src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.gui.AlignFrame;
   4 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   5
   6 import java.io.IOException;
   7
   8 import org.jsoup.Jsoup;
   9 import org.jsoup.nodes.Document;
  10 import org.jsoup.nodes.Element;
  11
  12 public class HtmlFile extends AlignFile
  13 {
  14   public static final String FILE_EXT = "html";
  15
  16   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  17
  18   private ColourSchemeI cs;
  19
  20   public HtmlFile()
  21   {
  22     super();
  23   }
  24
  25   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  26   {
  27     super(source);
  28   }
  29
  30   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  31   {
  32     super(inFile, type);
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public void parse() throws IOException
  37   {
  38     try
  39     {
  40       StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  41       String currentLine;
  42       while ((currentLine = nextLine()) != null)
  43       {
  44         htmlData.append(currentLine);
  45       }
  46
  47       Document doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  48       Element content = doc.getElementById("seqData");
  49       String alignmentJsonString = content.val();
  50
  51       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(alignmentJsonString);
  52       seqs = jsonFile.seqs;
  53       seqGroups = jsonFile.seqGroups;
  54       annotations = jsonFile.annotations;
  55     } catch (Exception e)
  56     {
  57       e.printStackTrace();
  58     }
  59   }
  60
  61   public void LoadAlignmentFeatures(AlignFrame af)
  62   {
  63     af.setShowSeqFeatures(JSONFile.isSeqFeaturesEnabled());
  64     af.changeColour(JSONFile.getColourScheme());
  65     af.setMenusForViewport();
  66   }
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  68
  69   @Override
  70   public String print()
  71   {
  72     throw new UnsupportedOperationException(
  73             "Print method of HtmlFile not yet supported!");
  74   }
  75
  76 }