src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class HTMLOutput\r
  30 {\r
  31   AlignViewport av;\r
  32   SequenceRenderer sr;\r
  33   Color color;\r
  34 \r
  35   public HTMLOutput(AlignViewport av)\r
  36   {\r
  37     this.av = av;\r
  38     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  39 \r
  40     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
  41         getProperty(\r
  42             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
  43         {"html"},\r
  44         new String[]\r
  45         {"HTML files"}, "HTML files");\r
  46 \r
  47     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  48     chooser.setDialogTitle("Save as HTML");\r
  49     chooser.setToolTipText("Save");\r
  50 \r
  51     int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
  52 \r
  53     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
  54     {\r
  55       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
  56       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
  57                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
  58 \r
  59       try\r
  60       {\r
  61         PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.FileWriter(\r
  62             choice));\r
  63         out.println("<HTML>");\r
  64         out.println("<style type=\"text/css\">");\r
  65         out.println("<!--");\r
  66         out.print("td {font-family: \"" + av.getFont().getFamily() +\r
  67                   "\", \"" + av.getFont().getName() + "\", mono; " +\r
  68                   "font-size: " + av.getFont().getSize() + "px; ");\r
  69 \r
  70         if (av.getFont().getStyle() == Font.BOLD)\r
  71         {\r
  72           out.print("font-weight: BOLD; ");\r
  73         }\r
  74 \r
  75         if (av.getFont().getStyle() == Font.ITALIC)\r
  76         {\r
  77           out.print("font-style: italic; ");\r
  78         }\r
  79 \r
  80         out.println("text-align: center; }");\r
  81 \r
  82         out.println("-->");\r
  83         out.println("</style>");\r
  84         out.println("<BODY>");\r
  85 \r
  86         if (av.getWrapAlignment())\r
  87         {\r
  88           drawWrappedAlignment(out);\r
  89         }\r
  90         else\r
  91         {\r
  92           drawUnwrappedAlignment(out);\r
  93         }\r
  94 \r
  95         out.println("\n</body>\n</html>");\r
  96         out.close();\r
  97         jalview.util.BrowserLauncher.openURL("file:///" + choice);\r
  98       }\r
  99       catch (Exception ex)\r
 100       {\r
 101         ex.printStackTrace();\r
 102       }\r
 103     }\r
 104   }\r
 105 \r
 106   void drawUnwrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 107   {\r
 108     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 109     out.println(\r
 110         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 111 \r
 112     //////////////\r
 113     SequenceGroup[] groups;\r
 114     SequenceI seq;\r
 115     ColourSchemeI cs = null;\r
 116     AlignmentI alignment = av.getAlignment();\r
 117 \r
 118     // draws the top row, the measure rule\r
 119     out.println("<tr><td colspan=\"6\"></td>");\r
 120 \r
 121     int i = 0;\r
 122 \r
 123     for (i = 10; i < (alignment.getWidth() - 10); i += 10)\r
 124     {\r
 125       out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 126     }\r
 127 \r
 128     out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">" + i +\r
 129                 "<br>|</td>");\r
 130     out.println("</tr>");\r
 131 \r
 132     for (i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)\r
 133     {\r
 134       seq = alignment.getSequenceAt(i);\r
 135       groups = alignment.findAllGroups(seq);\r
 136 \r
 137       String id = seq.getDisplayId(av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
 138 \r
 139       out.println("<tr><td nowrap>" + id +\r
 140                     "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 141 \r
 142 \r
 143       for (int res = 0; res < seq.getLength(); res++)\r
 144       {\r
 145         cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 146 \r
 147         if (groups != null)\r
 148         {\r
 149           for (int k = 0; k < groups.length; k++)\r
