src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  24 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31 import jalview.gui.AlignViewport;
  32 import jalview.gui.Desktop;
  33 import jalview.gui.Jalview2XML;
  34 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  35 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  36 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38
  39 import java.util.StringTokenizer;
  40 import java.util.Vector;
  41
  42 import javax.swing.JOptionPane;
  43 import javax.swing.SwingUtilities;
  44
  45 public class FileLoader implements Runnable
  46 {
  47   String file;
  48
  49   String protocol;
  50
  51   String format;
  52
  53   FileParse source = null; // alternative specification of where data comes
  54
  55   // from
  56
  57   AlignViewport viewport;
  58
  59   AlignFrame alignFrame;
  60
  61   long loadtime;
  62
  63   long memused;
  64
  65   boolean raiseGUI = true;
  66
  67   /**
  68    * default constructor always raised errors in GUI dialog boxes
  69    */
  70   public FileLoader()
  71   {
  72     this(true);
  73   }
  74
  75   /**
  76    * construct a Fileloader that may raise errors non-interactively
  77    *
  78    * @param raiseGUI
  79    *          true if errors are to be raised as GUI dialog boxes
  80    */
  81   public FileLoader(boolean raiseGUI)
  82   {
  83     this.raiseGUI = raiseGUI;
  84   }
  85
  86   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file,
  87           String protocol, String format)
  88   {
  89     this.viewport = viewport;
  90     LoadFile(file, protocol, format);
  91   }
  92
  93   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
  94   {
  95     this.file = file;
  96     this.protocol = protocol;
  97     this.format = format;
  98
  99     final Thread loader = new Thread(this);
 100
 101     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 102     {
 103       public void run()
 104       {
 105         loader.start();
 106       }
 107     });
 108   }
 109
 110   /**
 111    * Load a (file, protocol) source of unknown type
 112    *
 113    * @param file
 114    * @param protocol
 115    */
 116   public void LoadFile(String file, String protocol)
 117   {
 118     LoadFile(file, protocol, null);
 119   }
 120
 121   /**
 122    * Load alignment from (file, protocol) and wait till loaded
 123    *
 124    * @param file
 125    * @param protocol
 126    * @return alignFrame constructed from file contents
 127    */
 128   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol)
 129   {
 130     return LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, null);
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 135    *
 136    * @param file
 137    * @param protocol
 138    * @param format
 139    * @return alignFrame constructed from file contents
 140    */
 141   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,
 142           String format)
 143   {
 144     this.file = file;
 145     this.protocol = protocol;
 146     this.format = format;
 147     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Load alignment from FileParse source of type format and wait till loaded
 152    *
 153    * @param source
 154    * @param format
 155    * @return alignFrame constructed from file contents
 156    */
 157   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(FileParse source, String format)
 158   {
 159     this.source = source;
 160
 161     file = source.getInFile();
 162     protocol = source.type;
 163     this.format = format;
 164     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 165   }
 166
 167   /**
 168    * start thread and wait until finished, then return the alignFrame that's
 169    * (hopefully) been read.
 170    *
 171    * @return
 172    */
 173   protected AlignFrame _LoadFileWaitTillLoaded()
 174   {
 175     Thread loader = new Thread(this);
 176     loader.start();
 177
 178     while (loader.isAlive())
 179     {
 180       try
 181       {
 182         Thread.sleep(500);
 183       } catch (Exception ex)
 184       {
 185       }
 186     }
 187
 188     return alignFrame;
 189   }
 190
 191   public void updateRecentlyOpened()
 192   {
 193     Vector recent = new Vector();
 194     if (protocol.equals(FormatAdapter.PASTE))
 195     {
 196       // do nothing if the file was pasted in as text... there is no filename to
 197       // refer to it as.
