src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * DOCUMENT ME!\r
  28  *\r
  29  * @author $author$\r
  30  * @version $Revision$\r
  31  */\r
  32 public class FormatAdapter extends AppletFormatAdapter\r
  33 {\r
  34     /**\r
  35      * DOCUMENT ME!\r
  36      *\r
  37      * @param format DOCUMENT ME!\r
  38      * @param seqs DOCUMENT ME!\r
  39      *\r
  40      * @return DOCUMENT ME!\r
  41      */\r
  42     public String formatSequences(String format, Vector seqs)\r
  43     {\r
  44         SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
  45 \r
  46         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
  47             s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
  48 \r
  49         try\r
  50         {\r
  51             AlignFile afile = null;\r
  52 \r
  53             if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
  54             {\r
  55                 afile = new FastaFile();\r
  56                 afile.addDBPrefix(\r
  57                     jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_DBPREFIX", false));\r
  58                 afile.addJVSuffix(\r
  59                     jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));\r
  60             }\r
  61             else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
  62             {\r
  63               afile = new MSFfile();\r
  64               afile.addDBPrefix(\r
  65                   jalview.bin.Cache.getDefault("MSF_DBPREFIX", false));\r
  66               afile.addJVSuffix(\r
  67                   jalview.bin.Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));\r
  68             }\r
  69             else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
  70             {\r
  71                 afile = new PileUpfile();\r
  72                 afile.addDBPrefix(\r
  73                     jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_DBPREFIX", false));\r
  74                 afile.addJVSuffix(\r
  75                     jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));\r
  76             }\r
  77             else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
  78             {\r
  79                 afile = new ClustalFile();\r
  80                 afile.addDBPrefix(\r
  81                     jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_DBPREFIX", false));\r
  82                 afile.addJVSuffix(\r
  83                     jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));\r
  84             }\r
  85             else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
  86             {\r
  87                 afile = new BLCFile();\r
  88                 afile.addDBPrefix(\r
  89                     jalview.bin.Cache.getDefault("BLC_DBPREFIX", false));\r
  90                 afile.addJVSuffix(\r
  91                     jalview.bin.Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));\r
  92             }\r
  93             else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
  94             {\r
  95                 afile = new PIRFile();\r
  96                 afile.addDBPrefix(\r
  97                     jalview.bin.Cache.getDefault("PIR_DBPREFIX", false));\r
  98                 afile.addJVSuffix(\r
  99                     jalview.bin.Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));\r
 100             }\r
 101             else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 102             {\r
 103                 afile = new PfamFile();\r
 104                 afile.addDBPrefix(\r
 105                     jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_DBPREFIX", false));\r
 106                 afile.addJVSuffix(\r
 107                     jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));\r
 108             }\r
 109 \r
 110             afile.setSeqs(s);\r
 111 \r
 112             return afile.print();\r
 113         }\r
 114         catch (Exception e)\r
 115         {\r
 116             System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 117                 "' file\n");\r
 118             e.printStackTrace();\r
 119         }\r
 120 \r
 121         return null;\r
 122     }\r
 123 }\r