src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.gui.AlignFrame;\r
  23 import jalview.gui.Jalview2XML;\r
  24 import javax.swing.JOptionPane;\r
  25 \r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 import java.util.StringTokenizer;\r
  30 import javax.swing.SwingUtilities;\r
  31 \r
  32 public class FileLoader implements Runnable\r
  33 {\r
  34   String file;\r
  35   String protocol;\r
  36   String format;\r
  37   AlignViewport viewport;\r
  38   AlignFrame alignFrame;\r
  39 \r
  40   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file, String protocol, String format)\r
  41   {\r
  42     this.viewport = viewport;\r
  43     LoadFile(file, protocol, format);\r
  44   }\r
  45 \r
  46 \r
  47 \r
  48   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
  49   {\r
  50     this.file = file;\r
  51     this.protocol = protocol;\r
  52     this.format = format;\r
  53 \r
  54     final Thread loader = new Thread(this);\r
  55 \r
  56     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  57     {\r
  58       public void run()\r
  59       {\r
  60         loader.start();\r
  61       }\r
  62     });\r
  63   }\r
  64 \r
  65 \r
  66   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,\r
  67                                                   String format)\r
  68   {\r
  69     this.file = file;\r
  70     this.protocol = protocol;\r
  71     this.format = format;\r
  72 \r
  73     Thread loader = new Thread(this);\r
  74     loader.start();\r
  75 \r
  76     while (loader.isAlive())\r
  77     {\r
  78       try\r
  79       {\r
  80         Thread.sleep(500);\r
  81       }\r
  82       catch (Exception ex)\r
  83       {}\r
  84     }\r
  85 \r
  86     return alignFrame;\r
  87   }\r
  88 \r
  89 \r
  90 \r
  91   public void updateRecentlyOpened()\r
  92   {\r
  93     Vector recent = new Vector();\r
  94 \r
  95     String type = protocol.equals(FormatAdapter.FILE)\r
  96         ? "RECENT_FILE" : "RECENT_URL";\r
  97 \r
  98     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);\r
  99 \r
 100     StringTokenizer st;\r
 101 \r
 102     if (historyItems != null)\r
 103     {\r
 104       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");\r
 105 \r
 106       while (st.hasMoreTokens())\r
 107       {\r
 108         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());\r
 109       }\r
 110     }\r
 111 \r
 112     if (recent.contains(file))\r
 113     {\r
 114       recent.remove(file);\r
 115     }\r
 116 \r
 117     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);\r
 118     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)\r
 119     {\r
 120       newHistory.append("\t");\r
 121       newHistory.append(recent.elementAt(i));\r
 122     }\r
 123 \r
 124     jalview.bin.Cache.setProperty(type, newHistory.toString());\r
 125 \r
 126     if(type.equals(FormatAdapter.FILE))\r
 127       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 128   }\r
 129 \r
 130     public void run()\r
 131     {\r
 132       try{\r
 133         if (Desktop.instance != null)\r
 134           Desktop.instance.startLoading(file);\r
 135 \r
 136         SequenceI[] sequences = null;\r
 137 \r
 138         if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 139         {\r
 140           alignFrame = new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(file);\r
 141         }\r
 142         else\r
 143         {\r
 144           String error = AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS;\r
 145 \r
 146           if (FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
 147           {\r
 148             try\r
 149             {\r
 150               sequences = new FormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 151             }\r
 152             catch (java.io.IOException ex)\r
 153             {\r
 154               error = ex.getMessage();\r
 155             }\r
 156           }\r
 157 \r
 158           if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 159           {\r
 160             if (viewport != null)\r
 161             {\r
 162               for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
 163               {\r
 164                 viewport.getAlignment().addSequence(sequences[i]);\r
 165               }\r
 166               viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 167                                           viewport.getAlignment().getSequences());\r
 168 \r
 169             }\r
 170             else\r
 171             {\r
 172               Alignment al = new Alignment(sequences);\r
 173 \r
 174               alignFrame = new AlignFrame(al,\r
 175                                            AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 176                                            AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 177               alignFrame.currentFileFormat = format;\r
 178               alignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 179 \r
 180               Desktop.addInternalFrame(alignFrame, file,\r
 181                                        AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 182                                        AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 183 \r
 184               try\r
 185               {\r
 186                alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(\r
 187                    "SHOW_FULLSCREEN", false));\r
 188               }\r
 189               catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 190               {\r
 191               }\r
 192             }\r
 193           }\r
 194           else\r
 195           {\r
 196             if (Desktop.instance != null)\r
 197               Desktop.instance.stopLoading();\r
 198 \r
 199             final String errorMessage = "Couldn't load file " + file + "\n" +\r
 200                 error;\r
 201 \r
 202             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 203             {\r
 204               public void run()\r
 205               {\r
 206                 JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 207                     errorMessage,\r
 208                     "Error loading file",\r
 209                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 210               }\r
 211             });\r
 212           }\r
 213         }\r
 214 \r
 215         if (alignFrame != null)\r
 216         {\r
 217          alignFrame.fileName = file;\r
 218          alignFrame.currentFileFormat = format;\r
 219          updateRecentlyOpened();\r
 220         }\r
 221       }\r
 222       catch (OutOfMemoryError er)\r
 223       {\r
 224 \r
 225         er.printStackTrace();\r
 226         alignFrame = null;\r
 227 \r
 228         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 229         {\r
 230           public void run()\r
 231           {\r
 232             javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 233                 "Out of memory loading file "+file+"!!"\r
 234                 +\r
 235                 "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 236                 , "Out of memory",\r
 237                 javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 238           }\r
 239         });\r
 240       }\r
 241 \r
 242      System.gc();\r
 243      if (Desktop.instance != null)\r
 244         Desktop.instance.stopLoading();\r
 245 \r
 246     }\r
 247 \r
 248 }\r