /*
 660        * find complementary features
 661        */
 662       List<SequenceFeature> complementary = findComplementaryFeatures(seq,
 663               fr2);
 664       String seqName = seq.getName();
 665
 666       for (SequenceFeature sf : complementary)
 667       {
 668         String group = sf.getFeatureGroup();
 669         if (!map.containsKey(group))
 670         {
 671           map.put(group, new LinkedHashMap<>()); // preserves sequence order
 672         }
 673         Map<String, List<SequenceFeature>> groupFeatures = map.get(group);
 674         if (!groupFeatures.containsKey(seqName))
 675         {
 676           groupFeatures.put(seqName, new ArrayList<>());
 677         }
 678         List<SequenceFeature> foundFeatures = groupFeatures.get(seqName);
 679         foundFeatures.add(sf);
 680         count++;
 681       }
 682     }
 683
 684     /*
 685      * output features by group
 686      */
 687     for (Entry<String, Map<String, List<SequenceFeature>>> groupFeatures : map
 688             .entrySet())
 689     {
 690       out.append(newline);
 691       String group = groupFeatures.getKey();
 692       if (!"".equals(group))
 693       {
 694         out.append(STARTGROUP).append(TAB).append(group).append(newline);
 695       }
 696       Map<String, List<SequenceFeature>> seqFeaturesMap = groupFeatures
 697               .getValue();
 698       for (Entry<String, List<SequenceFeature>> seqFeatures : seqFeaturesMap
 699               .entrySet())
 700       {
 701         String sequenceName = seqFeatures.getKey();
 702         for (SequenceFeature sf : seqFeatures.getValue())
 703         {
 704           formatJalviewFeature(out, sequenceName, sf);
 705         }
 706       }
 707       if (!"".equals(group))
 708       {
 709         out.append(ENDGROUP).append(TAB).append(group).append(newline);
 710       }
 711     }
 712
 713     return count;
 714   }
 715
 716   /**
 717    * Answers a list of mapped features visible in the (CDS/protein) complement,
 718    * with feature positions translated to local sequence coordinates
 719    *
 720    * @param seq
 721    * @param fr2
 722    * @return
 723    */
 724   protected List<SequenceFeature> findComplementaryFeatures(SequenceI seq,
 725           FeatureRenderer fr2)
 726   {
 727     /*
 728      * avoid duplication of features (e.g. peptide feature
 729      * at all 3 mapped codon positions)
 730      */
 731     List<SequenceFeature> found = new ArrayList<>();
 732     List<SequenceFeature> complementary = new ArrayList<>();
 733
 734     for (int pos = seq.getStart(); pos <= seq.getEnd(); pos++)
 735     {
 736       MappedFeatures mf = fr2.findComplementFeaturesAtResidue(seq, pos);
 737
 738       if (mf != null)
 739       {
 740         for (SequenceFeature sf : mf.features)
 741         {
 742           /*
 743            * make a virtual feature with local coordinates
 744            */
 745           if (!found.contains(sf))
 746           {
 747             String group = sf.getFeatureGroup();
 748             if (group == null)
 749             {
 750               group = "";
 751             }
 752             found.add(sf);
 753             int begin = sf.getBegin();
 754             int end = sf.getEnd();
 755             int[] range = mf.getMappedPositions(begin, end);
 756             SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature(sf, range[0],
 757                     range[1], group, sf.getScore());
 758             complementary.add(sf2);
 759           }
 760         }
 761       }
 762     }
 763
 764     return complementary;
 765   }
 766
 767   /**
 768    * Outputs any feature filters defined for visible feature types, sandwiched
 769    * by STARTFILTERS and ENDFILTERS lines
 770    *
 771    * @param out
 772    * @param visible
 773    * @param featureFilters
 774    */
 775   void outputFeatureFilters(StringBuilder out,
 776           Map<String, FeatureColourI> visible,
 777           Map<String, FeatureMatcherSetI> featureFilters)
 778   {
 779     if (visible == null || featureFilters == null
 780             || featureFilters.isEmpty())
 781     {
 782       return;
 783     }
 784
 785     boolean first = true;
 786     for (String featureType : visible.keySet())
 787     {
 788       FeatureMatcherSetI filter = featureFilters.get(featureType);
 789       if (filter != null)
 790       {
 791         if (first)
 792         {
 793           first = false;
 794           out.append(newline).append(STARTFILTERS).append(newline);
 795         }
 796         out.append(featureType).append(TAB).append(filter.toStableString())
 797                 .append(newline);
 798       }
 799     }
 800     if (!first)
 801     {
 802       out.append(ENDFILTERS).append(newline);
 803     }
 804
 805   }
 806
 807   /**
 808    * Appends output of visible sequence features within feature groups to the
 809    * output buffer. Groups other than the null or empty group are sandwiched by
 810    * STARTGROUP and ENDGROUP lines. Answers the number of features written.
