src/jalview/io/PDBFeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.schemes.FeatureColour;
  25 import jalview.schemes.FeatureSettingsAdapter;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28
  29 import mc_view.PDBChain;
  30
  31 public class PDBFeatureSettings extends FeatureSettingsAdapter
  32 {
  33   // TODO find one central place to define feature names
  34   private static final String FEATURE_INSERTION = "INSERTION";
  35
  36   private static final String FEATURE_RES_NUM = PDBChain.RESNUM_FEATURE;
  37
  38   @Override
  39   public boolean isFeatureHidden(String type)
  40   {
  41     return type.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM);
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public FeatureColourI getFeatureColour(String type)
  46   {
  47     if (type.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
  48     {
  49       return new FeatureColour()
  50       {
  51
  52         @Override
  53         public Color getColour()
  54         {
  55           return Color.RED;
  56         }
  57       };
  58     }
  59     return null;
  60   }
  61
  62   /**
  63    * Order to render insertion after ResNum
  64    */
  65   @Override
  66   public int compare(String feature1, String feature2)
  67   {
  68     if (feature1.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
  69     {
  70       return +1;
  71     }
  72     if (feature2.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
  73     {
  74       return -1;
  75     }
  76     if (feature1.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM))
  77     {
  78       return +1;
  79     }
  80     if (feature2.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM))
  81     {
  82       return -1;
  83     }
  84     return 0;
  85   }
  86 }