src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.util.Comparison;
  34
  35 import java.io.IOException;
  36
  37 /**
  38  * Additional formatting methods used by the application in a number of places.
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision$
  42  */
  43 public class FormatAdapter extends AppletFormatAdapter
  44 {
  45   public FormatAdapter(AlignmentViewPanel viewpanel)
  46   {
  47     super(viewpanel);
  48     init();
  49   }
  50
  51   public FormatAdapter()
  52   {
  53     super();
  54     init();
  55   }
  56
  57   public FormatAdapter(AlignmentViewPanel alignPanel,
  58           AlignExportSettingI settings)
  59   {
  60     super(alignPanel, settings);
  61   }
  62
  63   private void init()
  64   {
  65     if (jalview.bin.Cache.getDefault("STRUCT_FROM_PDB", true))
  66     {
  67       annotFromStructure = jalview.bin.Cache.getDefault("ADD_TEMPFACT_ANN",
  68               true);
  69       localSecondaryStruct = jalview.bin.Cache.getDefault("ADD_SS_ANN",
  70               true);
  71       serviceSecondaryStruct = jalview.bin.Cache.getDefault("USE_RNAVIEW",
  72               true);
  73     }
  74     else
  75     {
  76       // disable all PDB annotation options
  77       annotFromStructure = false;
  78       localSecondaryStruct = false;
  79       serviceSecondaryStruct = false;
  80     }
  81   }
  82
  83   public String formatSequences(FileFormatI format, SequenceI[] seqs,
  84           String[] omitHiddenColumns, int[] exportRange)
  85   {
  86
  87     return formatSequences(format,
  88             replaceStrings(seqs, omitHiddenColumns, exportRange));
  89   }
  90
  91   /**
  92    * create sequences with each sequence string replaced with the one given in
  93    * omitHiddenCOlumns
  94    *
  95    * @param seqs
  96    * @param omitHiddenColumns
  97    * @return new sequences
  98    */
  99   public SequenceI[] replaceStrings(SequenceI[] seqs,
 100           String[] omitHiddenColumns, int[] startEnd)
 101   {
 102     if (omitHiddenColumns != null)
 103     {
 104       SequenceI[] tmp = new SequenceI[seqs.length];
 105
 106       int startRes;
 107       int endRes;
 108       int startIndex;
 109       int endIndex;
 110       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 111       {
 112         startRes = seqs[i].getStart();
 113         endRes = seqs[i].getEnd();
 114         if (startEnd != null)
 115         {
 116           startIndex = startEnd[0];
 117           endIndex = startEnd[1];
 118           // get first non-gaped residue start position
 119           while (Comparison.isGap(seqs[i].getCharAt(startIndex))
 120                   && startIndex < endIndex)
 121           {
 122             startIndex++;
 123           }
 124
 125           // get last non-gaped residue end position
 126           while (Comparison.isGap(seqs[i].getCharAt(endIndex))
 127                   && endIndex > startIndex)
 128           {
 129             endIndex--;
 130           }
 131
 132           startRes = seqs[i].findPosition(startIndex);
 133           endRes = seqs[i].findPosition(endIndex);
 134         }
 135
 136         tmp[i] = new Sequence(seqs[i].getName(), omitHiddenColumns[i],
 137                 startRes, endRes);
 138         tmp[i].setDescription(seqs[i].getDescription());
 139       }
 140       seqs = tmp;
 141     }
 142     return seqs;
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Format a vector of sequences as a flat alignment file. TODO: allow caller
 147    * to detect errors and warnings encountered when generating output
 148    *
 149    *
 150    * @param format
 151    * @param seqs
 152    *          vector of sequences to write
 153    *
 154    * @return String containing sequences in desired format
 155    */
 156   public String formatSequences(FileFormatI format, SequenceI[] seqs)
 157   {
 158     boolean withSuffix = getCacheSuffixDefault(format);
 159     return format.getWriter(null).print(seqs, withSuffix);
 160   }
 161
 162   public boolean getCacheSuffixDefault(FileFormatI format)
 163   {
 164     return Cache.getDefault(format.getName() + "_JVSUFFIX", true);
 165   }
 166
 167   public String formatSequences(FileFormatI format, AlignmentI alignment,
 168           String[] omitHidden, int[] exportRange, HiddenColumns hidden)
 169   {
 170     return formatSequences(format, alignment, omitHidden, exportRange,
 171             getCacheSuffixDefault(format), hidden, null);
 172   }
 173
 174   /**
 175    * hack function to replace sequences with visible sequence strings before
 176    * generating a string of the alignment in the given format.