 150           {\r
 151             if ( (groups[k].getStartRes() <= res) &&\r
 152                 (groups[k].getEndRes() >= res))\r
 153             {\r
 154               cs = groups[k].cs;\r
 155 \r
 156               break;\r
 157             }\r
 158           }\r
 159         }\r
 160 \r
 161         color = sr.getResidueBoxColour(cs, seq, res);\r
 162 \r
 163         if (color.getRGB() < -1)\r
 164         {\r
 165           out.println("<td bgcolor=\"#" +\r
 166                       jalview.util.Format.getHexString(color) + "\">" +\r
 167                       seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 168         }\r
 169         else\r
 170         {\r
 171           out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 172         }\r
 173       }\r
 174 \r
 175       out.println("</tr>");\r
 176     }\r
 177 \r
 178     //////////////\r
 179     out.println("</table>");\r
 180     out.println("</td></tr></table>");\r
 181   }\r
 182 \r
 183   void drawWrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 184   {\r
 185     ////////////////////////////////////\r
 186     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 187     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 188     SequenceGroup[] groups;\r
 189     SequenceI seq;\r
 190     ColourSchemeI cs = null;\r
 191     String r;\r
 192     String g;\r
 193     String b;\r
 194 \r
 195     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 196     out.println(\r
 197         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 198 \r
 199     for (int startRes = 0; startRes < al.getWidth();\r
 200          startRes += av.getWrappedWidth())\r
 201     {\r
 202       int endRes = startRes + av.getWrappedWidth();\r
 203 \r
 204       if (endRes > al.getWidth())\r
 205       {\r
 206         endRes = al.getWidth();\r
 207       }\r
 208 \r
 209       out.println("<tr>");\r
 210       out.println("<td colspan=\"6\">&nbsp;</td>");\r
 211 \r
 212       for (int i = startRes + 10; i < endRes; i += 10)\r
 213       {\r
 214         out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 215       }\r
 216 \r
 217       // out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">" + i +\r
 218       //             "<br>|</td>");\r
 219       out.println("</tr>");\r
 220 \r
 221       for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 222       {\r
 223         out.println("<tr>");\r
 224         seq = al.getSequenceAt(s);\r
 225         groups = al.findAllGroups(seq);\r
 226 \r
 227         String id = seq.getDisplayId(av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
 228 \r
 229           out.println("<td nowrap>" + id +\r
 230                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 231 \r
 232 \r
 233         for (int res = startRes; res < endRes; res++)\r
 234         {\r
 235           cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 236 \r
 237           if (groups != null)\r
 238           {\r
 239             for (int k = 0; k < groups.length; k++)\r
 240             {\r
 241               if ( (groups[k].getStartRes() <= res) &&\r
 242                   (groups[k].getEndRes() >= res))\r
 243               {\r
 244                 cs = groups[k].cs;\r
 245 \r
 246                 break;\r
 247               }\r
 248             }\r
 249           }\r
 250 \r
 251           color = sr.getResidueBoxColour(cs, seq, res);\r
 252 \r
 253           if (color.getRGB() < -1)\r
 254           {\r
 255             r = Integer.toHexString(color.getRed());\r
 256 \r
 257             if (r.length() < 2)\r
 258             {\r
 259               r = "0" + r;\r
 260             }\r
 261 \r
 262             g = Integer.toHexString(color.getGreen());\r
 263 \r
 264             if (g.length() < 2)\r
 265             {\r
 266               g = "0" + g;\r
 267             }\r
 268 \r
 269             b = Integer.toHexString(color.getBlue());\r
 270 \r
 271             if (b.length() < 2)\r
 272             {\r
 273               b = "0" + b;\r
 274             }\r
 275 \r
 276             out.println("<td bgcolor=\"#" + r + g + b + "\">" +\r
 277                         seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 278           }\r
