src/jalview/io/JalviewFileView.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.*;
  24 import java.util.*;
  25
  26 import javax.swing.*;
  27 import javax.swing.filechooser.*;
  28
  29 public class JalviewFileView extends FileView
  30 {
  31   static Hashtable alignSuffix = new Hashtable();
  32
  33   static
  34   {
  35     // TODO: these names should come from the FormatAdapter lists for readable/writable extensions
  36     alignSuffix.put("amsa", "AMSA file");
  37     alignSuffix.put("fasta", "Fasta file");
  38     alignSuffix.put("fa", "Fasta file");
  39     alignSuffix.put("fastq", "Fasta file");
  40     alignSuffix.put("mfa", "Fasta file");
  41     alignSuffix.put("blc", "BLC file");
  42     alignSuffix.put("msf", "MSF file");
  43     alignSuffix.put("pfam", "PFAM file");
  44     alignSuffix.put("aln", "Clustal file");
  45     alignSuffix.put("pir", "PIR file");
  46     alignSuffix.put("jar", "Jalview Project file (old)");
  47     alignSuffix.put("jvp", "Jalview Project file");
  48     alignSuffix.put("amsa", "AMSA file");
  49     alignSuffix.put("sto", "Stockholm File");
  50     alignSuffix.put("stk", "Stockholm File");
  51     alignSuffix.put("sto", "Stockholm File");
  52   }
  53
  54   public String getTypeDescription(File f)
  55   {
  56     String extension = getExtension(f);
  57     String type = null;
  58
  59     if (extension != null)
  60     {
  61       if (alignSuffix.containsKey(extension))
  62       {
  63         type = alignSuffix.get(extension).toString();
  64       }
  65     }
  66
  67     return type;
  68   }
  69
  70   public Icon getIcon(File f)
  71   {
  72     String extension = getExtension(f);
  73     Icon icon = null;
  74
  75     if (extension != null)
  76     {
  77       if (alignSuffix.containsKey(extension))
  78       {
  79         icon = createImageIcon("/images/file.png");
  80       }
  81     }
  82
  83     return icon;
  84   }
  85
  86   /*
  87    * Get the extension of a file.
  88    */
  89   public static String getExtension(File f)
  90   {
  91     String ext = null;
  92     String s = f.getName();
  93     int i = s.lastIndexOf('.');
  94
  95     if ((i > 0) && (i < (s.length() - 1)))
  96     {
  97       ext = s.substring(i + 1).toLowerCase();
  98     }
  99
 100     return ext;
 101   }
 102
 103   /** Returns an ImageIcon, or null if the path was invalid. */
 104   protected static ImageIcon createImageIcon(String path)
 105   {
 106     java.net.URL imgURL = JalviewFileView.class.getResource(path);
 107
 108     if (imgURL != null)
 109     {
 110       return new ImageIcon(imgURL);
 111     }
 112     else
 113     {
 114       System.err
 115               .println("JalviewFileView.createImageIcon: Couldn't find file: "
 116                       + path);
 117
 118       return null;
 119     }
 120   }
 121 }