src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /**
   2  * PredFile.java
   3  * JalviewX / Vamsas Project
   4  * JPred.seq.concise reader
   5  */
   6 package jalview.io;
   7
   8 import jalview.datamodel.*;
   9 import jalview.util.*;
  10
  11 import java.io.*;
  12 import java.util.*;
  13
  14 public class JPredFile
  15     extends AlignFile
  16 {
  17   Vector ids;
  18   Vector conf;
  19   Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors
  20
  21   public JPredFile(String inStr)
  22   {
  23     super(inStr);
  24   }
  25
  26   public void initData()
  27   {
  28
  29     super.initData();
  30     Scores = new Hashtable();
  31   }
  32
  33   public JPredFile(String inFile, String type)
  34       throws IOException
  35   {
  36
  37     super(inFile, type);
  38   }
  39
  40   /**
  41    * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
  42    */
  43
  44   public void parse()
  45       throws IOException
  46   {
  47
  48     String line;
  49
  50     noSeqs = 0;
  51     Vector seq_entries = new Vector();
  52     Vector ids = new Vector();
  53
  54     while ( (line = nextLine()) != null)
  55     {
  56       // Concise format allows no comments or non comma-formatted data
  57       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");
  58       String id = "";
  59       String seq = "";
  60       if (str.hasMoreTokens())
  61       {
  62         id = str.nextToken();
  63         String seqsym = str.nextToken();
  64         StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");
  65         // decide if we have more than just alphanumeric symbols
  66         int numSymbols = symbols.countTokens();
  67         if (seq.length() != (2 * numSymbols))
  68         {
  69           // Set of scalars for some property
  70           if (Scores.containsKey(id))
  71           {
  72             int i = 1;
  73             while (Scores.containsKey(id + "_" + i))
  74             {
  75               i++;
  76             }
  77             id = id + "_" + i;
  78           }
  79           Vector scores = new Vector(numSymbols);
  80           // Typecheck from first entry
  81           int i = 0;
  82           String ascore = symbols.nextToken();
  83           try
  84           {
  85             // store elements as floats...
  86             do
  87             {
  88               Float score = new Float(ascore);
  89               scores.set(i, (Object) score);
  90               ascore = symbols.nextToken();
  91             }
  92             while (++i < numSymbols);
  93           }
  94           catch (Exception e)
  95           {
  96             // or just keep them as strings
  97             for (int j = 0; j < i; j++)
  98             {
  99               scores.set(j,
 100                          (Object)
 101                          ( (Float) scores.get(j)).toString());
 102             }
 103             do
 104             {
 105               scores.set(i, ascore);
 106               ascore = symbols.nextToken();
 107             }
 108             while (++i < numSymbols);
 109           }
 110           Scores.put(id, scores);
 111         }
 112         else
 113         {
 114           if (id.equals("jnetconf"))
 115           {
 116             id = "Prediction Confidence";
 117             this.conf = new Vector(numSymbols);
 118             for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 119             {
 120               conf.set(i, (Object) symbols.nextToken());
 121             }
 122           }
 123           else
 124           {
 125             // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)
 126
 127             StringBuffer newseq = new StringBuffer();
 128             for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 129             {
 130               newseq.append(symbols.nextToken());
 131             }
 132             if (id.indexOf(";") > -1)
 133             {
 134               seq_entries.addElement(newseq);
 135               ids.addElement(id.substring(id.indexOf(";")));
 136               noSeqs++;
 137             }
 138             else
 139             {
 140               if (id.equals("JNETPRED"))
 141               {
 142                 id = "Predicted Secondary Structure";
 143               }
 144               seq_entries.addElement(newseq);
 145               ids.addElement(id);
 146             }
 147           }
 148         }
 149
 150       }
 151     }
 152
 153     if (noSeqs < 1)
 154     {
 155       throw new IOException("JpredFile Parser: No sequence in the prediction!");
 156     }
 157     maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();
 158     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 159     {
 160       // Add all sequence like objects
 161
 162       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),
 163                                      seq_entries.elementAt(i).toString(), 1,
 164                                      seq_entries.elementAt(i).toString().length());
 165       if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))
 166       {
 167         throw new IOException("JPredConcise: Not a valid protein sequence - ("
 168                               + ids.elementAt(i).toString() + ")");
 169       }
 170
 171       if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length())
 172       {
 173         throw new IOException("JPredConcise: Entry (" +
 174                               ids.elementAt(i).toString()
 175                               + ") has an unexpected number of columns");
 176       }
 177       seqs.addElement(newSeq);
 178
 179     }
 180   }
 181
 182   /**
 183    * print
 184    *
 185    * @return String
 186    */
 187
 188   public String print()
 189   {
 190     return "Not Supported";
 191   }
 192 }
 193 /*
 194 StringBuffer out = new StringBuffer();
 195
 196 out.append("START PRED\n");
 197 for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 198 {
 199   out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 200   out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 201   out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 202   out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 203   out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 204   out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 205
 206   out.append("\n");
 207 }
 208 out.append("END PRED\n");
 209 return out.toString();
 210 }
 211
 212     public static void main(String[] args)
 213 {
 214   try
 215   {
 216     BLCFile blc = new BLCFile(args[0], "File");
 217     DrawableSequence[] s = new DrawableSequence[blc.seqs.size()];
 218     for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 219     {
 220       s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i));
 221     }
 222     String out = BLCFile.print(s);
 223
 224     AlignFrame af = new AlignFrame(null, s);
 225     af.resize(700, 500);
 226     af.show();
 227     System.out.println(out);
 228   }
 229   catch (java.io.IOException e)
 230   {
 231     System.out.println("Exception " + e);
 232   }
 233 }
 234
 235 }
 236 */