src/jalview/io/PContactPredictionFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.ContactMatrix;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.HashMap;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 /**
  33  * A file parser for contact prediction files.
  34  *
  35  * An example file is the following
  36  *
  37  * <pre>
  38  *
  39  * </pre>
  40  *
  41  *
  42  * @author jim procter
  43  *
  44  */
  45 public class PContactPredictionFile extends AlignFile
  46 {
  47   protected static final String CONTACT_PREDICTION = "CONTACT_PREDICTION";
  48
  49   public PContactPredictionFile(String inFile, DataSourceType fileSourceType)
  50           throws IOException
  51   {
  52     super(inFile, fileSourceType);
  53
  54   }
  55
  56   public PContactPredictionFile(FileParse source) throws IOException
  57   {
  58     super(source);
  59   }
  60
  61   Integer fWidth;
  62
  63   List<ContactMatrix> models = new ArrayList<ContactMatrix>();
  64
  65   public List<ContactMatrix> getContactMatrices()
  66   {
  67     return models;
  68   }
  69
  70   /*
  71    * RaptorX pattern:
  72    * for a contact prediction
  73    * Target sequence
  74    * alignment for target sequence
  75    * contact matrix for sequence
  76    * models generated that fit matrix
  77    */
  78
  79   /*
  80    * TODO: create annotation rows from contact matrices.
  81    * (non-Javadoc)
  82    * @see jalview.io.AlignFile#parse()
  83    */
  84   @Override
  85   public void parse() throws IOException
  86   {
  87     String line;
  88     /*
  89      * stash any header lines if we've been given a CASP-RR file
  90      */
  91     Map<String, String> header = new HashMap<String, String>();
  92     ContactMatrix cm = null;
  93
  94     while ((line = nextLine()) != null)
  95     {
  96       int left, right;
  97       double strength = Float.NaN;
  98       String parts[] = line.split("\\s+");
  99
 100       // check for header tokens in parts[0]
 101
 102       // others - stash details
 103       // MODEL - start a new matrix
 104       // skip comments ?
 105
 106       if (parts.length == 3) // and all are integers
 107       {
 108
 109         if (cm == null)
 110         {
 111           cm = new ContactMatrix(true) {
 112             @Override
 113             public String getType()
 114             {
 115               return CONTACT_PREDICTION;
 116             }
 117           };
 118           models.add(cm);
 119         }
 120
 121         try
 122         {
 123           left = Integer.parseInt(parts[0]);
 124           right = Integer.parseInt(parts[1]);
 125           strength = Double.parseDouble(parts[2]);
 126         } catch (Exception x)
 127         {
 128           error = true;
 129           errormessage = "Couldn't process line: "
 130                   + x.getLocalizedMessage() + "\n" + line;
 131           return;
 132         }
 133         cm.addContact(left, right, (float) strength);
 134       }
 135     }
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public String print(SequenceI[] sqs, boolean jvsuffix)
 140   {
 141     // TODO Auto-generated method stub
 142     return "Not valid.";
 143   }
 144 }