src/jalview/io/RnamlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.analysis.SecStrConsensus.SimpleBP;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.Annotation;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.BufferedReader;
  31 import java.io.FileNotFoundException;
  32 import java.io.FileReader;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.ArrayList;
  35
  36 import com.stevesoft.pat.Regex;
  37
  38 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  39 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  40 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  41 import fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory;
  42 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  43
  44 public class RnamlFile extends AlignFile
  45 {
  46   public String id;
  47
  48   protected ArrayList<RNA> result;
  49
  50   public RnamlFile()
  51   {
  52     super();
  53
  54   }
  55
  56   public RnamlFile(String inFile, String type) throws IOException
  57   {
  58     super(inFile, type);
  59
  60   }
  61
  62   public RnamlFile(FileParse source) throws IOException
  63   {
  64     super(source);
  65
  66   }
  67
  68   public BufferedReader CreateReader() throws FileNotFoundException
  69   {
  70     FileReader fr = null;
  71     fr = new FileReader(inFile);
  72
  73     BufferedReader r = new BufferedReader(fr);
  74     return r;
  75   }
  76
  77   /*
  78    * (non-Javadoc)
  79    *
  80    * @see jalview.io.AlignFile#parse()
  81    */
  82   public void parse() throws IOException
  83   {
  84     if (System.getProperty("java.version").indexOf("1.6") > -1
  85             || System.getProperty("java.version").indexOf("1.5") > -1)
  86     {
  87       // patch for 'This parser does not support specification "null" version
  88       // "null"' error
  89       // this hack ensures we get a properly updated SAXParserFactory on older
  90       // JVMs
  91       // thanks to Stefan Birkner over at https://coderwall.com/p/kqsrrw
  92       System.setProperty("javax.xml.parsers.SAXParserFactory",
  93               "com.sun.org.apache.xerces.internal.jaxp.SAXParserFactoryImpl");
  94     }
  95     // rather than lose exception semantics whilst parsing RNAML with VARNA we
  96     // wrap the routine and catch all exceptions before passing them up the
  97     // chain as an IOException
  98     try
  99     {
 100       _parse();
 101     } catch (ExceptionPermissionDenied pdx)
 102     {
 103       errormessage = MessageManager.formatMessage(
 104               "exception.rnaml_couldnt_access_datasource",
 105               new String[] { pdx.getMessage() });
 106       throw new IOException(pdx);
 107     } catch (ExceptionLoadingFailed lf)
 108     {
 109       errormessage = MessageManager.formatMessage(
 110               "exception.ranml_couldnt_process_data",
 111               new String[] { lf.getMessage() });
 112       throw new IOException(lf);
 113     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax iff)
 114     {
 115       errormessage = MessageManager.formatMessage(
 116               "exception.ranml_invalid_file",
 117               new String[] { iff.getMessage() });
 118       throw new IOException(iff);
 119     } catch (Exception x)
 120     {
 121       error = true;
 122       errormessage = MessageManager.formatMessage(
 123               "exception.ranml_problem_parsing_data",
 124               new String[] { x.getMessage() });
 125       throw new IOException(errormessage, x);
 126     }
 127   }
 128
 129   @SuppressWarnings("unchecked")
 130   public void _parse() throws FileNotFoundException,
 131           ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed,
 132           ExceptionFileFormatOrSyntax
 133   {
 134
 135     result = RNAFactory.loadSecStrRNAML(getReader());
 136
 137     ArrayList<ArrayList> allarray = new ArrayList();
 138     ArrayList<ArrayList<SimpleBP>> BP = new ArrayList();
 139     ArrayList strucinarray = new ArrayList();
 140     SequenceI[] seqs = new SequenceI[result.size()];
 141
 142     for (int i = 0; i < result.size(); i++)
 143     {
 144
 145       RNA current = result.get(i);
 146       String rna = current.getStructDBN(true);
 147       String seq = current.getSeq();
 148       int begin = 1;
 149       int end = seq.length();
 150
 151       id = current.getName();
 152       if (id == null || id.trim().length() == 0)
 153       {
 154         id = safeName(getDataName());
 155         if (result.size() > 1)
 156         {
 157           id += "." + i;
 158         }
 159       }
 160       seqs[i] = new Sequence(id, seq, begin, end);
 161
 162       seqs[i].setEnd(seqs[i].findPosition(seqs[i].getLength()));
 163       String[] annot = new String[rna.length()];
 164       Annotation[] ann = new Annotation[rna.length()];
 165
 166       for (int j = 0; j < rna.length(); j++)
 167       {
 168         annot[j] = "" + rna.charAt(j);
 169
 170       }
 171       for (int k = 0; k < rna.length(); k++)
 172       {
 173         ann[k] = new Annotation(annot[k], "",
 174                 jalview.schemes.ResidueProperties.getRNASecStrucState(
 175                         annot[k]).charAt(0), 0f);
 176       }
 177
 178       AlignmentAnnotation align = new AlignmentAnnotation(
 179               "Secondary Structure",
 180               current.getID().trim().length() > 0 ? "Secondary Structure for "
 181                       + current.getID()
 182                       : "", ann);
 183
 184       seqs[i].addAlignmentAnnotation(align);
 185       seqs[i].setRNA(result.get(i));
 186
 187       allarray.add(strucinarray);
 188
 189       annotations.addElement(align);
 190       BP.add(align.bps);
 191
 192     }
 193
 194     setSeqs(seqs);
 195   }
 196
 197   public static String print(SequenceI[] s)
 198   {
 199     return "not yet implemented";
 200   }
 201
 202   public String print()
 203   {
 204     System.out.print("print :");
 205     return print(getSeqsAsArray());
 206   }
 207
 208   public ArrayList getRNA()
 209   {
 210     return result;
 211   }
 212
 213   // public static void main(String[] args) {
 214   // Pattern p= Pattern.compile("(.+)[.][^.]+");
 215   // Matcher m = p.matcher("toto.xml.zip");
 216   // System.out.println(m.matches());
 217   // System.out.println(m.group(1));
 218   // }
 219   /**
 220    * make a friendly ID string.
 221    *
 222    * @param dataName
 223    * @return truncated dataName to after last '/'
 224    */
 225   private String safeName(String dataName)
 226   {
 227     int b = 0;
 228     if ((b = dataName.lastIndexOf(".")) > 0)
 229     {
 230       dataName = dataName.substring(0, b - 1);
 231     }
 232     b = 0;
 233     Regex m = new Regex("[\\/]?([-A-Za-z0-9]+)\\.?");
 234     String mm = dataName;
 235     while (m.searchFrom(dataName, b))
 236     {
 237       mm = m.stringMatched();
 238       b = m.matchedTo();
 239     }
 240     return mm;
 241   }
 242 }