src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 import java.io.*;
  21
  22 /**
  23  * DOCUMENT ME!
  24  *
  25  * @author $author$
  26  * @version $Revision$
  27  */
  28 public class IdentifyFile
  29 {
  30   /**
  31    * Identify a datasource's file content.
  32    *
  33    * @note Do not use this method for stream sources - create a FileParse object
  34    *       instead.
  35    *
  36    * @param file
  37    *          DOCUMENT ME!
  38    * @param protocol
  39    *          DOCUMENT ME!
  40    * @return ID String
  41    */
  42   public String Identify(String file, String protocol)
  43   {
  44     String emessage = "UNIDENTIFIED FILE PARSING ERROR";
  45     FileParse parser = null;
  46     try
  47     {
  48       parser = new FileParse(file, protocol);
  49       if (parser.isValid())
  50       {
  51         return Identify(parser);
  52       }
  53     } catch (Exception e)
  54     {
  55       System.err.println("Error whilst identifying");
  56       e.printStackTrace(System.err);
  57       emessage = e.getMessage();
  58     }
  59     if (parser != null)
  60       return parser.errormessage;
  61     return emessage;
  62   }
  63
  64   public String Identify(FileParse source)
  65   {
  66     return Identify(source, true); // preserves original behaviour prior to
  67     // version 2.3
  68   }
  69
  70   /**
  71    * Identify contents of source, closing it or resetting source to start
  72    * afterwards.
  73    *
  74    * @param source
  75    * @param closeSource
  76    * @return filetype string
  77    */
  78   public String Identify(FileParse source, boolean closeSource)
  79   {
  80     String reply = "PFAM";
  81     String data;
  82     int length = 0;
  83     boolean lineswereskipped = false;
  84     boolean isBinary = false; // true if length is non-zero and non-printable
  85     // characters are encountered
  86     try
  87     {
  88       if (!closeSource)
  89       {
  90         source.mark();
  91       }
  92       while ((data = source.nextLine()) != null)
  93       {
  94         length += data.length();
  95         if (!lineswereskipped)
  96         {
  97           for (int i = 0; !isBinary && i < data.length(); i++)
  98           {
  99             char c = data.charAt(i);
 100             isBinary = (c < 32 && c != '\t' && c != '\n' && c != '\r'
 101                     && c != 5 && c != 27); // nominal binary character filter
 102             // excluding CR, LF, tab,DEL and ^E
 103             // for certain blast ids
 104           }
 105         }
 106         if (isBinary)
 107         {
 108           // jar files are special - since they contain all sorts of random
 109           // characters.
 110           if (source.inFile != null)
 111           {
 112             String fileStr = source.inFile.getName();
 113             // possibly a Jalview archive.
 114             if (fileStr.lastIndexOf(".jar") > -1
 115                     || fileStr.lastIndexOf(".zip") > -1)
 116             {
 117               reply = "Jalview";
 118             }
 119           }
 120           if (!lineswereskipped && data.startsWith("PK"))
 121           {
 122             reply = "Jalview"; // archive.
 123             break;
 124           }
 125         }
 126         data = data.toUpperCase();
 127
 128         if ((data.indexOf("# STOCKHOLM") > -1))
 129         {
 130           reply = "STH";
 131
 132           break;
 133         }
 134
 135         if ((data.indexOf("<") > -1))
 136         {
 137           reply = "RNAML";
 138
 139           break;
 140         }
 141
 142         if ((data.length() < 1) || (data.indexOf("#") == 0))
 143         {
 144           lineswereskipped = true;
 145           continue;
 146         }
 147
 148         if (data.indexOf("PILEUP") > -1)
 149         {
 150           reply = "PileUp";
 151
 152           break;
 153         }
 154
 155         if ((data.indexOf("//") == 0)
 156                 || ((data.indexOf("!!") > -1) && (data.indexOf("!!") < data
 157                         .indexOf("_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))
 158         {
 159           reply = "MSF";
 160
 161           break;
 162         }
 163         else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1)
 164         {
 165           reply = "CLUSTAL";
 166
 167           break;
 168         }
 169
 170
 171         else if (data.indexOf(">") > -1)
 172         {
 173           // FASTA, PIR file or BLC file
 174           boolean checkPIR = false, starterm = false;
 175           if ((data.indexOf(">P1;") > -1) || (data.indexOf(">DL;") > -1))
 176           {
 177             // watch for PIR file attributes
 178             checkPIR = true;
 179             reply = "PIR";
 180           }
 181           // could also be BLC file, read next line to confirm
 182           data = source.nextLine();
 183
 184           if (data.indexOf(">") > -1)
 185           {
 186             reply = "BLC";
 187           }
 188           else
 189           {
 190             // Is this a single line BLC file?
