src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /**
   2  * PredFile.java
   3  * JalviewX / Vamsas Project
   4  * JPred.seq.concise reader
   5  */
   6 package jalview.io;
   7
   8 import jalview.datamodel.*;
   9 import jalview.util.*;
  10
  11 import java.io.*;
  12 import java.util.*;
  13
  14 public class JPredFile
  15     extends AlignFile
  16 {
  17   Vector ids;
  18   Vector conf;
  19   Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors
  20   Hashtable Symscores; // indexes of symbol annotation properties in sequenceI vector
  21   public JPredFile(String inStr)
  22   {
  23     super(inStr);
  24   }
  25
  26   public void initData()
  27   {
  28
  29     super.initData();
  30     Scores = new Hashtable();
  31   }
  32
  33   public JPredFile(String inFile, String type)
  34       throws IOException
  35   {
  36
  37     super(inFile, type);
  38   }
  39
  40   /**
  41    * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
  42    */
  43
  44   public void parse()
  45       throws IOException
  46   {
  47 System.out.println("all read in ");
  48     String line;
  49
  50     noSeqs = 0;
  51     Vector seq_entries = new Vector();
  52     Vector ids = new Vector();
  53     Hashtable Symscores = new Hashtable();
  54     while ( (line = nextLine()) != null)
  55     {
  56       // Concise format allows no comments or non comma-formatted data
  57       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");
  58       String id = "";
  59       if (!str.hasMoreTokens())
  60       {
  61         continue;
  62       }
  63
  64       id = str.nextToken();
  65       String seqsym = str.nextToken();
  66       StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");
  67       // decide if we have more than just alphanumeric symbols
  68       int numSymbols = symbols.countTokens();
  69
  70       if (numSymbols==0) {
  71         continue;
  72       }
  73
  74       if (seqsym.length() != (2 * numSymbols))
  75       {
  76         // Set of scalars for some property
  77         if (Scores.containsKey(id))
  78         {
  79           int i = 1;
  80           while (Scores.containsKey(id + "_" + i))
  81           {
  82             i++;
  83           }
  84           id = id + "_" + i;
  85         }
  86         Vector scores = new Vector();
  87         // Typecheck from first entry
  88         int i = 0;
  89         String ascore="dead";
  90         try
  91         {
  92           // store elements as floats...
  93           while (symbols.hasMoreTokens()) {
  94             ascore = symbols.nextToken();
  95             Float score = new Float(ascore);
  96             scores.addElement( (Object) score);
  97           }
  98           Scores.put(id, scores);
  99         }
 100         catch (Exception e)
 101         {
 102           // or just keep them as strings
 103           i = scores.size();
 104           for (int j = 0; j < i; j++)
 105           {
 106             scores.set(j,
 107                        (Object) ( (Float) scores.get(j)).toString());
 108           }
 109           scores.addElement((Object) ascore);
 110           while (symbols.hasMoreTokens()) {
 111             {
 112               ascore = symbols.nextToken();
 113               scores.addElement( (Object) ascore);
 114             }
 115           }
 116           Scores.put(id, scores);
 117         }
 118       }
 119       else if (id.equals("jnetconf"))
 120       {
 121         System.out.println("here");
 122         id = "Prediction Confidence";
 123         this.conf = new Vector(numSymbols);
 124         for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 125         {
 126           conf.set(i, (Object) symbols.nextToken());
 127         }
 128       }
 129       else
 130         {
 131           // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)
 132
 133           StringBuffer newseq = new StringBuffer();
 134
 135           for (int i = 0; i < numSymbols; i++) {
 136             newseq.append(symbols.nextToken());
 137           }
 138
 139           if (id.indexOf(";") > -1) {
 140             seq_entries.addElement(newseq);
 141             int i=1;
 142             String name = id.substring(id.indexOf(";")+1);
 143             while (ids.lastIndexOf(name)>-1) {
 144               name = id.substring(id.indexOf(";")+1)+"_"+1;
 145             }
 146             ids.addElement(name);
 147             noSeqs++;
 148           }
 149           else
 150           {
 151             if (id.equals("JNETPRED")) {
 152               id = "Predicted Secondary Structure";
 153             }
 154             seq_entries.addElement( newseq.toString() );
 155             ids.addElement(id);
 156             Symscores.put((Object) id, (Object) new Integer(ids.size()-1));
 157           }
 158       }
 159     }
 160
 161
 162     if (noSeqs < 1)
 163     {
 164       throw new IOException(
 165       "JpredFile Parser: No sequence in the prediction!");
 166     }
 167     maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();
 168     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 169     {
 170       // Add all sequence like objects
 171
 172       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),
 173                                      seq_entries.elementAt(i).toString(), 1,
 174                                      seq_entries.elementAt(i).toString().
 175                                      length());
 176       if (!Symscores.containsKey(ids.elementAt(i))
 177           && !isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))
 178       {
 179         throw new IOException(
 180       "JPredConcise: Not a valid protein sequence - ("
 181       + ids.elementAt(i).toString() + ")");
 182       }
 183
 184       if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length())
 185       {
 186         throw new IOException("JPredConcise: Entry (" +
 187                               ids.elementAt(i).toString()
 188                               + ") has an unexpected number of columns");
 189       }
 190       seqs.addElement(newSeq);
 191
 192     }
 193   }
 194
 195   /**
 196    * print
 197    *
 198    * @return String
 199      */
 200
 201     public String print()
 202     {
 203       return "Not Supported";
 204     }
 205
 206     public static void main(String[] args)
 207     {
 208       try
 209       {
 210         JPredFile blc = new JPredFile(args[0], "File");
 211         for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 212         {
 213           System.out.println( ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getName()
 214                              + "\n" +
 215                              ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getSequence()
 216                              + "\n");
 217         }
 218       }
 219       catch (java.io.IOException e)
 220       {
 221         System.out.println("Exception " + e);
 222         e.printStackTrace();
 223       }
 224     }
 225   }
 226
 227   /*
 228    StringBuffer out = new StringBuffer();
 229
 230    out.append("START PRED\n");
 231    for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 232    {
 233     out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 234     out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 235     out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 236     out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 237     out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 238     out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 239
 240     out.append("\n");
 241    }
 242    out.append("END PRED\n");
 243    return out.toString();
 244    }
 245
 246       public static void main(String[] args)
 247    {
 248     try
 249     {
 250       BLCFile blc = new BLCFile(args[0], "File");
 251       DrawableSequence[] s = new DrawableSequence[blc.seqs.size()];
 252       for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 253       {
 254         s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i));
 255       }
 256       String out = BLCFile.print(s);
 257
 258       AlignFrame af = new AlignFrame(null, s);
 259       af.resize(700, 500);
 260       af.show();
 261       System.out.println(out);
 262     }
 263     catch (java.io.IOException e)
 264     {
 265       System.out.println("Exception " + e);
 266     }
 267    }
 268
 269    }
 270    */