src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 import jalview.datamodel.*;
  21
  22 public class JnetAnnotationMaker
  23 {
  24   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,
  25           int firstSeq, boolean noMsa) throws Exception
  26   {
  27     JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al, firstSeq, noMsa,
  28             (int[]) null);
  29   }
  30
  31   /**
  32    * adds the annotation parsed by prediction to al.
  33    *
  34    * @param prediction
  35    *          JPredFile
  36    * @param al
  37    *          AlignmentI
  38    * @param firstSeq
  39    *          int the index of the sequence to attach the annotation to (usually
  40    *          zero)
  41    * @param noMsa
  42    *          boolean
  43    * @param delMap
  44    *          mapping from columns in JPredFile prediction to residue number in
  45    *          al.getSequence(firstSeq)
  46    */
  47   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,
  48           int firstSeq, boolean noMsa, int[] delMap) throws Exception
  49   {
  50     int i = 0;
  51     SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();
  52     // in the future we could search for the query
  53     // sequence in the alignment before calling this function.
  54     SequenceI seqRef = al.getSequenceAt(firstSeq);
  55     int width = preds[0].getSequence().length;
  56     int[] gapmap = al.getSequenceAt(firstSeq).gapMap();
  57     if ((delMap != null && delMap.length > width)
  58             || (delMap == null && gapmap.length != width))
  59     {
  60       throw (new Exception("Number of residues in "
  61               + (delMap == null ? "" : " mapped ")
  62               + "supposed query sequence ('"
  63               + al.getSequenceAt(firstSeq).getName() + "'\n"
  64               + al.getSequenceAt(firstSeq).getSequenceAsString()
  65               + ")\ndiffer from number of prediction sites in prediction ("
  66               + width + ")"));
  67     }
  68
  69     AlignmentAnnotation annot;
  70     Annotation[] annotations = null;
  71
  72     int existingAnnotations = 0;
  73     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  74     {
  75       existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;
  76     }
  77
  78     while (i < preds.length)
  79     {
  80       String id = preds[i].getName().toUpperCase();
  81
  82       if (id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET")
  83               || id.startsWith("JPRED"))
  84       {
  85         annotations = new Annotation[al.getWidth()];
  86         /*
  87          * if (delMap!=null) { for (int j=0; j<annotations.length; j++)
  88          * annotations[j] = new Annotation("","",'',0); }
  89          */
  90         if (id.equals("JNETPRED") || id.equals("JNETPSSM")
  91                 || id.equals("JNETFREQ") || id.equals("JNETHMM")
  92                 || id.equals("JNETALIGN") || id.equals("JPRED"))
  93         {
  94           if (delMap == null)
  95           {
  96             for (int j = 0; j < width; j++)
  97             {
  98               annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "",
  99                       preds[i].getCharAt(j), 0);
 100             }
 101           }
 102           else
 103           {
 104             for (int j = 0; j < width; j++)
 105             {
 106               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation("", "",
 107                       preds[i].getCharAt(j), 0);
 108             }
 109           }
 110         }
 111         else if (id.equals("JNETCONF"))
 112         {
 113           if (delMap == null)
 114           {
 115             for (int j = 0; j < width; j++)
 116             {
 117               float value = new Float(preds[i].getCharAt(j) + "")
 118                       .floatValue();
 119               annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(j)
 120                       + "", "", preds[i].getCharAt(j), value);
 121             }
 122           }
 123           else
 124           {
 125             for (int j = 0; j < width; j++)
 126             {
 127               float value = new Float(preds[i].getCharAt(j) + "")
 128                       .floatValue();
 129               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(
 130                       preds[i].getCharAt(j) + "", "",
 131                       preds[i].getCharAt(j), value);
 132             }
 133           }
 134         }
 135         else
 136         {
 137           if (delMap == null)
 138           {
 139             for (int j = 0; j < width; j++)
 140             {
 141               annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(j)
 142                       + "", "", ' ', 0);
 143             }
 144           }
 145           else
 146           {
 147             for (int j = 0; j < width; j++)
 148             {
 149               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(
 150                       preds[i].getCharAt(j) + "", "", ' ', 0);
 151             }
 152           }
 153         }
 154
 155         if (id.equals("JNETCONF"))
 156         {
 157           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 158                   "JNet Output", annotations, 0f, 10f,
 159                   AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
 160         }
 161         else
 162         {
 163           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 164                   "JNet Output", annotations);
 165         }
 166
 167         if (seqRef != null)
 168         {
 169           annot.createSequenceMapping(seqRef, 1, true);
 170           seqRef.addAlignmentAnnotation(annot);
 171         }
 172
 173         al.addAnnotation(annot);
 174         al.setAnnotationIndex(annot, al.getAlignmentAnnotation().length
 175                 - existingAnnotations - 1);
 176
 177         if (noMsa)
 178         {
 179           al.deleteSequence(preds[i]);
 180         }
 181       }
 182
 183       i++;
 184     }
 185
 186     // Hashtable scores = prediction.getScores();
 187
 188     /*
 189      * addFloatAnnotations(al, gapmap, (Vector)scores.get("JNETPROPH"),
 190      * "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);
 191      *
 192      * addFloatAnnotations(al, gapmap, (Vector)scores.get("JNETPROPB"),
 193      * "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);
 194      *
 195      * addFloatAnnotations(al, gapmap, (Vector)scores.get("JNETPROPC"),
 196      * "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);
 197      */
 198
 199   }
 200 }