src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class PIRFile\r
  28     extends AlignFile\r
  29 {\r
  30   Vector words = new Vector(); //Stores the words in a line after splitting\r
  31 \r
  32   public PIRFile()\r
  33   {\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public PIRFile(String inStr)\r
  37   {\r
  38     super(inStr);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public PIRFile(String inFile, String type)\r
  42       throws IOException\r
  43   {\r
  44     super(inFile, type);\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public void parse()\r
  48   {\r
  49     try\r
  50     {\r
  51       StringBuffer sequence;\r
  52       String line = null;\r
  53 \r
  54       while ( (line = nextLine()) != null)\r
  55       {\r
  56         if (line.length() == 0)\r
  57         {\r
  58           //System.out.println("blank line");\r
  59           continue;\r
  60         }\r
  61         if (line.indexOf("C;") == 0 || line.indexOf("#") == 0)\r
  62         {\r
  63           continue;\r
  64         }\r
  65         Sequence newSeq = parseId(line.substring(line.indexOf(";") + 1));\r
  66 \r
  67         sequence = new StringBuffer();\r
  68 \r
  69         newSeq.setDescription(nextLine()); // this is the title line\r
  70 \r
  71         boolean starFound = false;\r
  72 \r
  73         while(!starFound)\r
  74         {\r
  75           line = nextLine();\r
  76           sequence.append(line);\r
  77 \r
  78           if (line == null)\r
  79             break;\r
  80 \r
  81           if (line.indexOf("*") > -1)\r
  82           {\r
  83             starFound = true;\r
  84           }\r
  85         }\r
  86 \r
  87         if (sequence.length() > 0)\r
  88         {\r
  89           sequence.setLength(sequence.length() - 1);\r
  90           newSeq.setSequence(sequence.toString());\r
  91           seqs.addElement(newSeq);\r
  92           ModellerDescription md = new ModellerDescription(newSeq.\r
  93               getDescription());\r
  94           md.updateSequenceI(newSeq);\r
  95         }\r
  96       }\r
  97     }\r
  98     catch (Exception ex)\r
  99     {\r
 100       ex.printStackTrace();\r
 101     }\r
 102   }\r
 103 \r
 104   public String print()\r
 105   {\r
 106     return print(getSeqsAsArray());\r
 107   }\r
 108 \r
 109   public String print(SequenceI[] s)\r
 110   {\r
 111     boolean is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide(s);\r
 112     int len = 72;\r
 113     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 114     int i = 0;\r
 115 \r
 116     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 117     {\r
 118       String seq = s[i].getSequence();\r
 119       seq = seq + "*";\r
 120 \r
 121       if (is_NA)\r
 122       {\r
 123         // modeller doesn't really do nucleotides, so we don't do anything fancy\r
 124         // Nucleotide sequence tags should have a >DL; prefix\r
 125         out.append(">P1;" + s[i].getName() + "\n"); // JBPNote Should change >P to >N\r
 126         if (s[i].getDescription() == null)\r
 127         {\r
 128           out.append(s[i].getName() + " " +\r
 129                      (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1));\r
 130           out.append(is_NA ? " bases\n" : " residues\n");\r
 131         }\r
 132         else\r
 133         {\r
 134           out.append(s[i].getDescription()+"\n");\r
 135         }\r
 136       }\r
 137       else\r
 138       {\r
 139         out.append(">P1;" + s[i].getName() + "\n");\r
 140         ModellerDescription md = new ModellerDescription(s[i]);\r
 141         out.append(md.getDescriptionLine() + "\n");\r
 142       }\r
 143       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 144 \r
 145       for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
 146       {\r
 147         int start = j * len;\r
 148         int end = start + len;\r
 149 \r
 150         if (end < seq.length())\r
 151         {\r
 152           out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 153         }\r
 154         else if (start < seq.length())\r
 155         {\r
 156           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 157         }\r
 158       }\r
 159 \r
 160       i++;\r
 161     }\r
 162 \r
 163     return out.toString();\r
 164   }\r
 165 \r
 166 }\r