 279           else\r
 280           {\r
 281             out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 282           }\r
 283         }\r
 284 \r
 285         out.println("</tr>");\r
 286       }\r
 287 \r
 288       if (endRes < al.getWidth())\r
 289       {\r
 290         out.println("<tr><td height=\"5\"></td></tr>");\r
 291       }\r
 292     }\r
 293 \r
 294     out.println("</table>");\r
 295     out.println("</table>");\r
 296   }\r
 297 \r
 298   public static String getImageMapHTML()\r
 299   {\r
 300     return new String(\r
 301       "<html>\n"\r
 302       +"<head>\n"\r
 303       +"<script language=\"JavaScript\">\n"\r
 304       +"var ns4 = document.layers;\n"\r
 305       +"var ns6 = document.getElementById && !document.all;\n"\r
 306       +"var ie4 = document.all;\n"\r
 307       +"offsetX = 0;\n"\r
 308       +"offsetY = 20;\n"\r
 309       +"var toolTipSTYLE=\"\";\n"\r
 310       +"function initToolTips()\n"\r
 311       +"{\n"\r
 312       +"  if(ns4||ns6||ie4)\n"\r
 313       +"  {\n"\r
 314       +"    if(ns4) toolTipSTYLE = document.toolTipLayer;\n"\r
 315       +"    else if(ns6) toolTipSTYLE = document.getElementById(\"toolTipLayer\").style;\n"\r
 316       +"    else if(ie4) toolTipSTYLE = document.all.toolTipLayer.style;\n"\r
 317       +"    if(ns4) document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);\n"\r
 318       +"    else\n"\r
 319       +"    {\n"\r
 320       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 321       +"      toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 322       +"    }\n"\r
 323       +"    document.onmousemove = moveToMouseLoc;\n"\r
 324       +"  }\n"\r
 325       +"}\n"\r
 326       +"function toolTip(msg, fg, bg)\n"\r
 327       +"{\n"\r
 328       +"  if(toolTip.arguments.length < 1) // hide\n"\r
 329       +"  {\n"\r
 330       +"    if(ns4) toolTipSTYLE.visibility = \"hidden\";\n"\r
 331       +"    else toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 332       +"  }\n"\r
 333       +"  else // show\n"\r
 334       +"  {\n"\r
 335       +"    if(!fg) fg = \"#555555\";\n"\r
 336       +"    if(!bg) bg = \"#FFFFFF\";\n"\r
 337       +"    var content =\n"\r
 338       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + fg + '\"><td>' +\n"\r
 339       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + bg + \n"\r
 340       +"    '\"><td align=\"center\"><font face=\"sans-serif\" color=\"' + fg +\n"\r
 341       +"    '\" size=\"-2\">&nbsp;' + msg +\n"\r
 342       +"    '&nbsp;</font></td></table></td></table>';\n"\r
 343       +"    if(ns4)\n"\r
 344       +"    {\n"\r
 345       +"      toolTipSTYLE.document.write(content);\n"\r
 346       +"      toolTipSTYLE.document.close();\n"\r
 347       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 348       +"    }\n"\r
 349       +"    if(ns6)\n"\r
 350       +"    {\n"\r
 351       +"      document.getElementById(\"toolTipLayer\").innerHTML = content;\n"\r
 352       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 353       +"    }\n"\r
 354       +"    if(ie4)\n"\r
 355       +"    {\n"\r
 356       +"      document.all(\"toolTipLayer\").innerHTML=content;\n"\r
 357       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 358       +"    }\n"\r
 359       +"  }\n"\r
 360       +"}\n"\r
 361       +"function moveToMouseLoc(e)\n"\r
 362       +"{\n"\r
 363       +"  if(ns4||ns6)\n"\r
 364       +"  {\n"\r
 365       +"    x = e.pageX;\n"\r
 366       +"    y = e.pageY;\n"\r
 367       +"  }\n"\r
 368       +"  else\n"\r
 369       +"  {\n"\r
 370       +"    x = event.x + document.body.scrollLeft;\n"\r
 371       +"    y = event.y + document.body.scrollTop;\n"\r
 372       +"  }\n"\r
 373       +"  toolTipSTYLE.left = x + offsetX;\n"\r
 374       +"  toolTipSTYLE.top = y + offsetY;\n"\r
 375       +"  return true;\n"\r
 376       +"}\n"\r
 377       +"</script>\n"\r
 378       +"</head>\n"\r
 379       +"<body>\n"\r
 380       +"<div id=\"toolTipLayer\" style=\"position:absolute; visibility: hidden\"></div>\n"\r
 381       +"<script language=\"JavaScript\"><!--\n"\r
 382       +"initToolTips(); //--></script>\n");\r
 383 \r
 384   }\r
 385 }\r