src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 //////////////////////////////////////////////////////////////////
  22 package jalview.io;
  23
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.util.Platform;
  29 import jalview.util.dialogrunner.DialogRunner;
  30 import jalview.util.dialogrunner.DialogRunnerI;
  31 import jalview.util.dialogrunner.RunResponse;
  32
  33 import java.awt.Component;
  34 import java.awt.Dimension;
  35 import java.awt.EventQueue;
  36 import java.awt.HeadlessException;
  37 import java.awt.event.MouseAdapter;
  38 import java.awt.event.MouseEvent;
  39 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  40 import java.beans.PropertyChangeListener;
  41 import java.io.File;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.List;
  44 import java.util.StringTokenizer;
  45 import java.util.Vector;
  46
  47 import javax.swing.DefaultListCellRenderer;
  48 import javax.swing.JFileChooser;
  49 import javax.swing.JList;
  50 import javax.swing.JPanel;
  51 import javax.swing.JScrollPane;
  52 import javax.swing.SpringLayout;
  53 import javax.swing.plaf.basic.BasicFileChooserUI;
  54
  55 /**
  56  * Enhanced file chooser dialog box.
  57  *
  58  * NOTE: bug on Windows systems when filechooser opened on directory to view
  59  * files with colons in title.
  60  *
  61  * @author AMW
  62  *
  63  */
  64 public class JalviewFileChooser extends JFileChooser implements DialogRunnerI,
  65     PropertyChangeListener
  66 {
  67   private static final long serialVersionUID = 1L;
  68
  69   private DialogRunnerI runner = new DialogRunner();
  70
  71   File selectedFile = null;
  72
  73   /**
  74    * Factory method to return a file chooser that offers readable alignment file
  75    * formats
  76    *
  77    * @param directory
  78    * @param selected
  79    * @return
  80    */
  81   public static JalviewFileChooser forRead(String directory,
  82           String selected)
  83   {
  84     List<String> extensions = new ArrayList<>();
  85     List<String> descs = new ArrayList<>();
  86     for (FileFormatI format : FileFormats.getInstance().getFormats())
  87     {
  88       if (format.isReadable())
  89       {
  90         extensions.add(format.getExtensions());
  91         descs.add(format.getName());
  92       }
  93     }
  94     return new JalviewFileChooser(directory,
  95             extensions.toArray(new String[extensions.size()]),
  96             descs.toArray(new String[descs.size()]), selected, true);
  97   }
  98
  99   /**
 100    * Factory method to return a file chooser that offers writable alignment file
 101    * formats
 102    *
 103    * @param directory
 104    * @param selected
 105    * @return
 106    */
 107   public static JalviewFileChooser forWrite(String directory,
 108           String selected)
 109   {
 110     // TODO in Java 8, forRead and forWrite can be a single method
 111     // with a lambda expression parameter for isReadable/isWritable
 112     List<String> extensions = new ArrayList<>();
 113     List<String> descs = new ArrayList<>();
 114     for (FileFormatI format : FileFormats.getInstance().getFormats())
 115     {
 116       if (format.isWritable())
 117       {
 118         extensions.add(format.getExtensions());
 119         descs.add(format.getName());
 120       }
 121     }
 122     return new JalviewFileChooser(directory,
 123             extensions.toArray(new String[extensions.size()]),
 124             descs.toArray(new String[descs.size()]), selected, false);
 125   }
 126
 127   public JalviewFileChooser(String dir)
 128   {
 129     super(safePath(dir));
 130     setAccessory(new RecentlyOpened());
 131   }
 132
 133   public JalviewFileChooser(String dir, String[] suffix, String[] desc,
 134           String selected)
 135   {
 136     this(dir, suffix, desc, selected, true);
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Constructor for a single choice of file extension and description
 141    *
 142    * @param extension
 143    * @param desc
 144    */
 145   public JalviewFileChooser(String extension, String desc)
 146   {
 147     this(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] { extension },
 148             new String[]
 149             { desc }, desc, true);
 150   }
 151
 152   JalviewFileChooser(String dir, String[] extensions, String[] descs,
 153           String selected, boolean acceptAny)
 154   {
 155     super(safePath(dir));
 156     if (extensions.length == descs.length)
 157     {
 158       List<String[]> formats = new ArrayList<>();
 159       for (int i = 0; i < extensions.length; i++)
 160       {
 161         formats.add(new String[] { extensions[i], descs[i] });
 162       }
 163       init(formats, selected, acceptAny);
