src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class HTMLOutput\r
  30 {\r
  31   AlignViewport av;\r
  32   SequenceRenderer sr;\r
  33   FeatureRenderer fr;\r
  34   Color color;\r
  35 \r
  36   public HTMLOutput(AlignViewport av, SequenceRenderer sr, FeatureRenderer fr)\r
  37   {\r
  38     this.av = av;\r
  39     this.sr = sr;\r
  40     this.fr = fr;\r
  41 \r
  42     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
  43         getProperty(\r
  44             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
  45         {"html"},\r
  46         new String[]\r
  47         {"HTML files"}, "HTML files");\r
  48 \r
  49     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  50     chooser.setDialogTitle("Save as HTML");\r
  51     chooser.setToolTipText("Save");\r
  52 \r
  53     int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
  54 \r
  55     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
  56     {\r
  57       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
  58       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
  59                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
  60 \r
  61       try\r
  62       {\r
  63         PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.FileWriter(\r
  64             choice));\r
  65         out.println("<HTML>");\r
  66         out.println("<style type=\"text/css\">");\r
  67         out.println("<!--");\r
  68         out.print("td {font-family: \"" + av.getFont().getFamily() +\r
  69                   "\", \"" + av.getFont().getName() + "\", mono; " +\r
  70                   "font-size: " + av.getFont().getSize() + "px; ");\r
  71 \r
  72         if (av.getFont().getStyle() == Font.BOLD)\r
  73         {\r
  74           out.print("font-weight: BOLD; ");\r
  75         }\r
  76 \r
  77         if (av.getFont().getStyle() == Font.ITALIC)\r
  78         {\r
  79           out.print("font-style: italic; ");\r
  80         }\r
  81 \r
  82         out.println("text-align: center; }");\r
  83 \r
  84         out.println("-->");\r
  85         out.println("</style>");\r
  86         out.println("<BODY>");\r
  87 \r
  88         if (av.getWrapAlignment())\r
  89         {\r
  90           drawWrappedAlignment(out);\r
  91         }\r
  92         else\r
  93         {\r
  94           drawUnwrappedAlignment(out);\r
  95         }\r
  96 \r
  97         out.println("\n</body>\n</html>");\r
  98         out.close();\r
  99         jalview.util.BrowserLauncher.openURL("file:///" + choice);\r
 100       }\r
 101       catch (Exception ex)\r
 102       {\r
 103         ex.printStackTrace();\r
 104       }\r
 105     }\r
 106   }\r
 107 \r
 108   void drawUnwrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 109   {\r
 110     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 111     out.println(\r
 112         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 113 \r
 114     //////////////\r
 115     SequenceI seq;\r
 116     AlignmentI alignment = av.getAlignment();\r
 117 \r
 118     // draws the top row, the measure rule\r
 119     out.println("<tr><td colspan=\"6\"></td>");\r
 120 \r
 121     int i = 0;\r
 122 \r
 123     for (i = 10; i < (alignment.getWidth() - 10); i += 10)\r
 124     {\r
 125       out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 126     }\r
 127 \r
 128     out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">" + i +\r
 129                 "<br>|</td>");\r
 130     out.println("</tr>");\r
 131 \r
 132     for (i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)\r
 133     {\r
 134       seq = alignment.getSequenceAt(i);\r
 135 \r
 136       String id = seq.getDisplayId(av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
 137 \r
 138       out.println("<tr><td nowrap>" + id +\r
 139                     "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 140 \r
 141 \r
 142       for (int res = 0; res < seq.getLength(); res++)\r
 143       {\r
 144 \r
 145         color = sr.findSequenceColour(Color.white, seq, res);\r
 146 \r
 147         color = fr.findFeatureColour(color, seq, res);\r
 148 \r
 149        if (color.getRGB() < -1)\r
 150         {\r
 151           out.println("<td bgcolor=\"#" +\r
 152                       jalview.util.Format.getHexString(color) + "\">" +\r
