src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 public class IdentifyFile\r
  26 {\r
  27   public static String Identify(String file, String protocol)\r
  28   {\r
  29     String reply = "PFAM";\r
  30     try{\r
  31 \r
  32       BufferedReader reader = null;\r
  33 \r
  34       if(protocol.equals("File"))\r
  35         reader = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
  36 \r
  37       else if (protocol.equals("URL"))\r
  38       {\r
  39         reply = "URL NOT FOUND";\r
  40         URL url = new URL(file);\r
  41         reader = new BufferedReader(new InputStreamReader( url.openStream() ) );\r
  42         reply = "error";\r
  43       }\r
  44       else if( protocol.equals("Paste"))\r
  45         reader = new BufferedReader( new StringReader(file) );\r
  46 \r
  47 \r
  48       String data;\r
  49       while( (data=reader.readLine())!=null)\r
  50       {\r
  51         data = data.toUpperCase();\r
  52         if(data.indexOf("#")==0 || data.length()<1)\r
  53           continue;\r
  54 \r
  55         if(data.indexOf("PILEUP")>-1)\r
  56         {\r
  57           reply = "PileUp";\r
  58           break;\r
  59         }\r
  60         if((data.indexOf("//")==0)\r
  61            || ((data.indexOf("!!")>-1)\r
  62            && (data.indexOf("!!")<data.indexOf("_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))\r
  63         {\r
  64           reply = "MSF";\r
  65           break;\r
  66         }\r
  67         else if(data.indexOf("CLUSTAL")>-1)\r
  68         {\r
  69           reply = "CLUSTAL";\r
  70           break;\r
  71         }\r
  72         else if(data.indexOf(">P1;")>-1 || data.indexOf(">DL;")>-1)\r
  73         {\r
  74           reply = "PIR";\r
  75           break;\r
  76         }\r
  77         else if(data.indexOf(">")>-1)\r
  78         {\r
  79           // could be BLC file, read next line to confirm\r
  80           data = reader.readLine();\r
  81           if(data.indexOf(">")>-1)\r
  82             reply = "BLC";\r
  83           else\r
  84             reply = "FASTA";\r
  85 \r
  86             break;\r
  87         }\r
  88       }\r
  89       reader.close();\r
  90     }\r
  91     catch(Exception ex){\r
  92       System.err.println("File Identification failed!\n"+ex);}\r
  93 \r
  94     return reply;\r
  95   }\r
  96 \r
  97 \r
  98 }\r