src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class PIRFile\r
  27     extends AlignFile\r
  28 {\r
  29   Vector words = new Vector(); //Stores the words in a line after splitting\r
  30 \r
  31   public PIRFile()\r
  32   {\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public PIRFile(String inStr)\r
  36   {\r
  37     super(inStr);\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public PIRFile(String inFile, String type)\r
  41       throws IOException\r
  42   {\r
  43     super(inFile, type);\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public void parse() throws IOException\r
  47   {\r
  48       StringBuffer sequence;\r
  49       String line = null;\r
  50 \r
  51       while ( (line = nextLine()) != null)\r
  52       {\r
  53         if (line.length() == 0)\r
  54         {\r
  55           //System.out.println("blank line");\r
  56           continue;\r
  57         }\r
  58         if (line.indexOf("C;") == 0 || line.indexOf("#") == 0)\r
  59         {\r
  60           continue;\r
  61         }\r
  62         Sequence newSeq = parseId(line.substring(line.indexOf(";") + 1));\r
  63 \r
  64         sequence = new StringBuffer();\r
  65 \r
  66         newSeq.setDescription(nextLine()); // this is the title line\r
  67 \r
  68         boolean starFound = false;\r
  69 \r
  70         while(!starFound)\r
  71         {\r
  72           line = nextLine();\r
  73           sequence.append(line);\r
  74 \r
  75           if (line == null)\r
  76             break;\r
  77 \r
  78           if (line.indexOf("*") > -1)\r
  79           {\r
  80             starFound = true;\r
  81           }\r
  82         }\r
  83 \r
  84         if (sequence.length() > 0)\r
  85         {\r
  86           sequence.setLength(sequence.length() - 1);\r
  87           newSeq.setSequence(sequence.toString());\r
  88           if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
  89           {\r
  90             throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
  91                                   +" : "+ newSeq.getName()\r
  92                                   +" : "+invalidCharacter);\r
  93           }\r
  94 \r
  95           seqs.addElement(newSeq);\r
  96           ModellerDescription md = new ModellerDescription(newSeq.\r
  97               getDescription());\r
  98           md.updateSequenceI(newSeq);\r
  99         }\r
 100       }\r
 101   }\r
 102 \r
 103   public String print()\r
 104   {\r
 105     return print(getSeqsAsArray());\r
 106   }\r
 107 \r
 108   public String print(SequenceI[] s)\r
 109   {\r
 110     boolean is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide(s);\r
 111     int len = 72;\r
 112     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 113     int i = 0;\r
 114 \r
 115     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 116     {\r
 117       String seq = s[i].getSequence();\r
 118       seq = seq + "*";\r
 119 \r
 120       if (is_NA)\r
 121       {\r
 122         // modeller doesn't really do nucleotides, so we don't do anything fancy\r
 123         // Nucleotide sequence tags should have a >DL; prefix\r
 124         out.append(">N1;" + s[i].getName() + "\n"); // JBPNote Should change >P to >N\r
 125         if (s[i].getDescription() == null)\r
 126         {\r
 127           out.append(s[i].getName() + " " +\r
 128                      (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1));\r
 129           out.append(is_NA ? " bases\n" : " residues\n");\r
 130         }\r
 131         else\r
 132         {\r
 133           out.append(s[i].getDescription()+"\n");\r
 134         }\r
 135       }\r
 136       else\r
 137       {\r
 138         out.append(">P1;" + s[i].getName() + "\n");\r
 139         ModellerDescription md = new ModellerDescription(s[i]);\r
 140         out.append(md.getDescriptionLine() + "\n");\r
 141       }\r
 142       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 143 \r
 144       for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
 145       {\r
 146         int start = j * len;\r
 147         int end = start + len;\r
 148 \r
 149         if (end < seq.length())\r
 150         {\r
 151           out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 152         }\r
 153         else if (start < seq.length())\r
 154         {\r
 155           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 156         }\r
 157       }\r
 158 \r
 159       i++;\r
 160     }\r
 161 \r
 162     return out.toString();\r
 163   }\r
 164 \r
 165 }\r