 164     }
 165     else
 166     {
 167       System.err.println("JalviewFileChooser arguments mismatch: "
 168               + extensions + ", " + descs);
 169     }
 170   }
 171
 172   private static File safePath(String dir)
 173   {
 174     if (dir == null)
 175     {
 176       return null;
 177     }
 178
 179     File f = new File(dir);
 180     if (f.getName().indexOf(':') > -1)
 181     {
 182       return null;
 183     }
 184     return f;
 185   }
 186
 187   /**
 188    * Overridden for JalviewJS compatibility: only one thread in Javascript,
 189    * so we can't wait for user choice in another thread and then perform the
 190    * desired action
 191    */
 192   @Override
 193   public int showOpenDialog(Component parent)
 194   {
 195    // runner.resetResponses();
 196     int value = super.showOpenDialog(this);
 197     if (!Jalview.isJS())
 198     {
 199       runner.handleResponse(value);
 200     }
 201     return value;
 202   }
 203
 204   /**
 205    *
 206    * @param formats
 207    *          a list of {extensions, description} for each file format
 208    * @param selected
 209    * @param acceptAny
 210    *          if true, 'any format' option is included
 211    */
 212   void init(List<String[]> formats, String selected, boolean acceptAny)
 213   {
 214
 215     JalviewFileFilter chosen = null;
 216
 217     // SelectAllFilter needs to be set first before adding further
 218     // file filters to fix bug on Mac OSX
 219     setAcceptAllFileFilterUsed(acceptAny);
 220
 221     for (String[] format : formats)
 222     {
 223       JalviewFileFilter jvf = new JalviewFileFilter(format[0], format[1]);
 224       addChoosableFileFilter(jvf);
 225       if ((selected != null) && selected.equalsIgnoreCase(format[1]))
 226       {
 227         chosen = jvf;
 228       }
 229     }
 230
 231     if (chosen != null)
 232     {
 233       setFileFilter(chosen);
 234     }
 235
 236     setAccessory(new RecentlyOpened());
 237   }
 238
 239   @Override
 240   public void setFileFilter(javax.swing.filechooser.FileFilter filter)
 241   {
 242     super.setFileFilter(filter);
 243
 244     try
 245     {
 246       if (getUI() instanceof BasicFileChooserUI)
 247       {
 248         final BasicFileChooserUI fcui = (BasicFileChooserUI) getUI();
 249         final String name = fcui.getFileName().trim();
 250
 251         if ((name == null) || (name.length() == 0))
 252         {
 253           return;
 254         }
 255
 256         EventQueue.invokeLater(new Thread()
 257         {
 258           @Override
 259           public void run()
 260           {
 261             String currentName = fcui.getFileName();
 262             if ((currentName == null) || (currentName.length() == 0))
 263             {
 264               fcui.setFileName(name);
 265             }
 266           }
 267         });
 268       }
 269     } catch (Exception ex)
 270     {
 271       ex.printStackTrace();
 272       // Some platforms do not have BasicFileChooserUI
 273     }
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Returns the selected file format, or null if none selected
 278    *
 279    * @return
 280    */
 281   public FileFormatI getSelectedFormat()
 282   {
 283     if (getFileFilter() == null)
 284     {
 285       return null;
 286     }
 287
 288     /*
 289      * logic here depends on option description being formatted as
 290      * formatName (extension, extension...)
 291      * or the 'no option selected' value
 292      * All Files
 293      * @see JalviewFileFilter.getDescription
 294      */
 295     String format = getFileFilter().getDescription();
 296     int parenPos = format.indexOf("(");
 297     if (parenPos > 0)
 298     {
 299       format = format.substring(0, parenPos).trim();
 300       try
 301       {
 302         return FileFormats.getInstance().forName(format);
 303       } catch (IllegalArgumentException e)
 304       {
 305         System.err.println("Unexpected format: " + format);
 306       }
 307     }
 308     return null;
 309   }
 310
 311   @Override
 312   public File getSelectedFile()
 313   {
 314     File f = super.getSelectedFile();
 315     return f == null ? selectedFile : f;
 316   }
 317
 318   @Override
 319   public int showSaveDialog(Component parent) throws HeadlessException
 320   {
 321     this.setAccessory(null);
 322     // Java 9,10,11 on OSX - clear selected file so name isn't auto populated
 323     this.setSelectedFile(null);
 324
 325     return super.showSaveDialog(parent);
 326   }
 327
 328   /**
 329    * If doing a Save, and an existing file is chosen or entered, prompt for
 330    * confirmation of overwrite. Proceed if Yes, else leave the file chooser
 331    * open.
