src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  24 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31 import jalview.gui.AlignViewport;
  32 import jalview.gui.Desktop;
  33 import jalview.gui.Jalview2XML;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.util.StringTokenizer;
  39 import java.util.Vector;
  40
  41 import javax.swing.JOptionPane;
  42 import javax.swing.SwingUtilities;
  43
  44 public class FileLoader implements Runnable
  45 {
  46   String file;
  47
  48   String protocol;
  49
  50   String format;
  51
  52   FileParse source = null; // alternative specification of where data comes
  53
  54   // from
  55
  56   AlignViewport viewport;
  57
  58   AlignFrame alignFrame;
  59
  60   long loadtime;
  61
  62   long memused;
  63
  64   boolean raiseGUI = true;
  65
  66   /**
  67    * default constructor always raised errors in GUI dialog boxes
  68    */
  69   public FileLoader()
  70   {
  71     this(true);
  72   }
  73
  74   /**
  75    * construct a Fileloader that may raise errors non-interactively
  76    *
  77    * @param raiseGUI
  78    *          true if errors are to be raised as GUI dialog boxes
  79    */
  80   public FileLoader(boolean raiseGUI)
  81   {
  82     this.raiseGUI = raiseGUI;
  83   }
  84
  85   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file,
  86           String protocol, String format)
  87   {
  88     this.viewport = viewport;
  89     LoadFile(file, protocol, format);
  90   }
  91
  92   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
  93   {
  94     this.file = file;
  95     this.protocol = protocol;
  96     this.format = format;
  97
  98     final Thread loader = new Thread(this);
  99
 100     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 101     {
 102       public void run()
 103       {
 104         loader.start();
 105       }
 106     });
 107   }
 108
 109   /**
 110    * Load a (file, protocol) source of unknown type
 111    *
 112    * @param file
 113    * @param protocol
 114    */
 115   public void LoadFile(String file, String protocol)
 116   {
 117     LoadFile(file, protocol, null);
 118   }
 119
 120   /**
 121    * Load alignment from (file, protocol) and wait till loaded
 122    *
 123    * @param file
 124    * @param protocol
 125    * @return alignFrame constructed from file contents
 126    */
 127   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol)
 128   {
 129     return LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, null);
 130   }
 131
 132   /**
 133    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 134    *
 135    * @param file
 136    * @param protocol
 137    * @param format
 138    * @return alignFrame constructed from file contents
 139    */
 140   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,
 141           String format)
 142   {
 143     this.file = file;
 144     this.protocol = protocol;
 145     this.format = format;
 146     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Load alignment from FileParse source of type format and wait till loaded
 151    *
 152    * @param source
 153    * @param format
 154    * @return alignFrame constructed from file contents
 155    */
 156   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(FileParse source, String format)
 157   {
 158     this.source = source;
 159
 160     file = source.getInFile();
 161     protocol = source.type;
 162     this.format = format;
 163     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 164   }
 165
 166   /**
 167    * start thread and wait until finished, then return the alignFrame that's
 168    * (hopefully) been read.
 169    *
 170    * @return
 171    */
 172   protected AlignFrame _LoadFileWaitTillLoaded()
 173   {
 174     Thread loader = new Thread(this);
 175     loader.start();
 176
 177     while (loader.isAlive())
 178     {
 179       try
 180       {
 181         Thread.sleep(500);
 182       } catch (Exception ex)
 183       {
 184       }
 185     }
 186
 187     return alignFrame;
 188   }
 189
 190   public void updateRecentlyOpened()
 191   {
 192     Vector recent = new Vector();
 193     if (protocol.equals(FormatAdapter.PASTE))
 194     {
 195       // do nothing if the file was pasted in as text... there is no filename to
 196       // refer to it as.
