src/jalview/io/FileFormat.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   5 import jalview.ext.jmol.JmolParser;
   6 import jalview.structure.StructureImportSettings;
   7
   8 import java.io.IOException;
   9 import java.util.ArrayList;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.List;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 public enum FileFormat implements FileFormatI
  15 {
  16   Fasta("Fasta", "fa, fasta, mfa, fastq", true, true)
  17   {
  18     @Override
  19     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
  20             DataSourceType sourceType) throws IOException
  21     {
  22       return new FastaFile(inFile, sourceType);
  23     }
  24
  25     @Override
  26     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
  27             throws IOException
  28     {
  29       return new FastaFile(source);
  30     }
  31
  32     @Override
  33     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
  34     {
  35       return new FastaFile();
  36     }
  37   },
  38   Pfam("PFAM", "pfam", true, true)
  39   {
  40     @Override
  41     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
  42             DataSourceType sourceType) throws IOException
  43     {
  44       return new PfamFile(inFile, sourceType);
  45     }
  46
  47     @Override
  48     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
  49             throws IOException
  50     {
  51       return new PfamFile(source);
  52     }
  53
  54     @Override
  55     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
  56     {
  57       return new PfamFile();
  58     }
  59   },
  60   Stockholm("Stockholm", "sto,stk", true, true)
  61   {
  62     @Override
  63     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
  64             DataSourceType sourceType) throws IOException
  65     {
  66       return new StockholmFile(inFile, sourceType);
  67     }
  68     @Override
  69     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
  70             throws IOException
  71     {
  72       return new StockholmFile(source);
  73     }
  74
  75     @Override
  76     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
  77     {
  78       return new StockholmFile(al);
  79     }
  80
  81   },
  82
  83   PIR("PIR", "pir", true, true)
  84   {
  85     @Override
  86     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
  87             DataSourceType sourceType) throws IOException
  88     {
  89       return new PIRFile(inFile, sourceType);
  90     }
  91     @Override
  92     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
  93             throws IOException
  94     {
  95       return new PIRFile(source);
  96     }
  97
  98     @Override
  99     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 100     {
 101       return new PIRFile();
 102     }
 103   },
 104   BLC("BLC", "BLC", true, true)
 105   {
 106     @Override
 107     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 108             DataSourceType sourceType) throws IOException
 109     {
 110       return new BLCFile(inFile, sourceType);
 111     }    @Override
 112     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 113             throws IOException
 114     {
 115       return new BLCFile(source);
 116     }
 117
 118     @Override
 119     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 120     {
 121       return new BLCFile();
 122     }
 123   },
 124   AMSA("AMSA", "amsa", true, true)
 125   {
 126     @Override
 127     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 128             DataSourceType sourceType) throws IOException
 129     {
 130       return new AMSAFile(inFile, sourceType);
 131     }
 132
 133     @Override
 134     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 135             throws IOException
 136     {
 137       return new AMSAFile(source);
 138     }
 139
 140     @Override
 141     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 142     {
 143       return new AMSAFile(al);
 144     }
 145   },
 146   Html("HTML", "html", true, false)
 147   {
 148     @Override
 149     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 150             DataSourceType sourceType) throws IOException
 151     {
 152       return new HtmlFile(inFile, sourceType);
 153     }    @Override
 154     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 155             throws IOException
 156     {
 157       return new HtmlFile(source);
 158     }
 159
 160     @Override
 161     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 162     {
 163       return new HtmlFile();
 164     }
 165
 166     @Override
 167     public boolean isComplexAlignFile()
 168     {
 169       return true;
 170     }
 171
 172   },
 173   Rnaml("RNAML", "xml,rnaml", true, false)
 174   {
 175     @Override
 176     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 177             DataSourceType sourceType) throws IOException
 178     {
 179       return new RnamlFile(inFile, sourceType);
 180     }    @Override
 181     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 182             throws IOException
 183     {
 184       return new RnamlFile(source);
 185     }
 186
 187     @Override
 188     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 189     {
 190       return new RnamlFile();
 191     }
 192
 193   },
 194   Json("JSON","json", true, true)
 195   {
 196     @Override
 197     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 198             DataSourceType sourceType) throws IOException
 199     {
 200       return new JSONFile(inFile, sourceType);
 201     }    @Override
 202     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 203             throws IOException
 204     {
 205       return new JSONFile(source);
 206     }
 207
 208     @Override
 209     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 210     {
 211       return new JSONFile();
 212     }
 213
 214     @Override
 215     public boolean isComplexAlignFile()
 216     {
 217       return true;
 218     }
 219
 220   },
 221   Pileup("PileUp", "pileup", false, true)
 222   {
 223     @Override