 191             String data1 = source.nextLine();
 192             String data2 = source.nextLine();
 193             if (checkPIR)
 194             {
 195               starterm = (data1 != null && data1.indexOf("*") > -1)
 196                       || (data2 != null && data2.indexOf("*") > -1);
 197             }
 198             if (data2 != null && data.indexOf("*") > -1)
 199             {
 200               if (data.indexOf("*") == data2.indexOf("*"))
 201               {
 202                 reply = "BLC";
 203               }
 204               // otherwise can still possibly be a PIR file
 205             }
 206             else
 207             {
 208               reply = "FASTA";
 209               // TODO : AMSA File is indicated if there is annotation in the
 210               // FASTA file - but FASTA will automatically generate this at the
 211               // mo.
 212               if (!checkPIR)
 213               {
 214                 break;
 215               }
 216             }
 217           }
 218           // final check for PIR content. require
 219           // >P1;title\n<blah>\nterminated sequence to occur at least once.
 220
 221           // TODO the PIR/fasta ambiguity may be the use case that is needed to
 222           // have
 223           // a 'Parse as type XXX' parameter for the applet/application.
 224           if (checkPIR)
 225           {
 226             String dta = null;
 227             if (!starterm)
 228             {
 229               do
 230               {
 231                 try
 232                 {
 233                   dta = source.nextLine();
 234                 } catch (IOException ex)
 235                 {
 236                 }
 237                 ;
 238                 if (dta != null && dta.indexOf("*") > -1)
 239                 {
 240                   starterm = true;
 241                 }
 242               } while (dta != null && !starterm);
 243             }
 244             if (starterm)
 245             {
 246               reply = "PIR";
 247               break;
 248             }
 249             else
 250             {
 251               reply = "FASTA"; // probably a bad choice!
 252             }
 253           }
 254           // read as a FASTA (probably)
 255           break;
 256         }
 257         else if (data.indexOf("HEADER") == 0 || data.indexOf("ATOM") == 0)
 258         {
 259           reply = "PDB";
 260           break;
 261         }
 262         /*
 263          * // TODO comment out SimpleBLAST identification for Jalview 2.4.1 else
 264          * if (!lineswereskipped && data.indexOf("BLAST")<4) { reply =
 265          * "SimpleBLAST"; break;
 266          *
 267          * } // end comments for Jalview 2.4.1
 268          */
 269         else if (!lineswereskipped && data.charAt(0) != '*'
 270                 && data.charAt(0) != ' '
 271                 && data.indexOf(":") < data.indexOf(",")) // &&
 272         // data.indexOf(",")<data.indexOf(",",
 273         // data.indexOf(",")))
 274         {
 275           // file looks like a concise JNet file
 276           reply = "JnetFile";
 277           break;
 278         }
 279
 280         lineswereskipped = true; // this means there was some junk before any
 281         // key file signature
 282       }
 283       if (closeSource)
 284       {
 285         source.close();
 286       }
 287       else
 288       {
 289         source.reset(); // so the file can be parsed from the beginning again.
 290       }
 291     } catch (Exception ex)
 292     {
 293       System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);
 294       return source.errormessage;
 295     }
 296     if (length == 0)
 297     {
 298       System.err
 299               .println("File Identification failed! - Empty file was read.");
 300       return "EMPTY DATA FILE";
 301     }
 302     return reply;
 303   }
 304
 305   public static void main(String[] args)
 306   {
 307
 308     for (int i = 0; args != null && i < args.length; i++)
 309     {
 310       IdentifyFile ider = new IdentifyFile();
 311       String type = ider.Identify(args[i], AppletFormatAdapter.FILE);
 312       System.out.println("Type of " + args[i] + " is " + type);
 313     }
 314     if (args == null || args.length == 0)
 315     {
 316       System.err.println("Usage: <Filename> [<Filename> ...]");
 317     }
 318   }
 319 }