 197       return;
 198     }
 199     String type = protocol.equals(FormatAdapter.FILE) ? "RECENT_FILE"
 200             : "RECENT_URL";
 201
 202     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);
 203
 204     StringTokenizer st;
 205
 206     if (historyItems != null)
 207     {
 208       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 209
 210       while (st.hasMoreTokens())
 211       {
 212         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());
 213       }
 214     }
 215
 216     if (recent.contains(file))
 217     {
 218       recent.remove(file);
 219     }
 220
 221     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 222     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 223     {
 224       newHistory.append("\t");
 225       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 226     }
 227
 228     jalview.bin.Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 229
 230     if (protocol.equals(FormatAdapter.FILE))
 231     {
 232       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 233     }
 234   }
 235
 236   public void run()
 237   {
 238     String title = protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE) ? "Copied From Clipboard"
 239             : file;
 240     Runtime rt = Runtime.getRuntime();
 241     try
 242     {
 243       if (Desktop.instance != null)
 244       {
 245         Desktop.instance.startLoading(file);
 246       }
 247       if (format == null)
 248       {
 249         // just in case the caller didn't identify the file for us
 250         if (source != null)
 251         {
 252           format = new IdentifyFile().Identify(source, false); // identify
 253           // stream and
 254           // rewind rather
 255           // than close
 256         }
 257         else
 258         {
 259           format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 260         }
 261
 262       }
 263
 264       if (format == null || format.equalsIgnoreCase("EMPTY DATA FILE"))
 265       {
 266         Desktop.instance.stopLoading();
 267         System.err.println("The input file \"" + file
 268                 + "\" has null or unidentifiable data content!");
 269         if (!Jalview.isHeadlessMode())
 270         {
 271           javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(
 272                   Desktop.desktop,
 273                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data")
 274                           + " in " + file + "\n"
 275                           + AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 276                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 277                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 278         }
 279         return;
 280       }
 281       // TODO: cache any stream datasources as a temporary file (eg. PDBs
 282       // retrieved via URL)
 283       if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 284       {
 285         System.gc();
 286         memused = (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // free
 287         // memory
 288         // before
 289         // load
 290       }
 291       loadtime = -System.currentTimeMillis();
 292       AlignmentI al = null;
 293
 294       if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))
 295       {
 296         if (source != null)
 297         {
 298           // Tell the user (developer?) that this is going to cause a problem
 299           System.err
 300                   .println("IMPLEMENTATION ERROR: Cannot read consecutive Jalview XML projects from a stream.");
 301           // We read the data anyway - it might make sense.
 302         }
 303         alignFrame = new Jalview2XML(raiseGUI).loadJalviewAlign(file);
 304       }
 305       else
 306       {
 307         String error = AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS;
 308         if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 309         {
 310           try
 311           {
 312             if (source != null)
 313             {
 314               // read from the provided source
 315               al = new FormatAdapter().readFromFile(source, format);
 316             }
 317             else
 318             {
 319
 320               // open a new source and read from it
 321               FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
 322               al = fa.readFile(file, protocol, format);
 323               source = fa.getAlignFile(); // keep reference for later if
 324                                           // necessary.
 325             }
 326           } catch (java.io.IOException ex)
 327           {
 328             error = ex.getMessage();
 329           }
 330         }
 331         else
 332         {
 333           if (format != null && format.length() > 7)
 334           {
 335             // ad hoc message in format.
 336             error = format + "\n" + error;
 337           }
 338         }
 339
 340         if ((al != null) && (al.getHeight() > 0) && al.hasValidSequence())
 341         {
 342           // construct and register dataset sequences
 343           for (SequenceI sq : al.getSequences())
 344           {
 345             while (sq.getDatasetSequence() != null)
 346             {
 347               sq = sq.getDatasetSequence();
 348             }
 349             if (sq.getAllPDBEntries() != null)
 350             {
 351               for (PDBEntry pdbe : sq.getAllPDBEntries())
 352               {
 353                 // register PDB entries with desktop's structure selection
 354                 // manager
 355                 StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(
 356                         Desktop.instance).registerPDBEntry(pdbe);
 357               }
 358             }
 359           }
 360
 361           if (viewport != null)
 362           {
 363             // append to existing alignment
 364             viewport.addAlignment(al, title);
 365           }
 366           else
 367           {
 368             // otherwise construct the alignFrame
 369
 370             if (source instanceof ComplexAlignFile)
 371             {
 372               ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 373                       .getColumnSelection();
 374               SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 375                       .getHiddenSequences();
 376               boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 377                       .isShowSeqFeatures();
 378               ColourSchemeI cs = ((ComplexAlignFile) source)
 379                       .getColourScheme();
 380               FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 381                       .getDisplayedFeatures();
