src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.util.*;
  26
  27 public class PfamFile extends AlignFile
  28 {
  29
  30   public PfamFile()
  31   {
  32   }
  33
  34   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException
  35   {
  36     super(inFile, type);
  37   }
  38
  39   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  40   {
  41     super(source);
  42   }
  43
  44   public void initData()
  45   {
  46     super.initData();
  47   }
  48
  49   public void parse() throws IOException
  50   {
  51     int i = 0;
  52     String line;
  53
  54     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  55     Vector headers = new Vector();
  56
  57     while ((line = nextLine()) != null)
  58     {
  59       if (line.indexOf(" ") != 0)
  60       {
  61         if (line.indexOf("#") != 0)
  62         {
  63           // TODO: verify pfam format requires spaces and not tab characters -
  64           // if not upgrade to use stevesoft regex and look for whitespace.
  65           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  66           String id = "";
  67
  68           if (str.hasMoreTokens())
  69           {
  70             id = str.nextToken();
  71
  72             StringBuffer tempseq;
  73
  74             if (seqhash.containsKey(id))
  75             {
  76               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  77             }
  78             else
  79             {
  80               tempseq = new StringBuffer();
  81               seqhash.put(id, tempseq);
  82             }
  83
  84             if (!(headers.contains(id)))
  85             {
  86               headers.addElement(id);
  87             }
  88             if (str.hasMoreTokens())
  89             {
  90               tempseq.append(str.nextToken());
  91             }
  92           }
  93         }
  94       }
  95     }
  96
  97     this.noSeqs = headers.size();
  98
  99     if (noSeqs < 1)
 100     {
 101       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");
 102     }
 103
 104     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 105     {
 106       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 107       {
 108         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 109                 .length())
 110         {
 111           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();
 112         }
 113
 114         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 115         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 116                 .toString());
 117         seqs.addElement(newSeq);
 118       }
 119       else
 120       {
 121         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 122                 + headers.elementAt(i));
 123       }
 124     }
 125   }
 126
 127   public String print(SequenceI[] s)
 128   {
 129     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 130
 131     int max = 0;
 132     int maxid = 0;
 133
 134     int i = 0;
 135
 136     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 137     {
 138       String tmp = printId(s[i]);
 139
 140       if (s[i].getSequence().length > max)
 141       {
 142         max = s[i].getSequence().length;
 143       }
 144
 145       if (tmp.length() > maxid)
 146       {
 147         maxid = tmp.length();
 148       }
 149
 150       i++;
 151     }
 152
 153     if (maxid < 15)
 154     {
 155       maxid = 15;
 156     }
 157
 158     int j = 0;
 159
 160     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 161     {
 162       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 163
 164       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 165       out.append(newline);
 166       j++;
 167     }
 168
 169     out.append(newline);
 170
 171     return out.toString();
 172   }
 173
 174   public String print()
 175   {
 176     return print(getSeqsAsArray());
 177   }
 178 }