src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /**
   2  * PredFile.java
   3  * JalviewX / Vamsas Project
   4  * JPred.seq.concise reader
   5  */
   6 package jalview.io;
   7
   8 import jalview.datamodel.*;
   9 import jalview.util.*;
  10
  11 import java.io.*;
  12 import java.util.*;
  13
  14 public class JPredFile
  15     extends AlignFile
  16 {
  17   Vector ids;
  18   Vector conf;
  19   Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors
  20   Hashtable Symscores; // indexes of symbol annotation properties in sequenceI vector
  21   public JPredFile(String inStr)
  22   {
  23     super(inStr);
  24   }
  25
  26   public void initData()
  27   {
  28
  29     super.initData();
  30     Scores = new Hashtable();
  31   }
  32
  33   public JPredFile(String inFile, String type)
  34       throws IOException
  35   {
  36
  37     super(inFile, type);
  38   }
  39
  40   /**
  41    * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
  42    */
  43
  44   public void parse()
  45       throws IOException
  46   {
  47
  48     String line;
  49
  50     noSeqs = 0;
  51     Vector seq_entries = new Vector();
  52     Vector ids = new Vector();
  53     Hashtable Symscores = new Hashtable();
  54     while ( (line = nextLine()) != null)
  55     {
  56       // Concise format allows no comments or non comma-formatted data
  57       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");
  58       String id = "";
  59       String seq = "";
  60       if (!str.hasMoreTokens())
  61       {
  62         continue;
  63       }
  64
  65       id = str.nextToken();
  66       String seqsym = str.nextToken();
  67       StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");
  68       // decide if we have more than just alphanumeric symbols
  69       int numSymbols = symbols.countTokens();
  70
  71       if (numSymbols==0) {
  72         continue;
  73       }
  74
  75       if (seqsym.length() != (2 * numSymbols))
  76       {
  77         // Set of scalars for some property
  78         if (Scores.containsKey(id))
  79         {
  80           int i = 1;
  81           while (Scores.containsKey(id + "_" + i))
  82           {
  83             i++;
  84           }
  85           id = id + "_" + i;
  86         }
  87         Vector scores = new Vector();
  88         // Typecheck from first entry
  89         int i = 0;
  90         String ascore="dead";
  91         try
  92         {
  93           // store elements as floats...
  94           while (symbols.hasMoreTokens()) {
  95             ascore = symbols.nextToken();
  96             Float score = new Float(ascore);
  97             scores.addElement( (Object) score);
  98           }
  99         }
 100         catch (Exception e)
 101         {
 102           // or just keep them as strings
 103           i = scores.size();
 104           for (int j = 0; j < i; j++)
 105           {
 106             scores.set(j,
 107                        (Object) ( (Float) scores.get(j)).toString());
 108           }
 109           scores.addElement((Object) ascore);
 110           while (symbols.hasMoreTokens()) {
 111             {
 112               ascore = symbols.nextToken();
 113               scores.addElement( (Object) ascore);
 114             }
 115           }
 116           Scores.put(id, scores);
 117         }
 118       } else
 119       if (id.equals("jnetconf"))
 120       {
 121         id = "Prediction Confidence";
 122         this.conf = new Vector(numSymbols);
 123         for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 124         {
 125           conf.set(i, (Object) symbols.nextToken());
 126         }
 127       }
 128       else
 129         {
 130           // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)
 131
 132           StringBuffer newseq = new StringBuffer();
 133
 134           for (int i = 0; i < numSymbols; i++) {
 135             newseq.append(symbols.nextToken());
 136           }
 137
 138           if (id.indexOf(";") > -1) {
 139             seq_entries.addElement(newseq);
 140             int i=1;
 141             String name = id.substring(id.indexOf(";")+1);
 142             while (ids.lastIndexOf(name)>-1) {
 143               name = id.substring(id.indexOf(";")+1)+"_"+1;
 144             }
 145             ids.addElement(name);
 146             noSeqs++;
 147           }
 148           else
 149           {
 150             if (id.equals("JNETPRED")) {
 151               id = "Predicted Secondary Structure";
 152             }
 153             seq_entries.addElement( newseq.toString() );
 154             ids.addElement(id);
 155             Symscores.put((Object) id, (Object) new Integer(ids.size()-1));
 156           }
 157       }
 158     }
 159
 160
 161     if (noSeqs < 1)
 162     {
 163       throw new IOException(
 164       "JpredFile Parser: No sequence in the prediction!");
 165     }
 166     maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();
 167     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 168     {
 169       // Add all sequence like objects
 170
 171       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),
 172                                      seq_entries.elementAt(i).toString(), 1,
 173                                      seq_entries.elementAt(i).toString().
 174                                      length());
 175       if (!Symscores.containsKey(ids.elementAt(i))
 176           && !isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))
 177       {
 178         throw new IOException(
 179       "JPredConcise: Not a valid protein sequence - ("
 180       + ids.elementAt(i).toString() + ")");
 181       }
 182
 183       if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length())
 184       {
 185         throw new IOException("JPredConcise: Entry (" +
 186                               ids.elementAt(i).toString()
 187                               + ") has an unexpected number of columns");
 188       }
 189       seqs.addElement(newSeq);
 190
 191     }
 192   }
 193
 194   /**
 195    * print
 196    *
 197    * @return String
 198      */
 199
 200     public String print()
 201     {
 202       return "Not Supported";
 203     }
 204
 205     public static void main(String[] args)
 206     {
 207       try
 208       {
 209         JPredFile blc = new JPredFile(args[0], "File");
 210         for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 211         {
 212           System.out.println( ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getName()
 213                              + "\n" +
 214                              ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getSequence()
 215                              + "\n");
 216         }
 217       }
 218       catch (java.io.IOException e)
 219       {
 220         System.out.println("Exception " + e);
 221         e.printStackTrace();
 222       }
 223     }
 224   }
 225
 226   /*
 227    StringBuffer out = new StringBuffer();
 228
 229    out.append("START PRED\n");
 230    for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 231    {
 232     out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 233     out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 234     out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 235     out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 236     out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 237     out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 238
 239     out.append("\n");
 240    }
 241    out.append("END PRED\n");
 242    return out.toString();
 243    }
 244
 245       public static void main(String[] args)
 246    {
 247     try
 248     {
 249       BLCFile blc = new BLCFile(args[0], "File");
 250       DrawableSequence[] s = new DrawableSequence[blc.seqs.size()];
 251       for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 252       {
 253         s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i));
 254       }
 255       String out = BLCFile.print(s);
 256
 257       AlignFrame af = new AlignFrame(null, s);
 258       af.resize(700, 500);
 259       af.show();
 260       System.out.println(out);
 261     }
 262     catch (java.io.IOException e)
 263     {
 264       System.out.println("Exception " + e);
 265     }
 266    }
 267
 268    }
 269    */