 224     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 225             DataSourceType sourceType) throws IOException
 226     {
 227       return new PileUpfile(inFile, sourceType);
 228     }    @Override
 229     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 230             throws IOException
 231     {
 232       return new PileUpfile(source);
 233     }
 234
 235     @Override
 236     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 237     {
 238       return new PileUpfile();
 239     }
 240
 241   },
 242   MSF("MSF", "msf", true, true)
 243   {
 244     @Override
 245     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 246             DataSourceType sourceType) throws IOException
 247     {
 248       return new MSFfile(inFile, sourceType);
 249     }    @Override
 250     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 251             throws IOException
 252     {
 253       return new MSFfile(source);
 254     }
 255
 256     @Override
 257     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 258     {
 259       return new MSFfile();
 260     }
 261
 262   },
 263   Clustal("Clustal", "aln", true, true)
 264   {
 265     @Override
 266     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 267             DataSourceType sourceType) throws IOException
 268     {
 269       return new ClustalFile(inFile, sourceType);
 270     }    @Override
 271     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 272             throws IOException
 273     {
 274       return new ClustalFile(source);
 275     }
 276
 277     @Override
 278     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 279     {
 280       return new ClustalFile();
 281     }
 282   },
 283   Phylip("PHYLIP", "phy", true, true)
 284   {
 285     @Override
 286     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 287             DataSourceType sourceType) throws IOException
 288     {
 289       return new PhylipFile(inFile, sourceType);
 290     }
 291
 292     @Override
 293     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 294             throws IOException
 295     {
 296       return new PhylipFile(source);
 297     }
 298
 299     @Override
 300     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 301     {
 302       return new PhylipFile();
 303     }
 304   },
 305   Jnet("JnetFile", "", false, false)
 306   {
 307     @Override
 308     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 309             DataSourceType sourceType) throws IOException
 310     {
 311       JPredFile af = new JPredFile(inFile, sourceType);
 312       af.removeNonSequences();
 313       return af;
 314     }
 315
 316     @Override
 317     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 318             throws IOException
 319     {
 320       JPredFile af = new JPredFile(source);
 321       af.removeNonSequences();
 322       return af;
 323     }
 324
 325     @Override
 326     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 327     {
 328       return null; // todo is this called?
 329     }
 330
 331   },
 332   Features("GFF or Jalview features", "gff2,gff3", false, false)
 333   {
 334     @Override
 335     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 336             DataSourceType sourceType) throws IOException
 337     {
 338       return new FeaturesFile(true, inFile, sourceType);
 339     }
 340
 341     @Override
 342     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 343             throws IOException
 344     {
 345       return new FeaturesFile(source);
 346     }
 347
 348     @Override
 349     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 350     {
 351       return new FeaturesFile();
 352     }
 353   },
 354   PDB("PDB", "", false, false)
 355   {
 356
 357     @Override
 358     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 359             DataSourceType sourceType) throws IOException
 360     {
 361       // TODO obtain config value from preference settings.
 362       // Set value to 'true' to test PDB processing with Jmol: JAL-1213
 363       boolean isParseWithJMOL = StructureImportSettings
 364               .getDefaultStructureFileFormat() != PDBEntry.Type.PDB;
 365       if (isParseWithJMOL)
 366       {
 367         return new JmolParser(
 368                 StructureImportSettings.isVisibleChainAnnotation(),
 369                 StructureImportSettings.isProcessSecondaryStructure(),
 370                 StructureImportSettings.isExternalSecondaryStructure(),
 371                 inFile,
 372                 sourceType);
 373       }
 374       else
 375       {
 376         StructureImportSettings.setShowSeqFeatures(true);
 377         return new MCview.PDBfile(
 378                 StructureImportSettings.isVisibleChainAnnotation(),
 379                 StructureImportSettings.isProcessSecondaryStructure(),
 380                 StructureImportSettings.isExternalSecondaryStructure(),
 381                 inFile,
 382                 sourceType);
 383       }
 384     }
 385
 386     @Override
 387     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 388             throws IOException
 389     {
 390       boolean isParseWithJMOL = StructureImportSettings
 391               .getDefaultStructureFileFormat() != PDBEntry.Type.PDB;
 392       if (isParseWithJMOL)
 393       {
 394         return new JmolParser(
 395                 StructureImportSettings.isVisibleChainAnnotation(),
 396                 StructureImportSettings.isProcessSecondaryStructure(),
 397                 StructureImportSettings.isExternalSecondaryStructure(),
 398                 source);
 399       }
 400       else
 401       {
 402         StructureImportSettings.setShowSeqFeatures(true);
 403         return new MCview.PDBfile(
 404                 StructureImportSettings.isVisibleChainAnnotation(),
 405                 StructureImportSettings.isProcessSecondaryStructure(),
 406                 StructureImportSettings.isExternalSecondaryStructure(),
 407                 source);
 408       }
 409     }
 410
 411     @Override
 412     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 413     {
 414       return new JmolParser(); // todo or null?