 811    *
 812    * @param out
 813    * @param fr
 814    * @param featureTypes
 815    * @param sequences
 816    * @param includeNonPositional
 817    * @return
 818    */
 819   private int outputFeaturesByGroup(StringBuilder out, FeatureRenderer fr,
 820           String[] featureTypes, SequenceI[] sequences,
 821           boolean includeNonPositional)
 822   {
 823     List<String> featureGroups = fr.getFeatureGroups();
 824
 825     /*
 826      * sort groups alphabetically, and ensure that features with a
 827      * null or empty group are output after those in named groups
 828      */
 829     List<String> sortedGroups = new ArrayList<>(featureGroups);
 830     sortedGroups.remove(null);
 831     sortedGroups.remove("");
 832     Collections.sort(sortedGroups);
 833     sortedGroups.add(null);
 834     sortedGroups.add("");
 835
 836     int count = 0;
 837     List<String> visibleGroups = fr.getDisplayedFeatureGroups();
 838
 839     /*
 840      * loop over all groups (may be visible or not);
 841      * non-positional features are output even if group is not visible
 842      */
 843     for (String group : sortedGroups)
 844     {
 845       boolean firstInGroup = true;
 846       boolean isNullGroup = group == null || "".equals(group);
 847
 848       for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
 849       {
 850         String sequenceName = sequences[i].getName();
 851         List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
 852
 853         /*
 854          * get any non-positional features in this group, if wanted
 855          * (for any feature type, whether visible or not)
 856          */
 857         if (includeNonPositional)
 858         {
 859           features.addAll(sequences[i].getFeatures()
 860                   .getFeaturesForGroup(false, group));
 861         }
 862
 863         /*
 864          * add positional features for visible feature types, but
 865          * (for named groups) only if feature group is visible
 866          */
 867         if (featureTypes.length > 0
 868                 && (isNullGroup || visibleGroups.contains(group)))
 869         {
 870           features.addAll(sequences[i].getFeatures()
 871                   .getFeaturesForGroup(true, group, featureTypes));
 872         }
 873
 874         for (SequenceFeature sf : features)
 875         {
 876           if (sf.isNonPositional() || fr.isVisible(sf))
 877           {
 878             count++;
 879             if (firstInGroup)
 880             {
 881               out.append(newline);
 882               if (!isNullGroup)
 883               {
 884                 out.append(STARTGROUP).append(TAB).append(group)
 885                         .append(newline);
 886               }
 887             }
 888             firstInGroup = false;
 889             formatJalviewFeature(out, sequenceName, sf);
 890           }
 891         }
 892       }
 893
 894       if (!isNullGroup && !firstInGroup)
 895       {
 896         out.append(ENDGROUP).append(TAB).append(group).append(newline);
 897       }
 898     }
 899     return count;
 900   }
 901
 902   /**
 903    * Formats one feature in Jalview format and appends to the string buffer
 904    *
 905    * @param out
 906    * @param sequenceName
 907    * @param sequenceFeature
 908    */
 909   protected void formatJalviewFeature(StringBuilder out,
 910           String sequenceName, SequenceFeature sequenceFeature)
 911   {
 912     if (sequenceFeature.description == null
 913             || sequenceFeature.description.equals(""))
 914     {
 915       out.append(sequenceFeature.type).append(TAB);
 916     }
 917     else
 918     {
 919       if (sequenceFeature.links != null
 920               && sequenceFeature.getDescription().indexOf("<html>") == -1)
 921       {
 922         out.append("<html>");
 923       }
 924
 925       out.append(sequenceFeature.description);
 926       if (sequenceFeature.links != null)
 927       {
 928         for (int l = 0; l < sequenceFeature.links.size(); l++)
 929         {
