src/jalview/io/RnamlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.BufferedReader;
  24 import java.io.FileNotFoundException;
  25 import java.io.FileReader;
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.util.ArrayList;
  28
  29 import jalview.analysis.SecStrConsensus.SimpleBP;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.Annotation;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34
  35 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  36 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  37 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  38 import fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory;
  39 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  40
  41 public class RnamlFile extends AlignFile
  42 {
  43   public String id;
  44
  45   protected ArrayList<RNA> result;
  46
  47   public RnamlFile()
  48   {
  49     super();
  50
  51   }
  52
  53   public RnamlFile(String inFile, String type) throws IOException
  54   {
  55     super(inFile, type);
  56
  57   }
  58
  59   public RnamlFile(FileParse source) throws IOException
  60   {
  61     super(source);
  62
  63   }
  64
  65   public BufferedReader CreateReader() throws FileNotFoundException
  66   {
  67     FileReader fr = null;
  68     fr = new FileReader(inFile);
  69
  70     BufferedReader r = new BufferedReader(fr);
  71     return r;
  72   }
  73
  74   /*
  75    * (non-Javadoc)
  76    *
  77    * @see jalview.io.AlignFile#parse()
  78    */
  79   public void parse() throws IOException
  80   {
  81     if (System.getProperty("java.version").indexOf("1.6") > -1
  82             || System.getProperty("java.version").indexOf("1.5") > -1)
  83     {
  84       // patch for 'This parser does not support specification "null" version
  85       // "null"' error
  86       // this hack ensures we get a properly updated SAXParserFactory on older
  87       // JVMs
  88       // thanks to Stefan Birkner over at https://coderwall.com/p/kqsrrw
  89       System.setProperty("javax.xml.parsers.SAXParserFactory",
  90               "com.sun.org.apache.xerces.internal.jaxp.SAXParserFactoryImpl");
  91     }
  92     // rather than lose exception semantics whilst parsing RNAML with VARNA we
  93     // wrap the routine and catch all exceptions before passing them up the
  94     // chain as an IOException
  95     try
  96     {
  97       _parse();
  98     } catch (ExceptionPermissionDenied pdx)
  99     {
 100       errormessage = "Couldn't access datasource (" + pdx.getMessage()
 101               + ")";
 102       throw new IOException(pdx);
 103     } catch (ExceptionLoadingFailed lf)
 104     {
 105       errormessage = "Couldn't process data as RNAML file ("
 106               + lf.getMessage() + ")";
 107       throw new IOException(lf);
 108     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax iff)
 109     {
 110       errormessage = "Invalid RNAML file (" + iff.getMessage() + ")";
 111       throw new IOException(iff);
 112     } catch (Exception x)
 113     {
 114       error = true;
 115       errormessage = "Problem parsing data as RNAML (" + x.getMessage()
 116               + ")";
 117       throw new IOException("Couldn't parse the datasource as RNAML", x);
 118     }
 119   }
 120
 121   @SuppressWarnings("unchecked")
 122   public void _parse() throws FileNotFoundException,
 123           ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed,
 124           ExceptionFileFormatOrSyntax
 125   {
 126
 127     result = RNAFactory.loadSecStrRNAML(getReader());
 128
 129     ArrayList<ArrayList> allarray = new ArrayList();
 130     ArrayList<ArrayList<SimpleBP>> BP = new ArrayList();
 131     ArrayList strucinarray = new ArrayList();
 132     SequenceI[] seqs = new SequenceI[result.size()];
 133
 134     for (int i = 0; i < result.size(); i++)
 135     {
 136
 137       RNA current = result.get(i);
 138       String rna = current.getStructDBN(true);
 139       String seq = current.getSeq();
 140       int begin = 1;
 141       int end = seq.length();
 142
 143       id = current.getName();
 144       seqs[i] = new Sequence(id, seq, begin, end);
 145
 146       seqs[i].setEnd(seqs[i].findPosition(seqs[i].getLength()));
 147       String[] annot = new String[rna.length()];
 148       Annotation[] ann = new Annotation[rna.length()];
 149
 150       for (int j = 0; j < rna.length(); j++)
 151       {
 152         annot[j] = "" + rna.charAt(j);
 153
 154       }
 155       for (int k = 0; k < rna.length(); k++)
 156       {
 157         ann[k] = new Annotation(annot[k], "",
 158                 jalview.schemes.ResidueProperties.getRNASecStrucState(
 159                         annot[k]).charAt(0), 0f);
 160       }
 161
 162       AlignmentAnnotation align = new AlignmentAnnotation("Sec. str.",
 163               current.getID(), ann);
 164
 165       seqs[i].addAlignmentAnnotation(align);
 166       seqs[i].setRNA(result.get(i));
 167
 168       allarray.add(strucinarray);
 169
 170       annotations.addElement(align);
 171       BP.add(align.bps);
 172
 173     }
 174
 175     setSeqs(seqs);
 176   }
 177
 178   public static String print(SequenceI[] s)
 179   {
 180     return "not yet implemented";
 181   }
 182
 183   public String print()
 184   {
 185     System.out.print("print :");
 186     return print(getSeqsAsArray());
 187   }
 188
 189   public ArrayList getRNA()
 190   {
 191     return result;
 192   }
 193
 194   // public static void main(String[] args) {
 195   // Pattern p= Pattern.compile("(.+)[.][^.]+");
 196   // Matcher m = p.matcher("toto.xml.zip");
 197   // System.out.println(m.matches());
 198   // System.out.println(m.group(1));
 199   // }
 200   /**
 201    * make a friendly ID string.
 202    *
 203    * @param dataName
 204    * @return truncated dataName to after last '/'
 205    */
 206   private String safeName(String dataName)
 207   {
 208     int b = 0;
 209     while ((b = dataName.indexOf("/")) > -1 && b < dataName.length())
 210     {
 211       dataName = dataName.substring(b + 1).trim();
 212
 213     }
 214     int e = (dataName.length() - dataName.indexOf(".")) + 1;
 215     dataName = dataName.substring(1, e).trim();
 216     return dataName;
 217   }
 218 }