src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class PIRFile\r
  27     extends AlignFile\r
  28 {\r
  29   public static boolean useModellerOutput = false;\r
  30 \r
  31   Vector words = new Vector(); //Stores the words in a line after splitting\r
  32 \r
  33   public PIRFile()\r
  34   {\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public PIRFile(String inFile, String type)\r
  38       throws IOException\r
  39   {\r
  40     super(inFile, type);\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void parse()\r
  44       throws IOException\r
  45   {\r
  46     StringBuffer sequence;\r
  47     String line = null;\r
  48     ModellerDescription md;\r
  49 \r
  50     while ( (line = nextLine()) != null)\r
  51     {\r
  52       if (line.length() == 0)\r
  53       {\r
  54         //System.out.println("blank line");\r
  55         continue;\r
  56       }\r
  57       if (line.indexOf("C;") == 0 || line.indexOf("#") == 0)\r
  58       {\r
  59         continue;\r
  60       }\r
  61       Sequence newSeq = parseId(line.substring(line.indexOf(";") + 1));\r
  62 \r
  63       sequence = new StringBuffer();\r
  64 \r
  65       newSeq.setDescription(nextLine()); // this is the title line\r
  66 \r
  67       boolean starFound = false;\r
  68 \r
  69       while (!starFound)\r
  70       {\r
  71         line = nextLine();\r
  72         sequence.append(line);\r
  73 \r
  74         if (line == null)\r
  75         {\r
  76           break;\r
  77         }\r
  78 \r
  79         if (line.indexOf("*") > -1)\r
  80         {\r
  81           starFound = true;\r
  82         }\r
  83       }\r
  84 \r
  85       if (sequence.length() > 0)\r
  86       {\r
  87         sequence.setLength(sequence.length() - 1);\r
  88         newSeq.setSequence(sequence.toString());\r
  89 \r
  90         seqs.addElement(newSeq);\r
  91 \r
  92         md = new ModellerDescription(newSeq.\r
  93                                      getDescription());\r
  94         md.updateSequenceI(newSeq);\r
  95       }\r
  96     }\r
  97   }\r
  98 \r
  99   public String print()\r
 100   {\r
 101     return print(getSeqsAsArray());\r
 102   }\r
 103 \r
 104   public String print(SequenceI[] s)\r
 105   {\r
 106     boolean is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide(s);\r
 107     int len = 72;\r
 108     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 109     int i = 0;\r
 110     ModellerDescription md;\r
 111 \r
 112     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 113     {\r
 114       String seq = s[i].getSequenceAsString();\r
 115       seq = seq + "*";\r
 116 \r
 117       if (is_NA)\r
 118       {\r
 119         // modeller doesn't really do nucleotides, so we don't do anything fancy\r
 120         // Official tags area as follows, for now we'll use P1 and DL\r
 121         // Protein (complete) P1\r
 122         // Protein (fragment) F1\r
 123         // DNA (linear) Dl\r
 124         // DNA (circular) DC\r
 125         // RNA (linear) RL\r
 126         // RNA (circular) RC\r
 127         // tRNA N3\r
 128         // other functional RNA N1\r
 129 \r
 130         out.append(">N1;" + s[i].getName() + "\n");\r
 131         if (s[i].getDescription() == null)\r
 132         {\r
 133           out.append(s[i].getName() + " " +\r
 134                      (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1));\r
 135           out.append(is_NA ? " bases\n" : " residues\n");\r
 136         }\r
 137         else\r
 138         {\r
 139           out.append(s[i].getDescription() + "\n");\r
 140         }\r
 141       }\r
 142       else\r
 143       {\r
 144 \r
 145         if (useModellerOutput)\r
 146         {\r
 147           out.append(">P1;" + s[i].getName() + "\n");\r
 148           md = new ModellerDescription(s[i]);\r
 149           out.append(md.getDescriptionLine() + "\n");\r
 150         }\r
 151         else\r
 152         {\r
 153           out.append(">P1;" + printId(s[i]) + "\n");\r
 154           if (s[i].getDescription() != null)\r
 155           {\r
 156             out.append(s[i].getDescription() + "\n");\r
 157           }\r
 158           else\r
 159           {\r
 160             out.append(s[i].getName() + " "\r
 161                        + (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1)\r
 162                        + " residues\n");\r
 163           }\r
 164         }\r
 165       }\r
 166       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 167 \r
 168       for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
 169       {\r
 170         int start = j * len;\r
 171         int end = start + len;\r
 172 \r
 173         if (end < seq.length())\r
 174         {\r
 175           out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 176         }\r
 177         else if (start < seq.length())\r
 178         {\r
 179           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 180         }\r
 181       }\r
 182 \r
 183       i++;\r
 184     }\r
 185 \r
 186     return out.toString();\r
 187   }\r
 188 \r
 189 }\r