src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import java.util.Vector;\r
  24 public class FormatAdapter\r
  25 {\r
  26 \r
  27   public static Vector formats = new Vector();\r
  28   static{\r
  29     formats.addElement("FASTA");\r
  30     formats.addElement("MSF");\r
  31     formats.addElement("PileUp");\r
  32     formats.addElement("CLUSTAL");\r
  33     formats.addElement("BLC");\r
  34     formats.addElement("PIR");\r
  35     formats.addElement("PFAM");\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public static SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  39   {\r
  40 \r
  41     try\r
  42     {\r
  43       AlignFile afile = null;\r
  44       if (format.equals("FASTA"))\r
  45         afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  46       else if (format.equals("MSF"))\r
  47         afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  48       else if (format.equals("PileUp"))\r
  49               afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  50       else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  51         afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  52       else if (format.equals("BLC"))\r
  53         afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  54       else if (format.equals("PIR"))\r
  55         afile = new PIRFile(inFile, type);\r
  56       else if (format.equals("PFAM"))\r
  57         afile = new PfamFile(inFile, type);\r
  58 \r
  59       return afile.getSeqsAsArray();\r
  60     }\r
  61     catch (Exception e)  {\r
  62     System.err.println("Failed to read alignment using the '"+format+"' reader.");\r
  63     e.printStackTrace();\r
  64     }\r
  65 \r
  66     return null;\r
  67   }\r
  68 \r
  69 \r
  70   public static String formatSequences(String format, Vector seqs)\r
  71   {\r
  72     SequenceI [] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
  73 \r
  74     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
  75       s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
  76 \r
  77     try\r
  78     {\r
  79       AlignFile afile = null;\r
  80       if (format.equals("FASTA"))\r
  81         afile = new FastaFile();\r
  82       else if (format.equals("MSF"))\r
  83         afile = new MSFfile();\r
  84       else if (format.equals("PileUp"))\r
  85         afile = new PileUpfile();\r
  86       else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  87         afile = new ClustalFile();\r
  88       else if (format.equals("BLC"))\r
  89         afile = new BLCFile();\r
  90       else if (format.equals("PIR"))\r
  91         afile = new PIRFile();\r
  92       else if (format.equals("PFAM"))\r
  93         afile = new PfamFile();\r
  94 \r
  95       afile.setSeqs(s);\r
  96       return afile.print();\r
  97     }\r
  98     catch (Exception e)  {\r
  99       System.err.println("Failed to write alignment as a '"+format+"' file\n");\r
 100       e.printStackTrace();\r
 101     }\r
 102 \r
 103     return null;\r
 104   }\r
 105 }\r