 415     }
 416   },
 417   MMCif("mmCIF", "cif", false, false)
 418   {
 419
 420     @Override
 421     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 422             DataSourceType sourceType) throws IOException
 423     {
 424       return new JmolParser(
 425               StructureImportSettings.isVisibleChainAnnotation(),
 426               StructureImportSettings.isProcessSecondaryStructure(),
 427               StructureImportSettings.isExternalSecondaryStructure(),
 428               inFile, sourceType);
 429     }
 430
 431     @Override
 432     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 433             throws IOException
 434     {
 435       return new JmolParser(
 436               StructureImportSettings.isVisibleChainAnnotation(),
 437               StructureImportSettings.isProcessSecondaryStructure(),
 438               StructureImportSettings.isExternalSecondaryStructure(),
 439               source);
 440     }
 441
 442     @Override
 443     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 444     {
 445       return new JmolParser(); // todo or null?
 446     }
 447   },
 448   Jalview("Jalview", "jar,jvp", true, false)
 449   {
 450
 451     @Override
 452     public AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile,
 453             DataSourceType sourceType) throws IOException
 454     {
 455       return null;
 456     }
 457
 458     @Override
 459     public AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source)
 460             throws IOException
 461     {
 462       return null;
 463     }
 464
 465     @Override
 466     public AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al)
 467     {
 468       return null;
 469     }
 470   };
 471
 472   /**
 473    * A lookup map of enums by upper-cased name
 474    */
 475   private static Map<String, FileFormat> names;
 476   static
 477   {
 478     names = new HashMap<String, FileFormat>();
 479     for (FileFormat format : FileFormat.values())
 480     {
 481       names.put(format.toString().toUpperCase(), format);
 482     }
 483   }
 484
 485   private boolean writable;
 486
 487   private boolean readable;
 488
 489   private String extensions;
 490
 491   private String name;
 492
 493   /**
 494    * Answers a list of writeable file formats (as string, corresponding to the
 495    * toString() and forName() methods)
 496    *
 497    * @return
 498    */
 499   public static List<String> getWritableFormats()
 500   {
 501     List<String> l = new ArrayList<String>();
 502     for (FileFormatI ff : values())
 503     {
 504       if (ff.isWritable())
 505       {
 506         l.add(ff.toString());
 507       }
 508     }
 509     return l;
 510   }
 511
 512   /**
 513    * Answers a list of readable file formats (as string, corresponding to the
 514    * toString() and forName() methods)
 515    *
 516    * @return
 517    */
 518   public static List<String> getReadableFormats()
 519   {
 520     List<String> l = new ArrayList<String>();
 521     for (FileFormatI ff : values())
 522     {
 523       if (ff.isReadable())
 524       {
 525         l.add(ff.toString());
 526       }
 527     }
 528     return l;
 529   }
 530
 531   @Override
 532   public boolean isComplexAlignFile()
 533   {
 534     return false;
 535   }
 536
 537   /**
 538    * Returns the file format with the given name, or null if format is null or
 539    * invalid. Unlike valueOf(), this is not case-sensitive, to be kind to
 540    * writers of javascript.
 541    *
 542    * @param format
 543    * @return
 544    */
 545   public static FileFormatI forName(String format)
 546   {
 547     // or could store format.getShortDescription().toUpperCase()
 548     // in order to decouple 'given name' from enum name
 549     return format == null ? null : names.get(format.toUpperCase());
 550   }
 551
 552   @Override
 553   public boolean isReadable()
 554   {
 555     return readable;
 556   }
 557
 558   @Override
 559   public boolean isWritable()
 560   {
 561     return writable;
 562   }
 563
 564   /**
 565    * Constructor
 566    *
 567    * @param shortName
 568    * @param extensions
 569    *          comma-separated list of file extensions associated with the format
 570    * @param isReadable
 571    * @param isWritable
 572    */
 573   private FileFormat(String shortName, String extensions,
 574           boolean isReadable, boolean isWritable)
 575   {
 576     this.name = shortName;
 577     this.extensions = extensions;
 578     this.readable = isReadable;
 579     this.writable = isWritable;
 580   }
 581
 582   @Override
 583   public String getExtensions()
 584   {
 585     return extensions;
 586   }
 587
 588   @Override
 589   public String toString()
 590   {
 591     return name;
 592   }
 593
 594   @Override
 595   public AlignmentFileI getAlignmentFile()
 596   {
 597     return getAlignmentFile((AlignmentI) null);
 598   }
 599 }