src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.io;
  23
  24 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  25 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  29
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.io.StringReader;
  32
  33 import org.jsoup.Jsoup;
  34 import org.jsoup.nodes.Document;
  35 import org.jsoup.nodes.Element;
  36
  37 public class HtmlFile extends AlignFile implements ComplexAlignFile
  38 {
  39   public static final String FILE_EXT = "html";
  40
  41   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  42
  43   private ColourSchemeI colourScheme;
  44
  45   private boolean showSeqFeatures;
  46
  47   private ColumnSelection columnSelection;
  48
  49   private SequenceI[] hiddenSequences;
  50
  51   private FeaturesDisplayedI displayedFeatures;
  52
  53   public HtmlFile()
  54   {
  55     super();
  56   }
  57
  58   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  59   {
  60     super(source);
  61   }
  62
  63   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  64   {
  65     super(inFile, type);
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public void parse() throws IOException
  70   {
  71     try
  72     {
  73       Element content = null;
  74       Document doc = null;
  75       try {
  76           StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  77           String currentLine;
  78           while ((currentLine = nextLine()) != null)
  79           {
  80             htmlData.append(currentLine);
  81           }
  82
  83           doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  84       } catch (OutOfMemoryError oom) {
  85           errormessage = "Not enough memory to process HTML document";
  86           throw new IOException(errormessage);
  87       }
  88       content = doc.getElementById("seqData");
  89
  90       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(new StringReader(content.val()));
  91       this.seqs = jsonFile.getSeqs();
  92       this.seqGroups = jsonFile.getSeqGroups();
  93       this.annotations = jsonFile.getAnnotations();
  94       this.showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
  95       this.colourScheme = jsonFile.getColourScheme();
  96       this.hiddenSequences = jsonFile.getHiddenSequences();
  97       this.columnSelection = jsonFile.getColumnSelection();
  98       this.displayedFeatures = jsonFile.getDisplayedFeatures();
  99     } catch (Exception e)
 100     {
 101       errormessage = "Failed to extract data from HTML document.";
 102       throw new IOException("Unexpected exception whilst extracting JSon from HTML.",e);
 103     }
 104   }
 105
 106
 107   @Override
 108   public String print()
 109   {
 110     throw new UnsupportedOperationException(
 111             "Print method of HtmlFile is not supported!");
 112   }
 113
 114   public boolean isShowSeqFeatures()
 115   {
 116     return showSeqFeatures;
 117   }
 118
 119   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
 120   {
 121     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
 122   }
 123
 124   public ColourSchemeI getColourScheme()
 125   {
 126     return colourScheme;
 127   }
 128
 129   public void setColourScheme(ColourSchemeI colourScheme)
 130   {
 131     this.colourScheme = colourScheme;
 132   }
 133
 134   public ColumnSelection getColumnSelection()
 135   {
 136     return columnSelection;
 137   }
 138
 139   public void setColumnSelection(ColumnSelection columnSelection)
 140   {
 141     this.columnSelection = columnSelection;
 142   }
 143
 144   public SequenceI[] getHiddenSequences()
 145   {
 146     return hiddenSequences;
 147   }
 148
 149   public void setHiddenSequences(SequenceI[] hiddenSequences)
 150   {
 151     this.hiddenSequences = hiddenSequences;
 152   }
 153
 154   @Override
 155   public FeaturesDisplayedI getDisplayedFeatures()
 156   {
 157     return displayedFeatures;
 158   }
 159
 160 }