src/jalview/io/PileUpfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 /**
  21  * <p>
  22  * Title:
  23  * </p>
  24  * PileUpfile
  25  * <p>
  26  * Description:
  27  * </p>
  28  *
  29  * Read and write PileUp style MSF Files. This used to be the MSFFile class, and
  30  * was written according to the EBI's idea of a subset of the MSF alignment
  31  * format. But, that was updated to reflect current GCG style IO fashion, as
  32  * found in Emboss (thanks David Martin!)
  33  *
  34  */
  35 import java.io.*;
  36
  37 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  38
  39 import org.xml.sax.SAXException;
  40
  41 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  42 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  43 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  44 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  45
  46 import jalview.datamodel.*;
  47 import jalview.util.*;
  48
  49 public class PileUpfile extends MSFfile
  50 {
  51
  52   /**
  53    * Creates a new MSFfile object.
  54    */
  55   public PileUpfile()
  56   {
  57   }
  58
  59   /**
  60    * Creates a new MSFfile object.
  61    *
  62    * @param inFile
  63    *          DOCUMENT ME!
  64    * @param type
  65    *          DOCUMENT ME!
  66    *
  67    * @throws IOException
  68    *           DOCUMENT ME!
  69  * @throws SAXException
  70  * @throws ParserConfigurationException
  71  * @throws ExceptionFileFormatOrSyntax
  72  * @throws ExceptionLoadingFailed
  73  * @throws ExceptionPermissionDenied
  74  * @throws InterruptedException
  75  * @throws ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  76    */
  77   public PileUpfile(String inFile, String type) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  78   {
  79     super(inFile, type);
  80   }
  81
  82   public PileUpfile(FileParse source) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  83   {
  84     super(source);
  85   }
  86
  87   /**
  88    * DOCUMENT ME!
  89    *
  90    * @return DOCUMENT ME!
  91    */
  92   public String print()
  93   {
  94     return print(getSeqsAsArray());
  95   }
  96
  97   public String print(SequenceI[] s)
  98   {
  99     StringBuffer out = new StringBuffer("PileUp");
 100     out.append(newline);
 101     out.append(newline);
 102
 103     int max = 0;
 104     int maxid = 0;
 105
 106     int i = 0;
 107     int bigChecksum = 0;
 108     int[] checksums = new int[s.length];
 109     while (i < s.length)
 110     {
 111       checksums[i] = checkSum(s[i].getSequenceAsString());
 112       bigChecksum += checksums[i];
 113       i++;
 114     }
 115
 116     out.append("   MSF: " + s[0].getSequence().length
 117             + "   Type: P    Check:  " + bigChecksum % 10000
 118             + "   ..");
 119     out.append(newline);
 120     out.append(newline);
 121     out.append(newline);
 122
 123     i = 0;
 124     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 125     {
 126       String seq = s[i].getSequenceAsString();
 127       out.append(" Name: " + printId(s[i]) + " oo  Len:  " + seq.length()
 128               + "  Check:  " + checksums[i] + "  Weight:  1.00");
 129       out.append(newline);
 130
 131       if (seq.length() > max)
 132       {
 133         max = seq.length();
 134       }
 135
 136       if (s[i].getName().length() > maxid)
 137       {
 138         maxid = s[i].getName().length();
 139       }
 140
 141       i++;
 142     }
 143
 144     if (maxid < 10)
 145     {
 146       maxid = 10;
 147     }
 148
 149     maxid++;
 150     out.append(newline);out.append(newline);out.append("//");
 151     out.append(newline);out.append(newline);
 152
 153     int len = 50;
 154
 155     int nochunks = (max / len) + 1;
 156
 157     if ((max % len) == 0)
 158     {
 159       nochunks--;
 160     }
 161
 162     for (i = 0; i < nochunks; i++)
 163     {
 164       int j = 0;
 165
 166       while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 167       {
 168         String name = printId(s[j]);
 169
 170         out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(name + " "));
 171
 172         for (int k = 0; k < 5; k++)
 173         {
 174           int start = (i * 50) + (k * 10);
 175           int end = start + 10;
 176
 177           if ((end < s[j].getSequence().length)
 178                   && (start < s[j].getSequence().length))
 179           {
 180             out.append(s[j].getSequence(start, end));
 181
 182             if (k < 4)
 183             {
 184               out.append(" ");
 185             }
 186             else
 187             {
 188               out.append(newline);
 189             }
 190           }
 191           else
 192           {
 193             if (start < s[j].getSequence().length)
 194             {
 195               out.append(s[j].getSequenceAsString().substring(start));
 196               out.append(newline);
 197             }
 198             else
 199             {
 200               if (k == 0)
 201               {
 202                 out.append(newline);
 203               }
 204             }
 205           }
 206         }
 207
 208         j++;
 209       }
 210
 211       out.append(newline);
 212     }
 213
 214     return out.toString();
 215   }
 216 }