src/jalview/io/MatrixFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 /**
  21  * IO for asymmetric matrix with arbitrary dimension with labels, as displayed
  22  * by PCA viewer. Form is: tab separated entity defs header line TITLE\ttitle
  23  * DESC\tdesc PROPERTY\t<id or empty for whole matrix>\tname\ttype\tvalue
  24  * ROW\tRow i label (ID)/tPrinciple text/tprinciple description/t...
  25  * COLUMN\t(similar, optional).. .. <float>\t<float>...(column-wise data for row
  26  * i)
  27  */
  28
  29 public class MatrixFile extends FileParse
  30 {
  31
  32 }