src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.io;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import javax.swing.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.gui.*;
  28
  29 public class FileLoader
  30     implements Runnable
  31 {
  32   String file;
  33   String protocol;
  34   String format;
  35   AlignViewport viewport;
  36   AlignFrame alignFrame;
  37
  38   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file, String protocol,
  39                        String format)
  40   {
  41     this.viewport = viewport;
  42     LoadFile(file, protocol, format);
  43   }
  44
  45   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
  46   {
  47     this.file = file;
  48     this.protocol = protocol;
  49     this.format = format;
  50
  51     final Thread loader = new Thread(this);
  52
  53     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  54     {
  55       public void run()
  56       {
  57         loader.start();
  58       }
  59     });
  60   }
  61
  62   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,
  63                                            String format)
  64   {
  65     this.file = file;
  66     this.protocol = protocol;
  67     this.format = format;
  68
  69     Thread loader = new Thread(this);
  70     loader.start();
  71
  72     while (loader.isAlive())
  73     {
  74       try
  75       {
  76         Thread.sleep(500);
  77       }
  78       catch (Exception ex)
  79       {}
  80     }
  81
  82     return alignFrame;
  83   }
  84
  85   public void updateRecentlyOpened()
  86   {
  87     Vector recent = new Vector();
  88
  89     String type = protocol.equals(FormatAdapter.FILE)
  90         ? "RECENT_FILE" : "RECENT_URL";
  91
  92     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);
  93
  94     StringTokenizer st;
  95
  96     if (historyItems != null)
  97     {
  98       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
  99
 100       while (st.hasMoreTokens())
 101       {
 102         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());
 103       }
 104     }
 105
 106     if (recent.contains(file))
 107     {
 108       recent.remove(file);
 109     }
 110
 111     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 112     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 113     {
 114       newHistory.append("\t");
 115       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 116     }
 117
 118     jalview.bin.Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 119
 120     if (protocol.equals(FormatAdapter.FILE))
 121     {
 122       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 123     }
 124   }
 125
 126   public void run()
 127   {
 128     String title = protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE)
 129         ? "Copied From Clipboard" : file;
 130
 131     try
 132     {
 133       if (Desktop.instance != null)
 134       {
 135         Desktop.instance.startLoading(file);
 136       }
 137
 138       Alignment al = null;
 139
 140       if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))
 141       {
 142         alignFrame = new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(file);
 143       }
 144       else
 145       {
 146         String error = AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS;
 147
 148         if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 149         {
 150           try
 151           {
 152             al = new FormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 153           }
 154           catch (java.io.IOException ex)
 155           {
 156             error = ex.getMessage();
 157           }
 158         } else {
 159           if (format!=null && format.length()>7)
 160           {
 161             // ad hoc message in format.
 162             error = format +"\n"+error;
 163           }
 164         }
 165
 166         if ( (al != null) && (al.getHeight() > 0))
 167         {
 168           if (viewport != null)
 169           {
 170             for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 171             {
 172               viewport.getAlignment().addSequence(al.getSequenceAt(i));
 173             }
 174             viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 175                                         viewport.getAlignment().getSequences());
 176
 177           }
 178           else
 179           {
 180             alignFrame = new AlignFrame(al,
 181                                         AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 182                                         AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 183
 184             alignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + title);
 185
 186             if (!protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 187               alignFrame.setFileName(file, format);
 188
 189             Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title,
 190                                      AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 191                                      AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 192
 193             try
 194             {
 195               alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(
 196                   "SHOW_FULLSCREEN", false));
 197             }
 198             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 199             {
 200             }
 201           }
 202         }
 203         else
 204         {
 205           if (Desktop.instance != null)
 206           {
 207             Desktop.instance.stopLoading();
 208           }
 209
 210           final String errorMessage = "Couldn't load file " + title + "\n" +
 211               error;
 212
 213           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 214           {
 215             public void run()
 216             {
 217               JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 218                   errorMessage,
 219                   "Error loading file",
 220                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 221             }
 222           });
 223         }
 224       }
 225
 226       updateRecentlyOpened();
 227
 228     }
 229     catch (OutOfMemoryError er)
 230     {
 231
 232       er.printStackTrace();
 233       alignFrame = null;
 234
 235       javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 236       {
 237         public void run()
 238         {
 239           javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 240               "Out of memory loading file " + file + "!!"
 241               +
 242               "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."
 243               , "Out of memory",
 244               javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 245         }
 246       });
 247     }
 248
 249     System.gc();
 250     if (Desktop.instance != null)
 251     {
 252       Desktop.instance.stopLoading();
 253     }
 254
 255   }
 256
 257 }