 198       return;
 199     }
 200     String type = protocol.equals(FormatAdapter.FILE) ? "RECENT_FILE"
 201             : "RECENT_URL";
 202
 203     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);
 204
 205     StringTokenizer st;
 206
 207     if (historyItems != null)
 208     {
 209       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 210
 211       while (st.hasMoreTokens())
 212       {
 213         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());
 214       }
 215     }
 216
 217     if (recent.contains(file))
 218     {
 219       recent.remove(file);
 220     }
 221
 222     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 223     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 224     {
 225       newHistory.append("\t");
 226       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 227     }
 228
 229     jalview.bin.Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 230
 231     if (protocol.equals(FormatAdapter.FILE))
 232     {
 233       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 234     }
 235   }
 236
 237   public void run()
 238   {
 239     String title = protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE) ? "Copied From Clipboard"
 240             : file;
 241     Runtime rt = Runtime.getRuntime();
 242     try
 243     {
 244       if (Desktop.instance != null)
 245       {
 246         Desktop.instance.startLoading(file);
 247       }
 248       if (format == null)
 249       {
 250         // just in case the caller didn't identify the file for us
 251         if (source != null)
 252         {
 253           format = new IdentifyFile().Identify(source, false); // identify
 254           // stream and
 255           // rewind rather
 256           // than close
 257         }
 258         else
 259         {
 260           format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 261         }
 262
 263       }
 264
 265       if (format == null || format.equalsIgnoreCase("EMPTY DATA FILE"))
 266       {
 267         Desktop.instance.stopLoading();
 268         System.err.println("The input file \"" + file
 269                 + "\" has null or unidentifiable data content!");
 270         if (!Jalview.isHeadlessMode())
 271         {
 272           javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(
 273                   Desktop.desktop,
 274                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data")
 275                           + " in " + file + "\n"
 276                           + AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 277                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 278                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 279         }
 280         return;
 281       }
 282       // TODO: cache any stream datasources as a temporary file (eg. PDBs
 283       // retrieved via URL)
 284       if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 285       {
 286         System.gc();
 287         memused = (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // free
 288         // memory
 289         // before
 290         // load
 291       }
 292       loadtime = -System.currentTimeMillis();
 293       AlignmentI al = null;
 294
 295       if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))
 296       {
 297         if (source != null)
 298         {
 299           // Tell the user (developer?) that this is going to cause a problem
 300           System.err
 301                   .println("IMPLEMENTATION ERROR: Cannot read consecutive Jalview XML projects from a stream.");
 302           // We read the data anyway - it might make sense.
 303         }
 304         alignFrame = new Jalview2XML(raiseGUI).loadJalviewAlign(file);
 305       }
 306       else
 307       {
 308         String error = AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS;
 309         if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 310         {
 311           try
 312           {
 313             if (source != null)
 314             {
 315               // read from the provided source
 316               al = new FormatAdapter().readFromFile(source, format);
 317             }
 318             else
 319             {
 320
 321               // open a new source and read from it
 322               FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
 323               al = fa.readFile(file, protocol, format);
 324               source = fa.getAlignFile(); // keep reference for later if
 325                                           // necessary.
 326             }
 327           } catch (java.io.IOException ex)
 328           {
 329             error = ex.getMessage();
 330           }
 331         }
 332         else
 333         {
 334           if (format != null && format.length() > 7)
 335           {
 336             // ad hoc message in format.
 337             error = format + "\n" + error;
 338           }
 339         }
 340
 341         if ((al != null) && (al.getHeight() > 0) && al.hasValidSequence())
 342         {
 343           // construct and register dataset sequences
 344           for (SequenceI sq : al.getSequences())
 345           {
 346             while (sq.getDatasetSequence() != null)
 347             {
 348               sq = sq.getDatasetSequence();
 349             }
 350             if (sq.getAllPDBEntries() != null)
 351             {
 352               for (PDBEntry pdbe : sq.getAllPDBEntries())
 353               {
 354                 // register PDB entries with desktop's structure selection
 355                 // manager
 356                 StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(
 357                         Desktop.instance).registerPDBEntry(pdbe);
 358               }
 359             }
 360           }
 361
 362           if (viewport != null)
 363           {
 364             // append to existing alignment
 365             viewport.addAlignment(al, title);
 366           }
 367           else
 368           {
 369             // otherwise construct the alignFrame
 370
 371             if (source instanceof ComplexAlignFile)
 372             {
 373               ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 374                       .getColumnSelection();
 375               SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 376                       .getHiddenSequences();
 377               boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 378                       .isShowSeqFeatures();
 379               String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 380                       .getGlobalColourScheme();
 381               FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 382                       .getDisplayedFeatures();