 332    *
 333    * @see https://stackoverflow.com/questions/8581215/jfilechooser-and-checking-for-overwrite
 334    */
 335   @Override
 336   public void approveSelection()
 337   {
 338     if (getDialogType() != SAVE_DIALOG)
 339     {
 340       super.approveSelection();
 341       return;
 342     }
 343
 344     selectedFile = getSelectedFile();
 345
 346     if (selectedFile == null)
 347     {
 348       // Workaround for Java 9,10 on OSX - no selected file, but there is a
 349       // filename typed in
 350       try
 351       {
 352         String filename = ((BasicFileChooserUI) getUI()).getFileName();
 353         if (filename != null && filename.length() > 0)
 354         {
 355           selectedFile = new File(getCurrentDirectory(), filename);
 356         }
 357       } catch (Throwable x)
 358       {
 359         System.err.println(
 360                 "Unexpected exception when trying to get filename.");
 361         x.printStackTrace();
 362       }
 363       // TODO: ENSURE THAT FILES SAVED WITH A ':' IN THE NAME ARE REFUSED AND
 364       // THE
 365       // USER PROMPTED FOR A NEW FILENAME
 366     }
 367
 368     if (selectedFile == null)
 369     {
 370       return;
 371     }
 372
 373     if (getFileFilter() instanceof JalviewFileFilter)
 374     {
 375       JalviewFileFilter jvf = (JalviewFileFilter) getFileFilter();
 376
 377       if (!jvf.accept(selectedFile))
 378       {
 379         String withExtension = getSelectedFile().getName() + "."
 380                 + jvf.getAcceptableExtension();
 381         selectedFile = (new File(getCurrentDirectory(), withExtension));
 382         setSelectedFile(selectedFile);
 383       }
 384     }
 385
 386     if (selectedFile.exists())
 387     {
 388       int confirm = JvOptionPane.showConfirmDialog(this,
 389               MessageManager.getString("label.overwrite_existing_file"),
 390               MessageManager.getString("label.file_already_exists"),
 391               JvOptionPane.YES_NO_OPTION);
 392       if (confirm != JvOptionPane.YES_OPTION)
 393       {
 394         return;
 395       }
 396     }
 397
 398     super.approveSelection();
 399   }
 400
 401   void recentListSelectionChanged(Object selection)
 402   {
 403     setSelectedFile(null);
 404     if (selection != null)
 405     {
 406       File file = new File((String) selection);
 407       if (getFileFilter() instanceof JalviewFileFilter)
 408       {
 409         JalviewFileFilter jvf = (JalviewFileFilter) this.getFileFilter();
 410
 411         if (!jvf.accept(file))
 412         {
 413           setFileFilter(getChoosableFileFilters()[0]);
 414         }
 415       }
 416
 417       setSelectedFile(file);
 418     }
 419   }
 420
 421   class RecentlyOpened extends JPanel
 422   {
 423     private static final long serialVersionUID = 1L;
 424     JList<String> list;
 425
 426     RecentlyOpened()
 427     {
 428       setPreferredSize(new Dimension(300,100));
 429       String historyItems = Cache.getProperty("RECENT_FILE");
 430       StringTokenizer st;
 431       Vector<String> recent = new Vector<>();
 432
 433       if (historyItems != null)
 434       {
 435         st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 436
 437         while (st.hasMoreTokens())
 438         {
 439           recent.addElement(st.nextToken());
 440         }
 441       }
 442
 443       list = new JList<>(recent);
 444
 445       DefaultListCellRenderer dlcr = new DefaultListCellRenderer();
 446 //      dlcr.setHorizontalAlignment(DefaultListCellRenderer.RIGHT);
 447       list.setCellRenderer(dlcr);
 448
 449       list.addMouseListener(new MouseAdapter()
 450       {
 451         @Override
 452         public void mousePressed(MouseEvent evt)
 453         {
 454           recentListSelectionChanged(list.getSelectedValue());
 455         }
 456       });
 457
 458       this.setBorder(new javax.swing.border.TitledBorder(
 459               MessageManager.getString("label.recently_opened")));
 460
 461       final JScrollPane scroller = new JScrollPane(list);
 462
 463       SpringLayout layout = new SpringLayout();
 464       layout.putConstraint(SpringLayout.WEST, scroller, 5,
 465               SpringLayout.WEST, this);
 466       layout.putConstraint(SpringLayout.NORTH, scroller, 5,
 467               SpringLayout.NORTH, this);
 468
 469       if (Platform.isAMac())
 470       {
 471         scroller.setPreferredSize(new Dimension(500, 100));
 472       }
 473       else
 474       {
 475         scroller.setPreferredSize(new Dimension(530, 200));
 476       }
 477
 478       this.add(scroller);
 479
 480       javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 481       {
 482         @Override
 483         public void run()
 484         {
 485           scroller.getHorizontalScrollBar()
 486                   .setValue(scroller.getHorizontalScrollBar().getMaximum());
 487         }
 488       });
 489
 490     }
 491
 492   }
 493
 494   @Override
 495   public DialogRunnerI addResponse(Object response, RunResponse action)
 496   {
 497     return runner.addResponse(response, action);
 498   }
 499
 500   /**
 501    * JalviewJS signals file selection by a property change event
 502    * for property "SelectedFile".  This methods responds to that by
 503    * running the response action for 'OK' in the dialog.
 504    *
 505    * @param evt
 506    */
 507   @Override
 508   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 509   {
 510     // TODO other properties need runners...
 511     switch (evt.getPropertyName())
 512     {
 513     case "SelectedFile":
 514       runner.handleResponse(APPROVE_OPTION);
 515       break;
 516     }
 517   }
 518 }