src/jalview/io/ModellerDescription.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class ModellerDescription
  24 {
  25   /**
  26    * Translates between a String containing a set of colon-separated values on a
  27    * single line, and sequence start/end and other properties. See PIRFile IO
  28    * for its use.
  29    */
  30   final String[] seqTypes =
  31   { "sequence", "structure", "structureX", "structureN" };
  32
  33   final String[] Fields =
  34   { "objectType", "objectId", "startField", "startCode", "endField",
  35       "endCode", "description1", "description2", "resolutionField",
  36       "tailField" };
  37
  38   final int TYPE = 0;
  39
  40   final int LOCALID = 1;
  41
  42   final int START = 2;
  43
  44   final int START_CHAIN = 3;
  45
  46   final int END = 4;
  47
  48   final int END_CHAIN = 5;
  49
  50   final int DESCRIPTION1 = 6;
  51
  52   final int DESCRIPTION2 = 7;
  53
  54   final int RESOLUTION = 8;
  55
  56   final int TAIL = 9;
  57
  58   /**
  59    * 0 is free text or empty 1 is something that parses to an integer, or \@
  60    */
  61   final int Types[] =
  62   { 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 };
  63
  64   final char Padding[] =
  65   { ' ', ' ', ' ', '.', ' ', '.', '.', '.', '.', '.' };
  66
  67   java.util.Hashtable fields = new java.util.Hashtable();
  68
  69   ModellerDescription()
  70   {
  71     fields.put(Fields[TAIL], "");
  72   }
  73
  74   class resCode
  75   {
  76     Integer val;
  77
  78     String field;
  79
  80     resCode(String f, Integer v)
  81     {
  82       val = v;
  83       field = f;
  84     }
  85
  86     resCode(int v)
  87     {
  88       val = new Integer(v);
  89       field = val.toString();
  90     }
  91   };
  92
  93   private resCode validResidueCode(String field)
  94   {
  95     Integer val = null;
  96     com.stevesoft.pat.Regex r = new com.stevesoft.pat.Regex(
  97             "\\s*((([-0-9]+).?)|FIRST|LAST|@)");
  98
  99     if (!r.search(field))
 100     {
 101       return null; // invalid
 102     }
 103     String value = r.stringMatched(3);
 104     if (value == null)
 105     {
 106       value = r.stringMatched(1);
 107     }
 108     // jalview.bin.Cache.log.debug("from '" + field + "' matched '" + value +
 109     // "'");
 110     try
 111     {
 112       val = Integer.valueOf(value);
 113       return new resCode(field, val); // successful numeric extraction
 114     } catch (Exception e)
 115     {
 116     }
 117     return new resCode(field, null);
 118   }
 119
 120   private java.util.Hashtable parseDescription(String desc)
 121   {
 122     java.util.Hashtable fields = new java.util.Hashtable();
 123     java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(desc, ":",
 124             true);
 125
 126     String field;
 127     int type = -1;
 128     if (st.countTokens() > 0)
 129     {
 130       // parse colon-fields
 131       int i = 0;
 132       field = st.nextToken(":");
 133       do
 134       {
 135         if (seqTypes[i].equalsIgnoreCase(field))
 136         {
 137           break;
 138         }
 139       } while (++i < seqTypes.length);
 140
 141       if (i < seqTypes.length)
 142       {
 143         st.nextToken(); // skip ':'
 144         // valid seqType for modeller
 145         type = i;
 146         i = 1; // continue parsing fields
 147         while (i < TAIL && st.hasMoreTokens())
 148         {
 149           if ((field = st.nextToken(":")) != null)
 150           {
 151             if (!field.equals(":"))
 152             {
 153               // validate residue field value
 154               if (Types[i] == 1)
 155               {
 156                 resCode val = validResidueCode(field);
 157                 if (val != null)
 158                 {
 159                   fields.put(new String(Fields[i] + "num"), val);
 160                 }
 161                 else
 162                 {
 163                   // jalview.bin.Cache.log.debug(
 164                   // "Ignoring non-Modeller description: invalid integer-like
 165                   // field '" + field + "'");
 166                   type = -1; /* invalid field! - throw the FieldSet away */
 167                 }
 168                 ;
 169               }
 170               fields.put(Fields[i++], field);
 171               if (st.hasMoreTokens())
 172               {
 173                 st.nextToken(); // skip token sep.
 174               }
 175             }
 176             else
 177             {
 178               i++;
 179             }
 180           }
 181         }
 182         if (i == TAIL)
 183         {
 184           // slurp remaining fields
 185           while (st.hasMoreTokens())
 186           {
 187             String tl = st.nextToken(":");
 188             field += tl.equals(":") ? tl : (":" + tl);
 189           }
 190           fields.put(Fields[TAIL], field);
 191         }
 192       }
 193     }
 194     if (type == -1)
 195     {
 196       // object is not a proper ModellerPIR object
 197       fields = new java.util.Hashtable();
 198       fields.put(Fields[TAIL], new String(desc));
 199     }
 200     else
 201     {
 202       fields.put(Fields[TYPE], seqTypes[type]);
 203     }
 204     return fields;
 205   }
 206
 207   ModellerDescription(String desc)
 208   {
 209     if (desc == null)
 210     {
 211       desc = "";
 212     }
 213     fields = parseDescription(desc);
 214   }
 215
 216   void setStartCode(int v)
 217   {
 218     resCode r;
 219     fields.put(Fields[START] + "num", r = new resCode(v));
 220     fields.put(Fields[START], r.field);
 221   }
 222
 223   void setEndCode(int v)
 224   {
 225     resCode r;
 226     fields.put(Fields[END] + "num", r = new resCode(v));
 227     fields.put(Fields[END], r.field);
 228   }
 229
 230   /**
 231    * make a possibly updated modeller field line for the sequence object
 232    *
 233    * @param seq
 234    *          SequenceI
 235    */
 236   ModellerDescription(SequenceI seq)
 237   {
 238
 239     if (seq.getDescription() != null)
 240     {
 241       fields = parseDescription(seq.getDescription());
 242     }
 243
 244     if (isModellerFieldset())
 245     {
 246       // Set start and end before we update the type (in the case of a
 247       // synthesized field set)
 248       if (getStartCode() == null
 249               || (getStartNum() != seq.getStart() && getStartCode().val != null))
 250       {
 251         // unset or user updated sequence start position
 252         setStartCode(seq.getStart());
 253       }
 254
 255       if (getEndCode() == null
 256               || (getEndNum() != seq.getEnd() && getStartCode() != null && getStartCode().val != null))
 257       {
 258         setEndCode(seq.getEnd());
 259       }
 260     }
 261     else
 262     {
 263       // synthesize fields
 264       setStartCode(seq.getStart());
 265       setEndCode(seq.getEnd());
 266       fields.put(Fields[LOCALID], seq.getName()); // this may be overwritten
 267       // below...