 153                       seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 154         }\r
 155         else\r
 156         {\r
 157           out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 158         }\r
 159       }\r
 160 \r
 161       out.println("</tr>");\r
 162     }\r
 163 \r
 164     //////////////\r
 165     out.println("</table>");\r
 166     out.println("</td></tr></table>");\r
 167   }\r
 168 \r
 169   void drawWrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 170   {\r
 171     ////////////////////////////////////\r
 172     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 173     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 174     SequenceI seq;\r
 175     String r;\r
 176     String g;\r
 177     String b;\r
 178 \r
 179     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 180     out.println(\r
 181         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 182 \r
 183     for (int startRes = 0; startRes < al.getWidth();\r
 184          startRes += av.getWrappedWidth())\r
 185     {\r
 186       int endRes = startRes + av.getWrappedWidth();\r
 187 \r
 188       if (endRes > al.getWidth())\r
 189       {\r
 190         endRes = al.getWidth();\r
 191       }\r
 192 \r
 193       if(av.getScaleAboveWrapped())\r
 194       {\r
 195         out.println("<tr>");\r
 196 \r
 197         if (av.getScaleLeftWrapped())\r
 198           out.println("<td colspan=\"7\">&nbsp;</td>");\r
 199         else\r
 200           out.println("<td colspan=\"6\">&nbsp;</td>");\r
 201 \r
 202 \r
 203         for (int i = startRes + 10; i < endRes; i += 10)\r
 204         {\r
 205           out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 206         }\r
 207 \r
 208         out.println("</tr>");\r
 209       }\r
 210 \r
 211       int startPos, endPos;\r
 212       for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 213       {\r
 214         out.println("<tr>");\r
 215         seq = al.getSequenceAt(s);\r
 216 \r
 217         startPos = seq.findPosition( startRes );\r
 218         endPos =   seq.findPosition( endRes )-1;\r
 219 \r
 220         String id = seq.getDisplayId(av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
 221 \r
 222         out.println("<td nowrap>" + id +\r
 223                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 224 \r
 225 \r
 226         if(av.getScaleLeftWrapped())\r
 227         {\r
 228           if(startPos > seq.getEnd() || endPos==0)\r
 229             out.println("<td nowrap>&nbsp;</td>");\r
 230           else\r
 231             out.println("<td nowrap>" + startPos +\r
 232                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 233         }\r
 234 \r
 235 \r
 236         for (int res = startRes; res < endRes; res++)\r
 237         {\r
 238           color = sr.findSequenceColour(Color.white, seq, res);\r
 239 \r
 240           color = fr.findFeatureColour(color, seq, res);\r
 241 \r
 242           if (color.getRGB() < -1)\r
 243           {\r
 244             r = Integer.toHexString(color.getRed());\r
 245 \r
 246             if (r.length() < 2)\r
 247             {\r
 248               r = "0" + r;\r
 249             }\r
 250 \r
 251             g = Integer.toHexString(color.getGreen());\r
 252 \r
 253             if (g.length() < 2)\r
 254             {\r
 255               g = "0" + g;\r
 256             }\r
 257 \r
 258             b = Integer.toHexString(color.getBlue());\r
 259 \r
 260             if (b.length() < 2)\r
 261             {\r
 262               b = "0" + b;\r
 263             }\r
 264 \r
 265             out.println("<td bgcolor=\"#" + r + g + b + "\">" +\r
 266                         seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 267           }\r
 268           else\r
 269           {\r
 270             out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 271           }\r
 272 \r
 273 \r
 274         }\r
 275 \r
 276         if(av.getScaleRightWrapped() &&\r
 277            endRes < startRes + av.getWrappedWidth())\r
 278         {\r
 279          out.println("<td colspan=\""+ (startRes+av.getWrappedWidth()-endRes) +"\">"\r
 280                      +"&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 281        }\r
 282 \r