 930           String label = sequenceFeature.links.elementAt(l);
 931           String href = label.substring(label.indexOf("|") + 1);
 932           label = label.substring(0, label.indexOf("|"));
 933
 934           if (sequenceFeature.description.indexOf(href) == -1)
 935           {
 936             out.append(" <a href=\"").append(href).append("\">")
 937                     .append(label).append("</a>");
 938           }
 939         }
 940
 941         if (sequenceFeature.getDescription().indexOf("</html>") == -1)
 942         {
 943           out.append("</html>");
 944         }
 945       }
 946
 947       out.append(TAB);
 948     }
 949     out.append(sequenceName);
 950     out.append("\t-1\t");
 951     out.append(sequenceFeature.begin);
 952     out.append(TAB);
 953     out.append(sequenceFeature.end);
 954     out.append(TAB);
 955     out.append(sequenceFeature.type);
 956     if (!Float.isNaN(sequenceFeature.score))
 957     {
 958       out.append(TAB);
 959       out.append(sequenceFeature.score);
 960     }
 961     out.append(newline);
 962   }
 963
 964   /**
 965    * Parse method that is called when a GFF file is dragged to the desktop
 966    */
 967   @Override
 968   public void parse()
 969   {
 970     AlignViewportI av = getViewport();
 971     if (av != null)
 972     {
 973       if (av.getAlignment() != null)
 974       {
 975         dataset = av.getAlignment().getDataset();
 976       }
 977       if (dataset == null)
 978       {
 979         // working in the applet context ?
 980         dataset = av.getAlignment();
 981       }
 982     }
 983     else
 984     {
 985       dataset = new Alignment(new SequenceI[] {});
 986     }
 987
 988     Map<String, FeatureColourI> featureColours = new HashMap<>();
 989     boolean parseResult = parse(dataset, featureColours, false, true);
 990     if (!parseResult)
 991     {
 992       // pass error up somehow
 993     }
 994     if (av != null)
 995     {
 996       // update viewport with the dataset data ?
 997     }
 998     else
 999     {
1000       setSeqs(dataset.getSequencesArray());
1001     }
1002   }
1003
1004   /**
1005    * Implementation of unused abstract method
1006    *
1007    * @return error message
1008    */
1009   @Override
1010   public String print(SequenceI[] sqs, boolean jvsuffix)
1011   {
1012     jalview.bin.Console.outPrintln("Use printGffFormat() or printJalviewFormat()");
1013     return null;
1014   }
1015
1016   /**
1017    * Returns features output in GFF2 format
1018    *
1019    * @param sequences
1020    *          the sequences whose features are to be output
1021    * @param visible
1022    *          a map whose keys are the type names of visible features
1023    * @param visibleFeatureGroups
1024    * @param includeNonPositionalFeatures
1025    * @param includeComplement
1026    * @return
1027    */
1028   public String printGffFormat(SequenceI[] sequences, FeatureRenderer fr,
1029           boolean includeNonPositionalFeatures, boolean includeComplement)
1030   {
1031     FeatureRenderer fr2 = null;
1032     if (includeComplement)
1033     {
1034       AlignViewportI comp = fr.getViewport().getCodingComplement();
1035       fr2 = Desktop.getAlignFrameFor(comp).getFeatureRenderer();
1036     }
1037
1038     Map<String, FeatureColourI> visibleColours = fr
1039             .getDisplayedFeatureCols();
1040
1041     StringBuilder out = new StringBuilder(256);
1042
1043     out.append(String.format("%s %d\n", GFF_VERSION,
1044             gffVersion == 0 ? 2 : gffVersion));
1045
1046     String[] types = visibleColours == null ? new String[0]
1047             : visibleColours.keySet()
1048                     .toArray(new String[visibleColours.keySet().size()]);
1049
1050     for (SequenceI seq : sequences)
1051     {
1052       List<SequenceFeature> seqFeatures = new ArrayList<>();
1053       List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
1054       if (includeNonPositionalFeatures)
1055       {
1056         features.addAll(seq.getFeatures().getNonPositionalFeatures());
1057       }
