src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24 import jalview.util.*;
  25
  26 public class PfamFile extends AlignFile
  27 {
  28
  29   public PfamFile()
  30   {
  31   }
  32
  33   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException
  34   {
  35     super(inFile, type);
  36   }
  37
  38   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  39   {
  40     super(source);
  41   }
  42
  43   public void initData()
  44   {
  45     super.initData();
  46   }
  47
  48   public void parse() throws IOException
  49   {
  50     int i = 0;
  51     String line;
  52
  53     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  54     Vector headers = new Vector();
  55
  56     while ((line = nextLine()) != null)
  57     {
  58       if (line.indexOf(" ") != 0)
  59       {
  60         if (line.indexOf("#") != 0)
  61         {
  62           // TODO: verify pfam format requires spaces and not tab characters -
  63           // if not upgrade to use stevesoft regex and look for whitespace.
  64           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  65           String id = "";
  66
  67           if (str.hasMoreTokens())
  68           {
  69             id = str.nextToken();
  70
  71             StringBuffer tempseq;
  72
  73             if (seqhash.containsKey(id))
  74             {
  75               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  76             }
  77             else
  78             {
  79               tempseq = new StringBuffer();
  80               seqhash.put(id, tempseq);
  81             }
  82
  83             if (!(headers.contains(id)))
  84             {
  85               headers.addElement(id);
  86             }
  87             if (str.hasMoreTokens())
  88             {
  89               tempseq.append(str.nextToken());
  90             }
  91           }
  92         }
  93       }
  94     }
  95
  96     this.noSeqs = headers.size();
  97
  98     if (noSeqs < 1)
  99     {
 100       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");
 101     }
 102
 103     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 104     {
 105       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 106       {
 107         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 108                 .length())
 109         {
 110           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();
 111         }
 112
 113         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 114         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 115                 .toString());
 116         seqs.addElement(newSeq);
 117       }
 118       else
 119       {
 120         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 121                 + headers.elementAt(i));
 122       }
 123     }
 124   }
 125
 126   public String print(SequenceI[] s)
 127   {
 128     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 129
 130     int max = 0;
 131     int maxid = 0;
 132
 133     int i = 0;
 134
 135     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 136     {
 137       String tmp = printId(s[i]);
 138
 139       if (s[i].getSequence().length > max)
 140       {
 141         max = s[i].getSequence().length;
 142       }
 143
 144       if (tmp.length() > maxid)
 145       {
 146         maxid = tmp.length();
 147       }
 148
 149       i++;
 150     }
 151
 152     if (maxid < 15)
 153     {
 154       maxid = 15;
 155     }
 156
 157     int j = 0;
 158
 159     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 160     {
 161       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 162
 163       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 164       out.append(newline);
 165       j++;
 166     }
 167
 168     out.append(newline);
 169
 170     return out.toString();
 171   }
 172
 173   public String print()
 174   {
 175     return print(getSeqsAsArray());
 176   }
 177 }