src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 /**
  22  * PredFile.java
  23  * JalviewX / Vamsas Project
  24  * JPred.seq.concise reader
  25  */
  26 package jalview.io;
  27
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33
  34 import java.io.IOException;
  35 import java.util.Hashtable;
  36 import java.util.StringTokenizer;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 /**
  40  * Parser for the JPred/JNet concise format. This is a series of CSV lines, each
  41  * line is either a sequence (QUERY), a sequence profile (align;), or jnet
  42  * prediction annotation (anything else). Automagic translation happens for
  43  * annotation called 'JNETPRED' (translated to Secondary Structure Prediction),
  44  * or 'JNETCONF' (translates to 'Prediction Confidence'). Numeric scores are
  45  * differentiated from symbolic by being parseable into a float vector. They are
  46  * put in Scores. Symscores gets the others. JNetAnnotationMaker translates the
  47  * data parsed by this object into annotation on an alignment. It is
  48  * automatically called but can be used to transfer the annotation onto a
  49  * sequence in another alignment (and insert gaps where necessary)
  50  *
  51  * @author jprocter
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class JPredFile extends AlignFile
  55 {
  56   Vector ids;
  57
  58   Vector conf;
  59
  60   Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors
  61
  62   Hashtable Symscores; // indexes of symbol annotation properties in sequenceI
  63
  64   // vector
  65
  66   private int QuerySeqPosition;
  67
  68   /**
  69    * Creates a new JPredFile object.
  70    *
  71    * @param inFile
  72    *          DOCUMENT ME!
  73    * @param sourceType
  74    *          DOCUMENT ME!
  75    *
  76    * @throws IOException
  77    *           DOCUMENT ME!
  78    */
  79   public JPredFile(String inFile, DataSourceType sourceType)
  80           throws IOException
  81   {
  82     super(inFile, sourceType);
  83   }
  84
  85   public JPredFile(FileParse source) throws IOException
  86   {
  87     super(source);
  88   }
  89
  90   /**
  91    * DOCUMENT ME!
  92    *
  93    * @param QuerySeqPosition
  94    *          DOCUMENT ME!
  95    */
  96   public void setQuerySeqPosition(int QuerySeqPosition)
  97   {
  98     this.QuerySeqPosition = QuerySeqPosition;
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @return DOCUMENT ME!
 105    */
 106   public int getQuerySeqPosition()
 107   {
 108     return QuerySeqPosition;
 109   }
 110
 111   /**
 112    * DOCUMENT ME!
 113    *
 114    * @return DOCUMENT ME!
 115    */
 116   public Hashtable getScores()
 117   {
 118     return Scores;
 119   }
 120
 121   /**
 122    * DOCUMENT ME!
 123    *
 124    * @return DOCUMENT ME!
 125    */
 126   public Hashtable getSymscores()
 127   {
 128     return Symscores;
 129   }
 130
 131   /**
 132    * DOCUMENT ME!
 133    */
 134   @Override
 135   public void initData()
 136   {
 137     super.initData();
 138     Scores = new Hashtable();
 139     ids = null;
 140     conf = null;
 141   }
 142
 143   /**
 144    * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
 145    */
 146   @Override
 147   public void parse() throws IOException
 148   {
 149     // JBPNote log.System.out.println("all read in ");
 150     String line;
 151     QuerySeqPosition = -1;
 152     noSeqs = 0;
 153
 154     Vector seq_entries = new Vector();
 155     Vector ids = new Vector();
 156     Hashtable Symscores = new Hashtable();
 157
 158     while ((line = nextLine()) != null)
 159     {
 160       // Concise format allows no comments or non comma-formatted data
 161       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");
 162       String id = "";
 163
 164       if (!str.hasMoreTokens())
 165       {
 166         continue;
 167       }
 168
 169       id = str.nextToken();
 170
 171       String seqsym = str.nextToken();
 172       StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");
 173
 174       // decide if we have more than just alphanumeric symbols
 175       int numSymbols = symbols.countTokens();
 176
 177       if (numSymbols == 0)
 178       {
 179         continue;
 180       }
 181
 182       if (seqsym.length() != (2 * numSymbols))
 183       {
 184         // Set of scalars for some property
 185         if (Scores.containsKey(id))
 186         {
 187           int i = 1;
 188
 189           while (Scores.containsKey(id + "_" + i))
 190           {
 191             i++;
 192           }
 193
 194           id = id + "_" + i;
 195         }
 196
 197         Vector scores = new Vector();
 198
 199         // Typecheck from first entry
 200         int i = 0;
 201         String ascore = "dead";
 202
 203         try
 204         {
 205           // store elements as floats...