 268       // type - decide based on evidence of PDB database references - this also
 269       // sets the local reference field
 270       int t = 0; // sequence
 271       if (seq.getDatasetSequence() != null
 272               && seq.getDatasetSequence().getDBRef() != null)
 273       {
 274         jalview.datamodel.DBRefEntry[] dbr = seq.getDatasetSequence()
 275                 .getDBRef();
 276         int i, j;
 277         for (i = 0, j = dbr.length; i < j; i++)
 278         {
 279           if (dbr[i] != null)
 280           {
 281             // JBPNote PDB dbRefEntry needs properties to propagate onto
 282             // ModellerField
 283             // JBPNote Need to get info from the user about whether the sequence
 284             // is the one being modelled, or if it is a template.
 285             if (dbr[i].getSource()
 286                     .equals(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB))
 287             {
 288               fields.put(Fields[LOCALID], dbr[i].getAccessionId());
 289               t = 2;
 290               break;
 291             }
 292           }
 293         }
 294       }
 295       fields.put(Fields[TYPE], seqTypes[t]);
 296     }
 297
 298   }
 299
 300   /**
 301    * Indicate if fields parsed to a modeller-like colon-separated value line
 302    *
 303    * @return boolean
 304    */
 305   boolean isModellerFieldset()
 306   {
 307     return (fields.containsKey(Fields[TYPE]));
 308   }
 309
 310   String getDescriptionLine()
 311   {
 312     String desc = "";
 313     int lastfield = Fields.length - 1;
 314
 315     if (isModellerFieldset())
 316     {
 317       String value;
 318       // try to write a minimal modeller field set, so..
 319
 320       // find the last valid field in the entry
 321
 322       for (; lastfield > 6; lastfield--)
 323       {
 324         if (fields.containsKey(Fields[lastfield]))
 325         {
 326           break;
 327         }
 328       }
 329
 330       for (int i = 0; i < lastfield; i++)
 331       {
 332         value = (String) fields.get(Fields[i]);
 333         if (value != null && value.length() > 0)
 334         {
 335           desc += ((String) fields.get(Fields[i])) + ":";
 336         }
 337         else
 338         {
 339           desc += Padding[i] + ":";
 340         }
 341       }
 342     }
 343     // just return the last field if no others were defined.
 344     if (fields.containsKey(Fields[lastfield]))
 345     {
 346       desc += (String) fields.get(Fields[lastfield]);
 347     }
 348     else
 349     {
 350       desc += ".";
 351     }
 352     return desc;
 353   }
 354
 355   int getStartNum()
 356   {
 357     int start = 0;
 358     resCode val = getStartCode();
 359     if (val != null && val.val != null)
 360     {
 361       return val.val.intValue();
 362     }
 363     return start;
 364   }
 365
 366   resCode getStartCode()
 367   {
 368     if (isModellerFieldset() && fields.containsKey(Fields[START] + "num"))
 369     {
 370       return (resCode) fields.get(Fields[START] + "num");
 371     }
 372     return null;
 373   }
 374
 375   resCode getEndCode()
 376   {
 377     if (isModellerFieldset() && fields.containsKey(Fields[END] + "num"))
 378     {
 379       return (resCode) fields.get(Fields[END] + "num");
 380     }
 381     return null;
 382   }
 383
 384   int getEndNum()
 385   {
 386     int end = 0;
 387     resCode val = getEndCode();
 388     if (val != null && val.val != null)
 389     {
 390       return val.val.intValue();
 391     }
 392     return end;
 393   }
 394
 395   /**
 396    * returns true if sequence object was modifed with a valid modellerField set
 397    *
 398    * @param newSeq
 399    *          SequenceI
 400    * @return boolean
 401    */
 402   boolean updateSequenceI(SequenceI newSeq)
 403   {
 404     if (isModellerFieldset())
 405     {
 406       resCode rc = getStartCode();
 407       if (rc != null && rc.val != null)
 408       {
 409         newSeq.setStart(getStartNum());
 410       }
 411       else
 412       {
 413         newSeq.setStart(1);
 414       }
 415       rc = getEndCode();
 416       if (rc != null && rc.val != null)
 417       {
 418         newSeq.setEnd(getEndNum());
 419       }
 420       else
 421       {
 422         newSeq.setEnd(newSeq.getStart() + newSeq.getLength());
 423       }
 424       return true;
 425     }
 426     return false;
 427   }
 428 }