src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class PIRFile extends AlignFile
  26 {
  27   public static boolean useModellerOutput = false;
  28
  29   Vector words = new Vector(); // Stores the words in a line after splitting
  30
  31   public PIRFile()
  32   {
  33   }
  34
  35   public PIRFile(String inFile, String type) throws IOException
  36   {
  37     super(inFile, type);
  38   }
  39
  40   public PIRFile(FileParse source) throws IOException
  41   {
  42     super(source);
  43   }
  44
  45   public void parse() throws IOException
  46   {
  47     StringBuffer sequence;
  48     String line = null;
  49     ModellerDescription md;
  50
  51     while ((line = nextLine()) != null)
  52     {
  53       if (line.length() == 0)
  54       {
  55         // System.out.println("blank line");
  56         continue;
  57       }
  58       if (line.indexOf("C;") == 0 || line.indexOf("#") == 0)
  59       {
  60         continue;
  61       }
  62       Sequence newSeq = parseId(line.substring(line.indexOf(";") + 1));
  63
  64       sequence = new StringBuffer();
  65
  66       newSeq.setDescription(nextLine()); // this is the title line
  67
  68       boolean starFound = false;
  69
  70       while (!starFound)
  71       {
  72         line = nextLine();
  73         sequence.append(line);
  74
  75         if (line == null)
  76         {
  77           break;
  78         }
  79
  80         if (line.indexOf("*") > -1)
  81         {
  82           starFound = true;
  83         }
  84       }
  85
  86       if (sequence.length() > 0)
  87       {
  88         sequence.setLength(sequence.length() - 1);
  89         newSeq.setSequence(sequence.toString());
  90
  91         seqs.addElement(newSeq);
  92
  93         md = new ModellerDescription(newSeq.getDescription());
  94         md.updateSequenceI(newSeq);
  95       }
  96     }
  97   }
  98
  99   public String print()
 100   {
 101     return print(getSeqsAsArray());
 102   }
 103
 104   public String print(SequenceI[] s)
 105   {
 106     boolean is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide(s);
 107     int len = 72;
 108     StringBuffer out = new StringBuffer();
 109     int i = 0;
 110     ModellerDescription md;
 111
 112     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 113     {
 114       String seq = s[i].getSequenceAsString();
 115       seq = seq + "*";
 116
 117       if (is_NA)
 118       {
 119         // modeller doesn't really do nucleotides, so we don't do anything fancy
 120         // Official tags area as follows, for now we'll use P1 and DL
 121         // Protein (complete) P1
 122         // Protein (fragment) F1
 123         // DNA (linear) Dl
 124         // DNA (circular) DC
 125         // RNA (linear) RL
 126         // RNA (circular) RC
 127         // tRNA N3
 128         // other functional RNA N1
 129
 130         out.append(">N1;" + s[i].getName());
 131         out.append(newline);
 132         if (s[i].getDescription() == null)
 133         {
 134           out.append(s[i].getName() + " "
 135                   + (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1));
 136           out.append(is_NA ? " bases" : " residues");
 137           out.append(newline);
 138         }
 139         else
 140         {
 141           out.append(s[i].getDescription());
 142           out.append(newline);
 143         }
 144       }
 145       else
 146       {
 147
 148         if (useModellerOutput)
 149         {
 150           out.append(">P1;" + s[i].getName());
 151           out.append(newline);
 152           md = new ModellerDescription(s[i]);
 153           out.append(md.getDescriptionLine());
 154           out.append(newline);
 155         }
 156         else
 157         {
 158           out.append(">P1;" + printId(s[i]));
 159           out.append(newline);
 160           if (s[i].getDescription() != null)
 161           {
 162             out.append(s[i].getDescription());
 163             out.append(newline);
 164           }
 165           else
 166           {
 167             out.append(s[i].getName() + " "
 168                     + (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1) + " residues");
 169             out.append(newline);
 170           }
 171         }
 172       }
 173       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;
 174
 175       for (int j = 0; j < nochunks; j++)
 176       {
 177         int start = j * len;
 178         int end = start + len;
 179
 180         if (end < seq.length())
 181         {
 182           out.append(seq.substring(start, end));
 183           out.append(newline);
 184         }
 185         else if (start < seq.length())
 186         {
 187           out.append(seq.substring(start));
 188           out.append(newline);
 189         }
 190       }
 191
 192       i++;
 193     }
 194
 195     return out.toString();
 196   }
 197
 198 }