 206           while (symbols.hasMoreTokens())
 207           {
 208             ascore = symbols.nextToken();
 209
 210             Float score = new Float(ascore);
 211             scores.addElement(score);
 212           }
 213
 214           Scores.put(id, scores);
 215         } catch (Exception e)
 216         {
 217           // or just keep them as strings
 218           i = scores.size();
 219
 220           for (int j = 0; j < i; j++)
 221           {
 222             scores.setElementAt(
 223                     ((Float) scores.elementAt(j)).toString(), j);
 224           }
 225
 226           scores.addElement(ascore);
 227
 228           while (symbols.hasMoreTokens())
 229           {
 230             ascore = symbols.nextToken();
 231             scores.addElement(ascore);
 232           }
 233
 234           Scores.put(id, scores);
 235         }
 236       }
 237       else if (id.equals("jnetconf"))
 238       {
 239         // log.debug System.out.println("here");
 240         id = "Prediction Confidence";
 241         this.conf = new Vector(numSymbols);
 242
 243         for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 244         {
 245           conf.setElementAt(symbols.nextToken(), i);
 246         }
 247       }
 248       else
 249       {
 250         // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)
 251         StringBuffer newseq = new StringBuffer();
 252
 253         for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 254         {
 255           newseq.append(symbols.nextToken());
 256         }
 257
 258         if (id.indexOf(";") > -1)
 259         {
 260           seq_entries.addElement(newseq);
 261
 262           int i = 1;
 263           String name = id.substring(id.indexOf(";") + 1);
 264
 265           while (ids.lastIndexOf(name) > -1)
 266           {
 267             name = id.substring(id.indexOf(";") + 1) + "_" + ++i;
 268           }
 269
 270           if (QuerySeqPosition == -1)
 271           {
 272             QuerySeqPosition = ids.size();
 273           }
 274           ids.addElement(name);
 275           noSeqs++;
 276         }
 277         else
 278         {
 279           if (id.equals("JNETPRED"))
 280           {
 281             id = "Predicted Secondary Structure";
 282           }
 283
 284           seq_entries.addElement(newseq.toString());
 285           ids.addElement(id);
 286           Symscores.put(id, new Integer(ids.size() - 1));
 287         }
 288       }
 289     }
 290     /*
 291      * leave it to the parser user to actually check this. if (noSeqs < 1) {
 292      * throw new IOException( "JpredFile Parser: No sequence in the
 293      * prediction!"); }
 294      */
 295
 296     maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();
 297
 298     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 299     {
 300       // Add all sequence like objects
 301       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),
 302               seq_entries.elementAt(i).toString(), 1, seq_entries
 303                       .elementAt(i).toString().length());
 304
 305       if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length())
 306       {
 307         throw new IOException(
 308                 MessageManager
 309                         .formatMessage(
 310                                 "exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns",
 311                                 new String[] { ids.elementAt(i).toString() }));
 312       }
 313
 314       if ((newSeq.getName().startsWith("QUERY") || newSeq.getName()
 315               .startsWith("align;")) && (QuerySeqPosition == -1))
 316       {
 317         QuerySeqPosition = seqs.size();
 318       }
 319
 320       seqs.addElement(newSeq);
 321     }
 322     if (seqs.size() > 0 && QuerySeqPosition > -1)
 323     {
 324       // try to make annotation for a prediction only input (default if no
 325       // alignment is given and prediction contains a QUERY or align;sequence_id
 326       // line)
 327       Alignment tal = new Alignment(this.getSeqsAsArray());
