src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  24
  25 import org.xml.sax.SAXException;
  26
  27 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  28 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  29 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  30 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  31
  32 import jalview.datamodel.*;
  33 import jalview.util.*;
  34
  35 public class PfamFile extends AlignFile
  36 {
  37
  38   public PfamFile()
  39   {
  40   }
  41
  42   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  43   {
  44     super(inFile, type);
  45   }
  46
  47   public PfamFile(FileParse source) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  48   {
  49     super(source);
  50   }
  51
  52   public void initData()
  53   {
  54     super.initData();
  55   }
  56
  57   public void parse() throws IOException
  58   {
  59     int i = 0;
  60     String line;
  61
  62     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  63     Vector headers = new Vector();
  64
  65     while ((line = nextLine()) != null)
  66     {
  67       if (line.indexOf(" ") != 0)
  68       {
  69         if (line.indexOf("#") != 0)
  70         {
  71           // TODO: verify pfam format requires spaces and not tab characters -
  72           // if not upgrade to use stevesoft regex and look for whitespace.
  73           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  74           String id = "";
  75
  76           if (str.hasMoreTokens())
  77           {
  78             id = str.nextToken();
  79
  80             StringBuffer tempseq;
  81
  82             if (seqhash.containsKey(id))
  83             {
  84               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  85             }
  86             else
  87             {
  88               tempseq = new StringBuffer();
  89               seqhash.put(id, tempseq);
  90             }
  91
  92             if (!(headers.contains(id)))
  93             {
  94               headers.addElement(id);
  95             }
  96             if (str.hasMoreTokens())
  97             {
  98               tempseq.append(str.nextToken());
  99             }
 100           }
 101         }
 102       }
 103     }
 104
 105     this.noSeqs = headers.size();
 106
 107     if (noSeqs < 1)
 108     {
 109       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");
 110     }
 111
 112     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 113     {
 114       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 115       {
 116         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 117                 .length())
 118         {
 119           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();
 120         }
 121
 122         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 123         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 124                 .toString());
 125         seqs.addElement(newSeq);
 126       }
 127       else
 128       {
 129         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 130                 + headers.elementAt(i));
 131       }
 132     }
 133   }
 134
 135   public String print(SequenceI[] s)
 136   {
 137     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 138
 139     int max = 0;
 140     int maxid = 0;
 141
 142     int i = 0;
 143
 144     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 145     {
 146       String tmp = printId(s[i]);
 147
 148       if (s[i].getSequence().length > max)
 149       {
 150         max = s[i].getSequence().length;
 151       }
 152
 153       if (tmp.length() > maxid)
 154       {
 155         maxid = tmp.length();
 156       }
 157
 158       i++;
 159     }
 160
 161     if (maxid < 15)
 162     {
 163       maxid = 15;
 164     }
 165
 166     int j = 0;
 167
 168     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 169     {
 170       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 171
 172       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 173       out.append(newline);
 174       j++;
 175     }
 176
 177     out.append(newline);
 178
 179     return out.toString();
 180   }
 181
 182   public String print()
 183   {
 184     return print(getSeqsAsArray());
 185   }
 186 }