 382               alignFrame = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 383                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 384
 385               alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(
 386                       showSeqFeatures);
 387               alignFrame.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 388               alignFrame.changeColour(cs);
 389             }
 390             else
 391             {
 392               alignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 393                       AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 394             }
 395             // add metadata and update ui
 396             if (!protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 397             {
 398               alignFrame.setFileName(file, format);
 399             }
 400
 401             alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 402                     "label.successfully_loaded_file",
 403                     new String[] { title }));
 404
 405             if (raiseGUI)
 406             {
 407               // add the window to the GUI
 408               // note - this actually should happen regardless of raiseGUI
 409               // status in Jalview 3
 410               // TODO: define 'virtual desktop' for benefit of headless scripts
 411               // that perform queries to find the 'current working alignment'
 412               Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title,
 413                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 414             }
 415
 416             try
 417             {
 418               alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(
 419                       "SHOW_FULLSCREEN", false));
 420             } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 421             {
 422             }
 423           }
 424         }
 425         else
 426         {
 427           if (Desktop.instance != null)
 428           {
 429             Desktop.instance.stopLoading();
 430           }
 431
 432           final String errorMessage = MessageManager
 433                   .getString("label.couldnt_load_file")
 434                   + " "
 435                   + title
 436                   + "\n" + error;
 437           // TODO: refactor FileLoader to be independent of Desktop / Applet GUI
 438           // bits ?
 439           if (raiseGUI && Desktop.desktop != null)
 440           {
 441             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 442             {
 443               public void run()
 444               {
 445                 JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 446                         errorMessage, MessageManager
 447                                 .getString("label.error_loading_file"),
 448                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 449               }
 450             });
 451           }
 452           else
 453           {
 454             System.err.println(errorMessage);
 455           }
 456         }
 457       }
 458
 459       updateRecentlyOpened();
 460
 461     } catch (Exception er)
 462     {
 463       System.err.println("Exception whilst opening file '" + file);
 464       er.printStackTrace();
 465       if (raiseGUI)
 466       {
 467         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 468         {
 469           public void run()
 470           {
 471             javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(
 472                     Desktop.desktop, MessageManager.formatMessage(
 473                             "label.problems_opening_file",
 474                             new String[] { file }), MessageManager
 475                             .getString("label.file_open_error"),
 476                     javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 477           }
 478         });
 479       }
 480       alignFrame = null;
 481     } catch (OutOfMemoryError er)
 482     {
 483
 484       er.printStackTrace();
 485       alignFrame = null;
 486       if (raiseGUI)
 487       {
 488         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 489         {
 490           public void run()
 491           {
 492             javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(
 493                     Desktop.desktop, MessageManager.formatMessage(
 494                             "warn.out_of_memory_loading_file", new String[]
 495                             { file }), MessageManager
 496                             .getString("label.out_of_memory"),
 497                     javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 498           }
 499         });
 500       }
 501       System.err.println("Out of memory loading file " + file + "!!");
 502
 503     }
 504     loadtime += System.currentTimeMillis();
 505     // TODO: Estimate percentage of memory used by a newly loaded alignment -
 506     // warn if more memory will be needed to work with it
 507     // System.gc();
 508     memused = memused
 509             - (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // difference
 510     // in free
 511     // memory
 512     // after
 513     // load
 514     if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 515     {
 516       if (alignFrame != null)
 517       {
 518         AlignmentI al = alignFrame.getViewport().getAlignment();
 519
 520         System.out.println("Loaded '" + title + "' in "
 521                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 522                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0)) + " MB ("
 523                 + al.getHeight() + " seqs by " + al.getWidth() + " cols)");
 524       }
 525       else
 526       {
 527         // report that we didn't load anything probably due to an out of memory
 528         // error
 529         System.out.println("Failed to load '" + title + "' in "
 530                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 531                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0))
 532                 + " MB (alignment is null)");
 533       }
 534     }
 535     // remove the visual delay indicator
 536     if (Desktop.instance != null)
 537     {
 538       Desktop.instance.stopLoading();
 539     }
 540
 541   }
 542
 543   /*
 544    * (non-Javadoc)
 545    *
 546    * @see java.lang.Object#finalize()
 547    */
 548   protected void finalize() throws Throwable
 549   {
 550     source = null;
 551     alignFrame = null;
 552     viewport = null;
 553     super.finalize();
 554   }
 555
 556 }