src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.Sequence;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.util.Format;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.util.Hashtable;
  30 import java.util.StringTokenizer;
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 public class PfamFile extends AlignFile
  34 {
  35
  36   public PfamFile()
  37   {
  38   }
  39
  40   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException
  41   {
  42     super(inFile, type);
  43   }
  44
  45   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  46   {
  47     super(source);
  48   }
  49
  50   public void initData()
  51   {
  52     super.initData();
  53   }
  54
  55   public void parse() throws IOException
  56   {
  57     int i = 0;
  58     String line;
  59
  60     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  61     Vector headers = new Vector();
  62
  63     while ((line = nextLine()) != null)
  64     {
  65       if (line.indexOf(" ") != 0)
  66       {
  67         if (line.indexOf("#") != 0)
  68         {
  69           // TODO: verify pfam format requires spaces and not tab characters -
  70           // if not upgrade to use stevesoft regex and look for whitespace.
  71           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  72           String id = "";
  73
  74           if (str.hasMoreTokens())
  75           {
  76             id = str.nextToken();
  77
  78             StringBuffer tempseq;
  79
  80             if (seqhash.containsKey(id))
  81             {
  82               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  83             }
  84             else
  85             {
  86               tempseq = new StringBuffer();
  87               seqhash.put(id, tempseq);
  88             }
  89
  90             if (!(headers.contains(id)))
  91             {
  92               headers.addElement(id);
  93             }
  94             if (str.hasMoreTokens())
  95             {
  96               tempseq.append(str.nextToken());
  97             }
  98           }
  99         }
 100       }
 101     }
 102
 103     this.noSeqs = headers.size();
 104
 105     if (noSeqs < 1)
 106     {
 107       throw new IOException(
 108               MessageManager.getString("exception.pfam_no_sequences_found"));
 109     }
 110
 111     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 112     {
 113       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 114       {
 115         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 116                 .length())
 117         {
 118           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();
 119         }
 120
 121         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 122         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 123                 .toString());
 124         seqs.addElement(newSeq);
 125       }
 126       else
 127       {
 128         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 129                 + headers.elementAt(i));
 130       }
 131     }
 132   }
 133
 134   public String print(SequenceI[] s)
 135   {
 136     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 137
 138     int max = 0;
 139     int maxid = 0;
 140
 141     int i = 0;
 142
 143     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 144     {
 145       String tmp = printId(s[i]);
 146
 147       if (s[i].getSequence().length > max)
 148       {
 149         max = s[i].getSequence().length;
 150       }
 151
 152       if (tmp.length() > maxid)
 153       {
 154         maxid = tmp.length();
 155       }
 156
 157       i++;
 158     }
 159
 160     if (maxid < 15)
 161     {
 162       maxid = 15;
 163     }
 164
 165     int j = 0;
 166
 167     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 168     {
 169       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 170
 171       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 172       out.append(newline);
 173       j++;
 174     }
 175
 176     out.append(newline);
 177
 178     return out.toString();
 179   }
 180
 181   public String print()
 182   {
 183     return print(getSeqsAsArray());
 184   }
 185 }