src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.util.*;
  27
  28 public class PfamFile extends AlignFile
  29 {
  30
  31   public PfamFile()
  32   {
  33   }
  34
  35   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException
  36   {
  37     super(inFile, type);
  38   }
  39
  40   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  41   {
  42     super(source);
  43   }
  44
  45   public void initData()
  46   {
  47     super.initData();
  48   }
  49
  50   public void parse() throws IOException
  51   {
  52     int i = 0;
  53     String line;
  54
  55     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  56     Vector headers = new Vector();
  57
  58     while ((line = nextLine()) != null)
  59     {
  60       if (line.indexOf(" ") != 0)
  61       {
  62         if (line.indexOf("#") != 0)
  63         {
  64           // TODO: verify pfam format requires spaces and not tab characters -
  65           // if not upgrade to use stevesoft regex and look for whitespace.
  66           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  67           String id = "";
  68
  69           if (str.hasMoreTokens())
  70           {
  71             id = str.nextToken();
  72
  73             StringBuffer tempseq;
  74
  75             if (seqhash.containsKey(id))
  76             {
  77               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  78             }
  79             else
  80             {
  81               tempseq = new StringBuffer();
  82               seqhash.put(id, tempseq);
  83             }
  84
  85             if (!(headers.contains(id)))
  86             {
  87               headers.addElement(id);
  88             }
  89             if (str.hasMoreTokens())
  90             {
  91               tempseq.append(str.nextToken());
  92             }
  93           }
  94         }
  95       }
  96     }
  97
  98     this.noSeqs = headers.size();
  99
 100     if (noSeqs < 1)
 101     {
 102       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");
 103     }
 104
 105     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 106     {
 107       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 108       {
 109         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 110                 .length())
 111         {
 112           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();
 113         }
 114
 115         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 116         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 117                 .toString());
 118         seqs.addElement(newSeq);
 119       }
 120       else
 121       {
 122         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 123                 + headers.elementAt(i));
 124       }
 125     }
 126   }
 127
 128   public String print(SequenceI[] s)
 129   {
 130     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 131
 132     int max = 0;
 133     int maxid = 0;
 134
 135     int i = 0;
 136
 137     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 138     {
 139       String tmp = printId(s[i]);
 140
 141       if (s[i].getSequence().length > max)
 142       {
 143         max = s[i].getSequence().length;
 144       }
 145
 146       if (tmp.length() > maxid)
 147       {
 148         maxid = tmp.length();
 149       }
 150
 151       i++;
 152     }
 153
 154     if (maxid < 15)
 155     {
 156       maxid = 15;
 157     }
 158
 159     int j = 0;
 160
 161     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 162     {
 163       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 164
 165       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 166       out.append(newline);
 167       j++;
 168     }
 169
 170     out.append(newline);
 171
 172     return out.toString();
 173   }
 174
 175   public String print()
 176   {
 177     return print(getSeqsAsArray());
 178   }
 179 }