1058       if (visibleColours != null && !visibleColours.isEmpty())
1059       {
1060         features.addAll(seq.getFeatures().getPositionalFeatures(types));
1061       }
1062       for (SequenceFeature sf : features)
1063       {
1064         if (sf.isNonPositional() || fr.isVisible(sf))
1065         {
1066           /*
1067            * drop features hidden by group visibility, colour threshold,
1068            * or feature filter condition
1069            */
1070           seqFeatures.add(sf);
1071         }
1072       }
1073
1074       if (includeComplement)
1075       {
1076         seqFeatures.addAll(findComplementaryFeatures(seq, fr2));
1077       }
1078
1079       /*
1080        * sort features here if wanted
1081        */
1082       for (SequenceFeature sf : seqFeatures)
1083       {
1084         formatGffFeature(out, seq, sf);
1085         out.append(newline);
1086       }
1087     }
1088
1089     return out.toString();
1090   }
1091
1092   /**
1093    * Formats one feature as GFF and appends to the string buffer
1094    */
1095   private void formatGffFeature(StringBuilder out, SequenceI seq,
1096           SequenceFeature sf)
1097   {
1098     String source = sf.featureGroup;
1099     if (source == null)
1100     {
1101       source = sf.getDescription();
1102     }
1103
1104     out.append(seq.getName());
1105     out.append(TAB);
1106     out.append(source);
1107     out.append(TAB);
1108     out.append(sf.type);
1109     out.append(TAB);
1110     out.append(sf.begin);
1111     out.append(TAB);
1112     out.append(sf.end);
1113     out.append(TAB);
1114     out.append(sf.score);
1115     out.append(TAB);
1116
1117     int strand = sf.getStrand();
1118     out.append(strand == 1 ? "+" : (strand == -1 ? "-" : "."));
1119     out.append(TAB);
1120
1121     String phase = sf.getPhase();
1122     out.append(phase == null ? "." : phase);
1123
1124     if (sf.otherDetails != null && !sf.otherDetails.isEmpty())
1125     {
1126       Map<String, Object> map = sf.otherDetails;
1127       formatAttributes(out, map);
1128     }
1129   }
1130
1131   /**
1132    * A helper method that outputs attributes stored in the map as
1133    * semicolon-delimited values e.g.
1134    *
1135    * <pre>
1136    * AC_Male=0;AF_NFE=0.00000e 00;Hom_FIN=0;GQ_MEDIAN=9
1137    * </pre>
1138    *
1139    * A map-valued attribute is formatted as a comma-delimited list within
1140    * braces, for example
1141    *
1142    * <pre>
1143    * jvmap_CSQ={ALLELE_NUM=1,UNIPARC=UPI0002841053,Feature=ENST00000585561}
1144    * </pre>
1145    *
1146    * The {@code jvmap_} prefix designates a values map and is removed if the
1147    * value is parsed when read in. (The GFF3 specification allows
1148    * 'semi-structured data' to be represented provided the attribute name begins
1149    * with a lower case letter.)
1150    *
1151    * @param sb
1152    * @param map
1153    * @see http://gmod.org/wiki/GFF3#GFF3_Format
1154    */
1155   void formatAttributes(StringBuilder sb, Map<String, Object> map)
1156   {
1157     sb.append(TAB);
1158     boolean first = true;
1159     for (String key : map.keySet())
1160     {
1161       if (SequenceFeature.STRAND.equals(key)
1162               || SequenceFeature.PHASE.equals(key))
1163       {
1164         /*
1165          * values stashed in map but output to their own columns
1166          */
1167         continue;
1168       }
1169       {
1170         if (!first)
1171         {
1172           sb.append(";");
1173         }
1174       }
1175       first = false;
1176       Object value = map.get(key);
1177       if (value instanceof Map<?, ?>)
1178       {
1179         formatMapAttribute(sb, key, (Map<?, ?>) value);
1180       }
1181       else
1182       {
1183         String formatted = StringUtils.urlEncode(value.toString(),
1184                 GffHelperI.GFF_ENCODABLE);
1185         sb.append(key).append(EQUALS).append(formatted);
1186       }
1187     }
1188   }
1189
1190   /**
1191    * Formats the map entries as
1192    *
1193    * <pre>
1194    * key=key1=value1,key2=value2,...
