src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.util.*;
  26
  27 public class PfamFile extends AlignFile
  28 {
  29
  30   public PfamFile()
  31   {
  32   }
  33
  34   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException
  35   {
  36     super(inFile, type);
  37   }
  38
  39   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  40   {
  41     super(source);
  42   }
  43
  44   public void initData()
  45   {
  46     super.initData();
  47   }
  48
  49   public void parse() throws IOException
  50   {
  51     int i = 0;
  52     String line;
  53
  54     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  55     Vector headers = new Vector();
  56
  57     while ((line = nextLine()) != null)
  58     {
  59       if (line.indexOf(" ") != 0)
  60       {
  61         if (line.indexOf("#") != 0)
  62         {
  63           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  64           String id = "";
  65
  66           if (str.hasMoreTokens())
  67           {
  68             id = str.nextToken();
  69
  70             StringBuffer tempseq;
  71
  72             if (seqhash.containsKey(id))
  73             {
  74               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  75             }
  76             else
  77             {
  78               tempseq = new StringBuffer();
  79               seqhash.put(id, tempseq);
  80             }
  81
  82             if (!(headers.contains(id)))
  83             {
  84               headers.addElement(id);
  85             }
  86
  87             tempseq.append(str.nextToken());
  88           }
  89         }
  90       }
  91     }
  92
  93     this.noSeqs = headers.size();
  94
  95     if (noSeqs < 1)
  96     {
  97       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");
  98     }
  99
 100     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 101     {
 102       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 103       {
 104         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 105                 .length())
 106         {
 107           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();
 108         }
 109
 110         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 111         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 112                 .toString());
 113         seqs.addElement(newSeq);
 114       }
 115       else
 116       {
 117         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 118                 + headers.elementAt(i));
 119       }
 120     }
 121   }
 122
 123   public String print(SequenceI[] s)
 124   {
 125     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 126
 127     int max = 0;
 128     int maxid = 0;
 129
 130     int i = 0;
 131
 132     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 133     {
 134       String tmp = printId(s[i]);
 135
 136       if (s[i].getSequence().length > max)
 137       {
 138         max = s[i].getSequence().length;
 139       }
 140
 141       if (tmp.length() > maxid)
 142       {
 143         maxid = tmp.length();
 144       }
 145
 146       i++;
 147     }
 148
 149     if (maxid < 15)
 150     {
 151       maxid = 15;
 152     }
 153
 154     int j = 0;
 155
 156     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 157     {
 158       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 159
 160       out.append(s[j].getSequenceAsString() + "\n");
 161       j++;
 162     }
 163
 164     out.append("\n");
 165
 166     return out.toString();
 167   }
 168
 169   public String print()
 170   {
 171     return print(getSeqsAsArray());
 172   }
 173 }