src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.io;
  23
  24 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  25 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.io.StringReader;
  31
  32 import org.jsoup.Jsoup;
  33 import org.jsoup.nodes.Document;
  34 import org.jsoup.nodes.Element;
  35
  36 public class HtmlFile extends AlignFile implements ComplexAlignFile
  37 {
  38   public static final String FILE_EXT = "html";
  39
  40   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  41
  42   private String globalColourScheme;
  43
  44   private boolean showSeqFeatures;
  45
  46   private ColumnSelection columnSelection;
  47
  48   private SequenceI[] hiddenSequences;
  49
  50   private FeaturesDisplayedI displayedFeatures;
  51
  52   public HtmlFile()
  53   {
  54     super();
  55   }
  56
  57   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  58   {
  59     super(source);
  60   }
  61
  62   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  63   {
  64     super(inFile, type);
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public void parse() throws IOException
  69   {
  70     Element content = null;
  71     Document doc = null;
  72     try
  73     {
  74       StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  75       String currentLine;
  76       while ((currentLine = nextLine()) != null)
  77       {
  78         htmlData.append(currentLine);
  79       }
  80       doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  81     } catch (OutOfMemoryError oom)
  82     {
  83       errormessage = "Not enough memory to process HTML document";
  84       throw new IOException(errormessage);
  85     }
  86
  87     try
  88     {
  89       boolean contentFromDiv = true;
  90       // search for BioJSON data in div element with id seqData
  91       content = doc.select("div[id=seqData]").first();
  92       if (content == null)
  93       {
  94         contentFromDiv = false;
  95         // search for BioJSON data in input element with id seqData
  96         content = doc.getElementById("seqData");
  97       }
  98
  99       if (content == null)
 100       {
 101         errormessage = "The html document is not embedded with BioJSON data";
 102         throw new IOException(errormessage);
 103       }
 104       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(new StringReader(
 105               contentFromDiv ? content.text() : content.val()));
 106       this.seqs = jsonFile.getSeqs();
 107       this.seqGroups = jsonFile.getSeqGroups();
 108       this.annotations = jsonFile.getAnnotations();
 109       this.showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
 110       this.globalColourScheme = jsonFile.getGlobalColourScheme();
 111       this.hiddenSequences = jsonFile.getHiddenSequences();
 112       this.columnSelection = jsonFile.getColumnSelection();
 113       this.displayedFeatures = jsonFile.getDisplayedFeatures();
 114     } catch (Exception e)
 115     {
 116       throw e;
 117     }
 118   }
 119
 120   @Override
 121   public String print()
 122   {
 123     throw new UnsupportedOperationException(
 124             "Print method of HtmlFile is not supported!");
 125   }
 126
 127   public boolean isShowSeqFeatures()
 128   {
 129     return showSeqFeatures;
 130   }
 131
 132   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
 133   {
 134     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
 135   }
 136
 137   public String getGlobalColourScheme()
 138   {
 139     return globalColourScheme;
 140   }
 141
 142   public void setColourScheme(String globalColourScheme)
 143   {
 144     this.globalColourScheme = globalColourScheme;
 145   }
 146
 147   public ColumnSelection getColumnSelection()
 148   {
 149     return columnSelection;
 150   }
 151
 152   public void setColumnSelection(ColumnSelection columnSelection)
 153   {
 154     this.columnSelection = columnSelection;
 155   }
 156
 157   public SequenceI[] getHiddenSequences()
 158   {
 159     return hiddenSequences;
 160   }
 161
 162   public void setHiddenSequences(SequenceI[] hiddenSequences)
 163   {
 164     this.hiddenSequences = hiddenSequences;
 165   }
 166
 167   @Override
 168   public FeaturesDisplayedI getDisplayedFeatures()
 169   {
 170     return displayedFeatures;
 171   }
 172
 173 }