1195    * </pre>
1196    *
1197    * and appends this to the string buffer
1198    *
1199    * @param sb
1200    * @param key
1201    * @param map
1202    */
1203   private void formatMapAttribute(StringBuilder sb, String key,
1204           Map<?, ?> map)
1205   {
1206     if (map == null || map.isEmpty())
1207     {
1208       return;
1209     }
1210
1211     /*
1212      * AbstractMap.toString would be a shortcut here, but more reliable
1213      * to code the required format in case toString changes in future
1214      */
1215     sb.append(key).append(EQUALS);
1216     boolean first = true;
1217     for (Entry<?, ?> entry : map.entrySet())
1218     {
1219       if (!first)
1220       {
1221         sb.append(",");
1222       }
1223       first = false;
1224       sb.append(entry.getKey().toString()).append(EQUALS);
1225       String formatted = StringUtils.urlEncode(entry.getValue().toString(),
1226               GffHelperI.GFF_ENCODABLE);
1227       sb.append(formatted);
1228     }
1229   }
1230
1231   /**
1232    * Returns a mapping given list of one or more Align descriptors (exonerate
1233    * format)
1234    *
1235    * @param alignedRegions
1236    *          a list of "Align fromStart toStart fromCount"
1237    * @param mapIsFromCdna
1238    *          if true, 'from' is dna, else 'from' is protein
1239    * @param strand
1240    *          either 1 (forward) or -1 (reverse)
1241    * @return
1242    * @throws IOException
1243    */
1244   protected MapList constructCodonMappingFromAlign(
1245           List<String> alignedRegions, boolean mapIsFromCdna, int strand)
1246           throws IOException
1247   {
1248     if (strand == 0)
1249     {
1250       throw new IOException(
1251               "Invalid strand for a codon mapping (cannot be 0)");
1252     }
1253     int regions = alignedRegions.size();
1254     // arrays to hold [start, end] for each aligned region
1255     int[] fromRanges = new int[regions * 2]; // from dna
1256     int[] toRanges = new int[regions * 2]; // to protein
1257     int fromRangesIndex = 0;
1258     int toRangesIndex = 0;
1259
1260     for (String range : alignedRegions)
1261     {
1262       /*
1263        * Align mapFromStart mapToStart mapFromCount
1264        * e.g. if mapIsFromCdna
1265        *     Align 11270 143 120
1266        * means:
1267        *     120 bases from pos 11270 align to pos 143 in peptide
1268        * if !mapIsFromCdna this would instead be
1269        *     Align 143 11270 40
1270        */
1271       String[] tokens = range.split(" ");
1272       if (tokens.length != 3)
1273       {
1274         throw new IOException("Wrong number of fields for Align");
1275       }
1276       int fromStart = 0;
1277       int toStart = 0;
1278       int fromCount = 0;
1279       try
1280       {
1281         fromStart = Integer.parseInt(tokens[0]);
1282         toStart = Integer.parseInt(tokens[1]);
1283         fromCount = Integer.parseInt(tokens[2]);
1284       } catch (NumberFormatException nfe)
1285       {
1286         throw new IOException(
1287                 "Invalid number in Align field: " + nfe.getMessage());
1288       }
1289
1290       /*
1291        * Jalview always models from dna to protein, so adjust values if the
1292        * GFF mapping is from protein to dna
1293        */
1294       if (!mapIsFromCdna)
1295       {
1296         fromCount *= 3;
1297         int temp = fromStart;
1298         fromStart = toStart;
1299         toStart = temp;
1300       }
1301       fromRanges[fromRangesIndex++] = fromStart;
1302       fromRanges[fromRangesIndex++] = fromStart + strand * (fromCount - 1);
1303
1304       /*
1305        * If a codon has an intron gap, there will be contiguous 'toRanges';
1306        * this is handled for us by the MapList constructor.
