src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.io;
  23
  24 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  25 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  26
  27 import java.io.IOException;
  28
  29 import org.jsoup.Jsoup;
  30 import org.jsoup.nodes.Document;
  31 import org.jsoup.nodes.Element;
  32
  33 public class HtmlFile extends AlignFile
  34 {
  35   public static final String FILE_EXT = "html";
  36
  37   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  38
  39   private ColourSchemeI colourScheme;
  40
  41   private boolean showSeqFeatures;
  42
  43   public HtmlFile()
  44   {
  45     super();
  46   }
  47
  48   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  49   {
  50     super(source);
  51   }
  52
  53   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  54   {
  55     super(inFile, type);
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public void parse() throws IOException
  60   {
  61     try
  62     {
  63       StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  64       String currentLine;
  65       while ((currentLine = nextLine()) != null)
  66       {
  67         htmlData.append(currentLine);
  68       }
  69
  70       Document doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  71       Element content = doc.getElementById("seqData");
  72       String alignmentJsonString = content.val();
  73
  74       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(alignmentJsonString);
  75       seqs = jsonFile.getSeqs();
  76       seqGroups = jsonFile.getSeqGroups();
  77       annotations = jsonFile.getAnnotations();
  78       showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
  79       colourScheme = jsonFile.getColourScheme();
  80     } catch (Exception e)
  81     {
  82       e.printStackTrace();
  83     }
  84   }
  85
  86   public void applySettingsToAlignFrame(AlignViewControllerGuiI af)
  87   {
  88     af.setShowSeqFeatures(isShowSeqFeatures());
  89     af.changeColour(getColourScheme());
  90     af.setMenusForViewport();
  91   }
  92
  93
  94   @Override
  95   public String print()
  96   {
  97     throw new UnsupportedOperationException(
  98             "Print method of HtmlFile is not supported!");
  99   }
 100
 101   public boolean isShowSeqFeatures()
 102   {
 103     return showSeqFeatures;
 104   }
 105
 106   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
 107   {
 108     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
 109   }
 110
 111   public ColourSchemeI getColourScheme()
 112   {
 113     return colourScheme;
 114   }
 115
 116   public void setColourScheme(ColourSchemeI colourScheme)
 117   {
 118     this.colourScheme = colourScheme;
 119   }
 120
 121 }