src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * DOCUMENT ME!\r
  28  *\r
  29  * @author $author$\r
  30  * @version $Revision$\r
  31  */\r
  32 public class IdentifyFile\r
  33 {\r
  34     /**\r
  35      * DOCUMENT ME!\r
  36      *\r
  37      * @param file DOCUMENT ME!\r
  38      * @param protocol DOCUMENT ME!\r
  39      *\r
  40      * @return DOCUMENT ME!\r
  41      */\r
  42     public static String Identify(String file, String protocol)\r
  43     {\r
  44         String reply = "PFAM";\r
  45         String error =  "FILE NOT FOUND";\r
  46 \r
  47         try\r
  48         {\r
  49             BufferedReader reader = null;\r
  50 \r
  51             if (protocol.equalsIgnoreCase("File"))\r
  52             {\r
  53                 reader = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
  54             }\r
  55             else if (protocol.equalsIgnoreCase("URL"))\r
  56             {\r
  57                 error = "URL NOT FOUND";\r
  58                 URL url = new URL(file);\r
  59                 reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(\r
  60                             url.openStream()));\r
  61 \r
  62             }\r
  63             else if (protocol.equalsIgnoreCase("Paste"))\r
  64             {\r
  65                 reader = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
  66             }\r
  67 \r
  68             String data;\r
  69 \r
  70             while ((data = reader.readLine()) != null)\r
  71             {\r
  72                 data = data.toUpperCase();\r
  73 \r
  74                 if ((data.indexOf("#") == 0) || (data.length() < 1))\r
  75                 {\r
  76                     continue;\r
  77                 }\r
  78 \r
  79                 if (data.indexOf("PILEUP") > -1)\r
  80                 {\r
  81                     reply = "PileUp";\r
  82 \r
  83                     break;\r
  84                 }\r
  85 \r
  86                 if ((data.indexOf("//") == 0) ||\r
  87                         ((data.indexOf("!!") > -1) &&\r
  88                         (data.indexOf("!!") < data.indexOf(\r
  89                             "_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))\r
  90                 {\r
  91                     reply = "MSF";\r
  92 \r
  93                     break;\r
  94                 }\r
  95                 else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1)\r
  96                 {\r
  97                     reply = "CLUSTAL";\r
  98 \r
  99                     break;\r
 100                 }\r
 101                 else if ((data.indexOf(">P1;") > -1) ||\r
 102                         (data.indexOf(">DL;") > -1))\r
 103                 {\r
 104                     reply = "PIR";\r
 105 \r
 106                     break;\r
 107                 }\r
 108                 else if (data.indexOf(">") > -1)\r
 109                 {\r
 110                     // could be BLC file, read next line to confirm\r
 111                     data = reader.readLine();\r
 112 \r
 113                     if (data.indexOf(">") > -1)\r
 114                     {\r
 115                         reply = "BLC";\r
 116                     }\r
 117                     else\r
 118                     {\r
 119                         reply = "FASTA";\r
 120                     }\r
 121 \r
 122                     break;\r
 123                 }\r
 124             }\r
 125 \r
 126             reader.close();\r
 127         }\r
 128         catch (Exception ex)\r
 129         {\r
 130             System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);\r
 131             return error;\r
 132         }\r
 133         return reply;\r
 134     }\r
 135 }\r