1307        * (It is not clear that exonerate ever generates this case)
1308        */
1309       toRanges[toRangesIndex++] = toStart;
1310       toRanges[toRangesIndex++] = toStart + (fromCount - 1) / 3;
1311     }
1312
1313     return new MapList(fromRanges, toRanges, 3, 1);
1314   }
1315
1316   /**
1317    * Parse a GFF format feature. This may include creating a 'dummy' sequence to
1318    * hold the feature, or for its mapped sequence, or both, to be resolved
1319    * either later in the GFF file (##FASTA section), or when the user loads
1320    * additional sequences.
1321    *
1322    * @param gffColumns
1323    * @param alignment
1324    * @param relaxedIdMatching
1325    * @param newseqs
1326    * @return
1327    */
1328   protected SequenceI parseGff(String[] gffColumns, AlignmentI alignment,
1329           boolean relaxedIdMatching, List<SequenceI> newseqs)
1330   {
1331     /*
1332      * GFF: seqid source type start end score strand phase [attributes]
1333      */
1334     if (gffColumns.length < 5)
1335     {
1336       jalview.bin.Console.errPrintln("Ignoring GFF feature line with too few columns ("
1337               + gffColumns.length + ")");
1338       return null;
1339     }
1340
1341     /*
1342      * locate referenced sequence in alignment _or_
1343      * as a forward or external reference (SequenceDummy)
1344      */
1345     String seqId = gffColumns[0];
1346     SequenceI seq = findSequence(seqId, alignment, newseqs,
1347             relaxedIdMatching);
1348
1349     SequenceFeature sf = null;
1350     GffHelperI helper = GffHelperFactory.getHelper(gffColumns);
1351     if (helper != null)
1352     {
1353       try
1354       {
1355         sf = helper.processGff(seq, gffColumns, alignment, newseqs,
1356                 relaxedIdMatching);
1357         if (sf != null)
1358         {
1359           seq.addSequenceFeature(sf);
1360           while ((seq = alignment.findName(seq, seqId, true)) != null)
1361           {
1362             seq.addSequenceFeature(new SequenceFeature(sf));
1363           }
1364         }
1365       } catch (IOException e)
1366       {
1367         jalview.bin.Console.errPrintln("GFF parsing failed with: " + e.getMessage());
1368         return null;
1369       }
1370     }
1371
1372     return seq;
1373   }
1374
1375   /**
1376    * After encountering ##fasta in a GFF3 file, process the remainder of the
1377    * file as FAST sequence data. Any placeholder sequences created during
1378    * feature parsing are updated with the actual sequences.
1379    *
1380    * @param align
1381    * @param newseqs
1382    * @throws IOException
1383    */
1384   protected void processAsFasta(AlignmentI align, List<SequenceI> newseqs)
1385           throws IOException
1386   {
1387     try
1388     {
1389       mark();
1390     } catch (IOException q)
1391     {
1392     }
1393     // Opening a FastaFile object with the remainder of this object's dataIn.
1394     // Tell the constructor to NOT close the dataIn when finished.
1395     FastaFile parser = new FastaFile(this, false);
1396     List<SequenceI> includedseqs = parser.getSeqs();
1397
1398     SequenceIdMatcher smatcher = new SequenceIdMatcher(newseqs);
1399
1400     /*
1401      * iterate over includedseqs, and replacing matching ones with newseqs
1402      * sequences. Generic iterator not used here because we modify
1403      * includedseqs as we go
1404      */
1405     for (int p = 0, pSize = includedseqs.size(); p < pSize; p++)
1406     {
1407       // search for any dummy seqs that this sequence can be used to update
1408       SequenceI includedSeq = includedseqs.get(p);
1409       SequenceI dummyseq = smatcher.findIdMatch(includedSeq);
1410       if (dummyseq != null && dummyseq instanceof SequenceDummy)
1411       {
1412         // probably have the pattern wrong
1413         // idea is that a flyweight proxy for a sequence ID can be created for
1414         // 1. stable reference creation
1415         // 2. addition of annotation
1416         // 3. future replacement by a real sequence
1417         // current pattern is to create SequenceDummy objects - a convenience
1418         // constructor for a Sequence.