 177    *
 178    * @param format
 179    * @param alignment
 180    * @param omitHidden
 181    *          sequence strings to write out in order of sequences in alignment
 182    * @param colSel
 183    *          defines hidden columns that are edited out of annotation
 184    * @return string representation of the alignment formatted as format
 185    */
 186   public String formatSequences(FileFormatI format, AlignmentI alignment,
 187           String[] omitHidden, int[] exportRange, boolean suffix,
 188           HiddenColumns hidden)
 189   {
 190     return formatSequences(format, alignment, omitHidden, exportRange,
 191             suffix, hidden, null);
 192   }
 193
 194   public String formatSequences(FileFormatI format, AlignmentI alignment,
 195           String[] omitHidden, int[] exportRange, boolean suffix,
 196           HiddenColumns hidden, SequenceGroup selgp)
 197   {
 198     if (omitHidden != null)
 199     {
 200       // TODO consider using AlignmentView to prune to visible region
 201       // TODO prune sequence annotation and groups to visible region
 202       // TODO: JAL-1486 - set start and end for output correctly. basically,
 203       // AlignmentView.getVisibleContigs does this.
 204       Alignment alv = new Alignment(replaceStrings(
 205               alignment.getSequencesArray(), omitHidden, exportRange));
 206       AlignmentAnnotation[] ala = alignment.getAlignmentAnnotation();
 207       if (ala != null)
 208       {
 209         for (int i = 0; i < ala.length; i++)
 210         {
 211           AlignmentAnnotation na = new AlignmentAnnotation(ala[i]);
 212           if (selgp != null)
 213           {
 214             hidden.makeVisibleAnnotation(selgp.getStartRes(),
 215                     selgp.getEndRes(), na);
 216           }
 217           else
 218           {
 219             hidden.makeVisibleAnnotation(na);
 220           }
 221           alv.addAnnotation(na);
 222         }
 223       }
 224       return this.formatSequences(format, alv, suffix);
 225     }
 226     return this.formatSequences(format, alignment, suffix);
 227   }
 228
 229   @Override
 230   public AlignmentI readFile(String file, DataSourceType sourceType,
 231           FileFormatI fileFormat) throws IOException
 232   {
 233     AlignmentI al = super.readFile(file, sourceType, fileFormat);
 234     return al;
 235   }
 236
 237   @Override
 238   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, FileFormatI format)
 239           throws IOException
 240   {
 241     AlignmentI al = super.readFromFile(source, format);
 242     return al;
 243   }
 244
 245   /**
 246    * Create a flat file representation of a given view or selected region of a
 247    * view
 248    *
 249    * @param format
 250    * @param ap
 251    *          alignment panel originating the view
 252    * @return String containing flat file
 253    */
 254   public String formatSequences(FileFormatI format, AlignmentViewPanel ap,
 255           boolean selectedOnly)
 256   {
 257     return formatSequences(format, getCacheSuffixDefault(format), ap,
 258             selectedOnly);
 259   }
 260
 261   public AlignmentI readFromFile(AlignmentFileReaderI source,
 262           FileFormatI format) throws IOException
 263   {
 264     FileParse fp = new FileParse(source.getInFile(),
 265             source.getDataSourceType());
 266     return readFromFile(fp, format);
 267   }
 268
 269 }