 283 \r
 284         if(av.getScaleRightWrapped() && startPos<endPos)\r
 285         {\r
 286           out.println("<td nowrap>&nbsp;" + endPos +\r
 287                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 288         }\r
 289 \r
 290 \r
 291         out.println("</tr>");\r
 292       }\r
 293 \r
 294       if (endRes < al.getWidth())\r
 295       {\r
 296         out.println("<tr><td height=\"5\"></td></tr>");\r
 297       }\r
 298     }\r
 299 \r
 300     out.println("</table>");\r
 301     out.println("</table>");\r
 302   }\r
 303 \r
 304   public static String getImageMapHTML()\r
 305   {\r
 306     return new String(\r
 307       "<html>\n"\r
 308       +"<head>\n"\r
 309       +"<script language=\"JavaScript\">\n"\r
 310       +"var ns4 = document.layers;\n"\r
 311       +"var ns6 = document.getElementById && !document.all;\n"\r
 312       +"var ie4 = document.all;\n"\r
 313       +"offsetX = 0;\n"\r
 314       +"offsetY = 20;\n"\r
 315       +"var toolTipSTYLE=\"\";\n"\r
 316       +"function initToolTips()\n"\r
 317       +"{\n"\r
 318       +"  if(ns4||ns6||ie4)\n"\r
 319       +"  {\n"\r
 320       +"    if(ns4) toolTipSTYLE = document.toolTipLayer;\n"\r
 321       +"    else if(ns6) toolTipSTYLE = document.getElementById(\"toolTipLayer\").style;\n"\r
 322       +"    else if(ie4) toolTipSTYLE = document.all.toolTipLayer.style;\n"\r
 323       +"    if(ns4) document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);\n"\r
 324       +"    else\n"\r
 325       +"    {\n"\r
 326       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 327       +"      toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 328       +"    }\n"\r
 329       +"    document.onmousemove = moveToMouseLoc;\n"\r
 330       +"  }\n"\r
 331       +"}\n"\r
 332       +"function toolTip(msg, fg, bg)\n"\r
 333       +"{\n"\r
 334       +"  if(toolTip.arguments.length < 1) // hide\n"\r
 335       +"  {\n"\r
 336       +"    if(ns4) toolTipSTYLE.visibility = \"hidden\";\n"\r
 337       +"    else toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 338       +"  }\n"\r
 339       +"  else // show\n"\r
 340       +"  {\n"\r
 341       +"    if(!fg) fg = \"#555555\";\n"\r
 342       +"    if(!bg) bg = \"#FFFFFF\";\n"\r
 343       +"    var content =\n"\r
 344       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + fg + '\"><td>' +\n"\r
 345       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + bg + \n"\r
 346       +"    '\"><td align=\"center\"><font face=\"sans-serif\" color=\"' + fg +\n"\r
 347       +"    '\" size=\"-2\">&nbsp;' + msg +\n"\r
 348       +"    '&nbsp;</font></td></table></td></table>';\n"\r
 349       +"    if(ns4)\n"\r
 350       +"    {\n"\r
 351       +"      toolTipSTYLE.document.write(content);\n"\r
 352       +"      toolTipSTYLE.document.close();\n"\r
 353       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 354       +"    }\n"\r
 355       +"    if(ns6)\n"\r
 356       +"    {\n"\r
 357       +"      document.getElementById(\"toolTipLayer\").innerHTML = content;\n"\r
 358       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 359       +"    }\n"\r
 360       +"    if(ie4)\n"\r
 361       +"    {\n"\r
 362       +"      document.all(\"toolTipLayer\").innerHTML=content;\n"\r
 363       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 364       +"    }\n"\r
 365       +"  }\n"\r
 366       +"}\n"\r
 367       +"function moveToMouseLoc(e)\n"\r
 368       +"{\n"\r
 369       +"  if(ns4||ns6)\n"\r
 370       +"  {\n"\r
 371       +"    x = e.pageX;\n"\r
 372       +"    y = e.pageY;\n"\r
 373       +"  }\n"\r
 374       +"  else\n"\r
 375       +"  {\n"\r
 376       +"    x = event.x + document.body.scrollLeft;\n"\r
 377       +"    y = event.y + document.body.scrollTop;\n"\r
 378       +"  }\n"\r
 379       +"  toolTipSTYLE.left = x + offsetX;\n"\r
 380       +"  toolTipSTYLE.top = y + offsetY;\n"\r
 381       +"  return true;\n"\r
 382       +"}\n"\r
 383       +"</script>\n"\r
 384       +"</head>\n"\r
 385       +"<body>\n"\r
 386       +"<div id=\"toolTipLayer\" style=\"position:absolute; visibility: hidden\"></div>\n"\r
 387       +"<script language=\"JavaScript\"><!--\n"\r
 388       +"initToolTips(); //--></script>\n");\r
 389 \r
 390   }\r
 391 }\r