1419         // problem is that when promoted to a real sequence, all references
1420         // need to be updated somehow. We avoid that by keeping the same object.
1421         ((SequenceDummy) dummyseq).become(includedSeq);
1422         dummyseq.createDatasetSequence();
1423
1424         /*
1425          * Update mappings so they are now to the dataset sequence
1426          */
1427         for (AlignedCodonFrame mapping : align.getCodonFrames())
1428         {
1429           mapping.updateToDataset(dummyseq);
1430         }
1431
1432         /*
1433          * replace parsed sequence with the realised forward reference
1434          */
1435         includedseqs.set(p, dummyseq);
1436
1437         /*
1438          * and remove from the newseqs list
1439          */
1440         newseqs.remove(dummyseq);
1441       }
1442     }
1443
1444     /*
1445      * finally add sequences to the dataset
1446      */
1447     for (SequenceI seq : includedseqs)
1448     {
1449       // experimental: mapping-based 'alignment' to query sequence
1450       AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, align,
1451               String.valueOf(align.getGapCharacter()), false, true);
1452
1453       // rename sequences if GFF handler requested this
1454       // TODO a more elegant way e.g. gffHelper.postProcess(newseqs) ?
1455       List<SequenceFeature> sfs = seq.getFeatures().getPositionalFeatures();
1456       if (!sfs.isEmpty())
1457       {
1458         String newName = (String) sfs.get(0)
1459                 .getValue(GffHelperI.RENAME_TOKEN);
1460         if (newName != null)
1461         {
1462           seq.setName(newName);
1463         }
1464       }
1465       align.addSequence(seq);
1466     }
1467   }
1468
1469   /**
1470    * Process a ## directive
1471    *
1472    * @param line
1473    * @param gffProps
1474    * @param align
1475    * @param newseqs
1476    * @throws IOException
1477    */
1478   protected void processGffPragma(String line, Map<String, String> gffProps,
1479           AlignmentI align, List<SequenceI> newseqs) throws IOException
1480   {
1481     line = line.trim();
1482     if ("###".equals(line))
1483     {
1484       // close off any open 'forward references'
1485       return;
1486     }
1487
1488     String[] tokens = line.substring(2).split(" ");
1489     String pragma = tokens[0];
1490     String value = tokens.length == 1 ? null : tokens[1];
1491
1492     if ("gff-version".equalsIgnoreCase(pragma))
1493     {
1494       if (value != null)
1495       {
1496         try
1497         {
1498           // value may be e.g. "3.1.2"
1499           gffVersion = Integer.parseInt(value.split("\\.")[0]);
1500         } catch (NumberFormatException e)
1501         {
1502           // ignore
1503         }
1504       }
1505     }
1506     else if ("sequence-region".equalsIgnoreCase(pragma))
1507     {
1508       // could capture <seqid start end> if wanted here
1509     }
1510     else if ("feature-ontology".equalsIgnoreCase(pragma))
1511     {
1512       // should resolve against the specified feature ontology URI
1513     }
1514     else if ("attribute-ontology".equalsIgnoreCase(pragma))
1515     {
1516       // URI of attribute ontology - not currently used in GFF3
1517     }
1518     else if ("source-ontology".equalsIgnoreCase(pragma))
1519     {
1520       // URI of source ontology - not currently used in GFF3
1521     }
1522     else if ("species-build".equalsIgnoreCase(pragma))
1523     {
1524       // save URI of specific NCBI taxon version of annotations
1525       gffProps.put("species-build", value);
1526     }
1527     else if ("fasta".equalsIgnoreCase(pragma))
1528     {
1529       // process the rest of the file as a fasta file and replace any dummy
1530       // sequence IDs
1531       processAsFasta(align, newseqs);
1532     }
1533     else
1534     {
1535       jalview.bin.Console.errPrintln("Ignoring unknown pragma: " + line);
1536     }
1537   }
1538 }