src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.util.*;
  26
  27 public class PfamFile
  28     extends AlignFile
  29 {
  30
  31   public PfamFile()
  32   {
  33   }
  34
  35   public PfamFile(String inFile, String type)
  36       throws IOException
  37   {
  38     super(inFile, type);
  39   }
  40   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  41   {
  42     super(source);
  43   }
  44   public void initData()
  45   {
  46     super.initData();
  47   }
  48
  49   public void parse()
  50       throws IOException
  51   {
  52     int i = 0;
  53     String line;
  54
  55     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  56     Vector headers = new Vector();
  57
  58     while ( (line = nextLine()) != null)
  59     {
  60       if (line.indexOf(" ") != 0)
  61       {
  62         if (line.indexOf("#") != 0)
  63         {
  64           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  65           String id = "";
  66
  67           if (str.hasMoreTokens())
  68           {
  69             id = str.nextToken();
  70
  71             StringBuffer tempseq;
  72
  73             if (seqhash.containsKey(id))
  74             {
  75               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  76             }
  77             else
  78             {
  79               tempseq = new StringBuffer();
  80               seqhash.put(id, tempseq);
  81             }
  82
  83             if (! (headers.contains(id)))
  84             {
  85               headers.addElement(id);
  86             }
  87
  88             tempseq.append(str.nextToken());
  89           }
  90         }
  91       }
  92     }
  93
  94     this.noSeqs = headers.size();
  95
  96     if (noSeqs < 1)
  97     {
  98       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");
  99     }
 100
 101     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 102     {
 103       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 104       {
 105         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 106             .length())
 107         {
 108           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 109               .length();
 110         }
 111
 112         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 113         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).
 114                            toString());
 115         seqs.addElement(newSeq);
 116       }
 117       else
 118       {
 119         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for " +
 120                            headers.elementAt(i));
 121       }
 122     }
 123   }
 124
 125   public String print(SequenceI[] s)
 126   {
 127     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 128
 129     int max = 0;
 130     int maxid = 0;
 131
 132     int i = 0;
 133
 134     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))
 135     {
 136       String tmp = printId(s[i]);
 137
 138       if (s[i].getSequence().length > max)
 139       {
 140         max = s[i].getSequence().length;
 141       }
 142
 143       if (tmp.length() > maxid)
 144       {
 145         maxid = tmp.length();
 146       }
 147
 148       i++;
 149     }
 150
 151     if (maxid < 15)
 152     {
 153       maxid = 15;
 154     }
 155
 156     int j = 0;
 157
 158     while ( (j < s.length) && (s[j] != null))
 159     {
 160       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 161
 162       out.append(s[j].getSequenceAsString() + "\n");
 163       j++;
 164     }
 165
 166     out.append("\n");
 167
 168     return out.toString();
 169   }
 170
 171   public String print()
 172   {
 173     return print(getSeqsAsArray());
 174   }
 175 }