 328       try
 329       {
 330         JnetAnnotationMaker.add_annotation(this, tal, QuerySeqPosition,
 331                 true);
 332       } catch (Exception e)
 333       {
 334         tal = null;
 335         IOException ex = new IOException(
 336                 MessageManager
 337                         .formatMessage(
 338                                 "exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction",
 339                                 new String[] { e.getMessage() }));
 340         e.printStackTrace(); // java 1.1 does not have :
 341                              // ex.setStackTrace(e.getStackTrace());
 342         throw ex;
 343       }
 344       this.annotations = new Vector();
 345       AlignmentAnnotation[] aan = tal.getAlignmentAnnotation();
 346       for (int aai = 0; aan != null && aai < aan.length; aai++)
 347       {
 348         annotations.addElement(aan[aai]);
 349       }
 350     }
 351   }
 352
 353   /**
 354    * print
 355    *
 356    * @return String
 357    */
 358   @Override
 359   public String print(SequenceI[] sqs, boolean jvsuffix)
 360   {
 361     return "Not Supported";
 362   }
 363
 364   /**
 365    * DOCUMENT ME!
 366    *
 367    * @param args
 368    *          DOCUMENT ME!
 369    */
 370   public static void main(String[] args)
 371   {
 372     try
 373     {
 374       JPredFile jpred = new JPredFile(args[0], DataSourceType.FILE);
 375
 376       for (int i = 0; i < jpred.seqs.size(); i++)
 377       {
 378         System.out.println(((Sequence) jpred.seqs.elementAt(i)).getName()
 379                 + "\n"
 380                 + ((Sequence) jpred.seqs.elementAt(i)).getSequenceAsString()
 381                 + "\n");
 382       }
 383     } catch (java.io.IOException e)
 384     {
 385       System.err.println("Exception " + e);
 386       // e.printStackTrace(); not java 1.1 compatible!
 387     }
 388   }
 389
 390   Vector annotSeqs = null;
 391
 392   /**
 393    * removeNonSequences
 394    */
 395   public void removeNonSequences()
 396   {
 397     if (annotSeqs != null)
 398     {
 399       return;
 400     }
 401     annotSeqs = new Vector();
 402     Vector newseqs = new Vector();
 403     int i = 0;
 404     int j = seqs.size();
 405     for (; i < QuerySeqPosition; i++)
 406     {
 407       annotSeqs.addElement(seqs.elementAt(i));
 408     }
 409     // check that no stray annotations have been added at the end.
 410     {
 411       SequenceI sq = seqs.elementAt(j - 1);
 412       if (sq.getName().toUpperCase().startsWith("JPRED"))
 413       {
 414         annotSeqs.addElement(sq);
 415         seqs.removeElementAt(--j);
 416       }
 417     }
 418     for (; i < j; i++)
 419     {
 420       newseqs.addElement(seqs.elementAt(i));
 421     }
 422
 423     seqs.removeAllElements();
 424     seqs = newseqs;
 425   }
 426 }
 427
 428 /*
 429  * StringBuffer out = new StringBuffer();
 430  *
 431  * out.append("START PRED\n"); for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 432  * { out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 433  * out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 434  * out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 435  * out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 436  * out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 437  * out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 438  *
 439  * out.append("\n"); } out.append("END PRED\n"); return out.toString(); }
 440  *
 441  * public static void main(String[] args) { try { BLCFile blc = new
 442  * BLCFile(args[0], "File"); DrawableSequence[] s = new
 443  * DrawableSequence[blc.seqs.size()]; for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 444  * { s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)); } String
 445  * out = BLCFile.print(s);
 446  *
 447  * AlignFrame af = new AlignFrame(null, s); af.resize(700, 500); af.show();
 448  * System.out.println(out); } catch (java.io.IOException e) {
 449  * System.out.println("Exception " + e); } } }
 450  */