 383               alignFrame = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 384                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 385
 386               alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(
 387                       showSeqFeatures);
 388               alignFrame.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 389               ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 390                       colourSchemeName, al);
 391               if (cs != null)
 392               {
 393                 alignFrame.changeColour(cs);
 394               }
 395             }
 396             else
 397             {
 398               alignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 399                       AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 400             }
 401             // add metadata and update ui
 402             if (!protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 403             {
 404               alignFrame.setFileName(file, format);
 405             }
 406
 407             alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 408                     "label.successfully_loaded_file",
 409                     new String[] { title }));
 410
 411             if (raiseGUI)
 412             {
 413               // add the window to the GUI
 414               // note - this actually should happen regardless of raiseGUI
 415               // status in Jalview 3
 416               // TODO: define 'virtual desktop' for benefit of headless scripts
 417               // that perform queries to find the 'current working alignment'
 418               Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title,
 419                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 420             }
 421
 422             try
 423             {
 424               alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(
 425                       "SHOW_FULLSCREEN", false));
 426             } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 427             {
 428             }
 429           }
 430         }
 431         else
 432         {
 433           if (Desktop.instance != null)
 434           {
 435             Desktop.instance.stopLoading();
 436           }
 437
 438           final String errorMessage = MessageManager
 439                   .getString("label.couldnt_load_file")
 440                   + " "
 441                   + title
 442                   + "\n" + error;
 443           // TODO: refactor FileLoader to be independent of Desktop / Applet GUI
 444           // bits ?
 445           if (raiseGUI && Desktop.desktop != null)
 446           {
 447             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 448             {
 449               public void run()
 450               {
 451                 JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 452                         errorMessage, MessageManager
 453                                 .getString("label.error_loading_file"),
 454                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 455               }
 456             });
 457           }
 458           else
 459           {
 460             System.err.println(errorMessage);
 461           }
 462         }
 463       }
 464
 465       updateRecentlyOpened();
 466
 467     } catch (Exception er)
 468     {
 469       System.err.println("Exception whilst opening file '" + file);
 470       er.printStackTrace();
 471       if (raiseGUI)
 472       {
 473         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 474         {
 475           public void run()
 476           {
 477             javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(
 478                     Desktop.desktop, MessageManager.formatMessage(
 479                             "label.problems_opening_file",
 480                             new String[] { file }), MessageManager
 481                             .getString("label.file_open_error"),
 482                     javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 483           }
 484         });
 485       }
 486       alignFrame = null;
 487     } catch (OutOfMemoryError er)
 488     {
 489
 490       er.printStackTrace();
 491       alignFrame = null;
 492       if (raiseGUI)
 493       {
 494         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 495         {
 496           public void run()
 497           {
 498             javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(
 499                     Desktop.desktop, MessageManager.formatMessage(
 500                             "warn.out_of_memory_loading_file", new String[]
 501                             { file }), MessageManager
 502                             .getString("label.out_of_memory"),
 503                     javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 504           }
 505         });
 506       }
 507       System.err.println("Out of memory loading file " + file + "!!");
 508
 509     }
 510     loadtime += System.currentTimeMillis();
 511     // TODO: Estimate percentage of memory used by a newly loaded alignment -
 512     // warn if more memory will be needed to work with it
 513     // System.gc();
 514     memused = memused
 515             - (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // difference
 516     // in free
 517     // memory
 518     // after
 519     // load
 520     if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 521     {
 522       if (alignFrame != null)
 523       {
 524         AlignmentI al = alignFrame.getViewport().getAlignment();
 525
 526         System.out.println("Loaded '" + title + "' in "
 527                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 528                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0)) + " MB ("
 529                 + al.getHeight() + " seqs by " + al.getWidth() + " cols)");
 530       }
 531       else
 532       {
 533         // report that we didn't load anything probably due to an out of memory
 534         // error
 535         System.out.println("Failed to load '" + title + "' in "
 536                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 537                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0))
 538                 + " MB (alignment is null)");
 539       }
 540     }
 541     // remove the visual delay indicator
 542     if (Desktop.instance != null)
 543     {
 544       Desktop.instance.stopLoading();
 545     }
 546
 547   }
 548
 549   /*
 550    * (non-Javadoc)
 551    *
 552    * @see java.lang.Object#finalize()
 553    */
 554   protected void finalize() throws Throwable
 555   {
 556     source = null;
 557     alignFrame = null;
 558     viewport = null;
 559     super.finalize();
 560   }
 561
 562 }